MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	description	Hugo	Network Comparison Type	Value Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
			Unknown value id /2401/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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1131	vacuolar atp synthase subunit g 2 (ec 3.6.3.14) (v-atpase g subunit 2) (vacuolar proton pump g subunit 2) (v-atpase 13 kda subunit 2). [swissprot;acc:o95670]	Ranked	218.484	212.675	1.02731
1132	casein kinase i, epsilon isoform (ec 2.7.1.-) (cki-epsilon) (ckie). [swissprot;acc:p49674]	Squared	20709.5	23652.8	1.14212
	transformer-2 protein homolog (tra-2 alpha). [swissprot;acc:q13595]	Rooted	64.7804	67.9395	1.04877
1141	lon protease homolog, mitochondrial precursor (ec 3.4.21.-) (lon protease-like protein) (lonp) (lonhs). [swissprot;acc:p36776]	Squared	20159.5	23000.1	1.14091
1144	neurotrimin precursor (hnt). [swissprot;acc:q9p121]	Rooted	59.8698	62.7727	1.04849
1147	cytokine-like nuclear factor n-pac. [refseq;acc:nm_032569]	Measured	6281.21	6837.61	1.08858
1148	ubiquitin. [swissprot;acc:p02248]	Ranked	209.061	203.518	1.02724
1160	blood group rh(ce) polypeptide (rhesus c/e antigens) (rh30a) (rhixb) (rh polypeptide 1) (rhpi). [swissprot;acc:p18577]	Squared	25705.5	29282.6	1.13916
1161			25705.2	29282.3
	kappa b-ras 1. [refseq;acc:nm_020345]	Ranked	220.758	215.097	1.02632
1163	dj947l8.1.1 (novel cub and sushi (scr repeat) domain protein) (fragment). [sptrembl;acc:q9h4v7]	Rooted	61.4957	64.429	1.0477
1165	importin 4. [refseq;acc:nm_024658]	Squared	24917.7	28380.8	1.13898
1170	cytokine-like nuclear factor n-pac. [refseq;acc:nm_032569]	Ranked	219.399	213.784	1.02626
1171	40s ribosomal protein s28. [swissprot;acc:p25112]	Rooted	70.4215	73.7627	1.04745
	ubiquitin-like protein smt3b (sentrin 2) (hsmt3). [swissprot;acc:p55855]	Measured	5826.29	6335.93	1.08747
1172	transducin-like enhancer protein 1 (esg1). [swissprot;acc:q04724]	Ranked	219.375	213.767	1.02623
1178	pepsin a precursor (ec 3.4.23.1). [swissprot;acc:p00790]	Measured	4392.63	4776.19	1.08732
	putative ankyrin-repeat containing protein. [refseq;acc:nm_025185]	Squared	22813.2	25958.3	1.13786
1184	prefoldin subunit 6 (protein ke2). [swissprot;acc:o15212]		20094.7	22861.9	1.13771
1185	methyltransferase like 2. [refseq;acc:nm_018396]	Rooted	100.169	95.6772	1.04695
1186	adp-ribosylation factor-like protein 7 (adp-ribosylation factor-like protein lak). [swissprot;acc:p56559]	Ranked	218.402	212.904	1.02582
1187	dihydrofolate reductase (ec 1.5.1.3). [swissprot;acc:p00374]	Squared	19807.6	22534.3	1.13766
1189	alpha-1-acid glycoprotein 2 precursor (agp 2) (orosomucoid 2) (omd 2). [swissprot;acc:p19652]	Ranked	209.649	204.406	1.02565
1196	kappa b-ras 1. [refseq;acc:nm_020345]	Measured	5721.19	6217.2	1.0867
1197	heat shock factor binding protein 1. [swissprot;acc:o75506]	Rooted	62.6382	65.5533	1.04654
1206	integral membrane protein cii-3b. [sptrembl;acc:o75609]	Ranked	207.646	212.891	1.02526
1208	signal recognition particle receptor alpha subunit (sr-alpha) (docking protein alpha) (dp-alpha). [swissprot;acc:p08240]		224.878	219.342	1.02524
1211	dna topoisomerase ii, alpha isozyme (ec 5.99.1.3). [swissprot;acc:p11388]	Rooted	67.2521	70.3462	1.04601
1214	ga binding protein beta-2 chain (gabp-beta-2 subunit) (transcription factor e4tf1-47) (gapbp-2) (nuclear respiratory factor-2 subunit gamma). [swissprot;acc:q06545]	Squared	20823.1	23668.4	1.13664
	kinesin-like protein kif13b (kinesin-like protein gakin). [swissprot;acc:q9nqt8]	Ranked	214.364	219.759	1.02517
1220	40s ribosomal protein s3a. [swissprot;acc:p49241]	Squared	19516.8	22178	1.13635
1226	protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1 (ec 3.1.3.48) (protein-tyrosine phosphatase 1b) (ptp-1b). [swissprot;acc:p18031]		27802.5	31577	1.13576
1233	phosphoglycerate mutase 1 (ec 5.4.2.1) (ec 5.4.2.4) (ec 3.1.3.13) (phosphoglycerate mutase isozyme b) (pgam-b) (bpg-dependent pgam 1). [swissprot;acc:p18669]	Ranked	212.724	207.637	1.0245
1234	bloom's syndrome protein (ec 3.6.1.-) (recq protein-like 3) (dna helicase, recq-like, type 2). [swissprot;acc:p54132]	Rooted	62.5512	65.3862	1.04532
1235	glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] 1 (ec 2.6.1.16) (hexosephosphate aminotransferase 1) (d-fructose-6- phosphate amidotransferase 1) (gfat 1) (gfat1). [swissprot;acc:q06210]	Squared	22816.7	25898.2	1.13505
	keratin associated protein 9-4; keratin associated protein 9.4. [refseq;acc:nm_033191]	Ranked	219.356	224.723	1.02447
1236	keratin associated protein 4-10; keratin associated protein 4.10. [refseq;acc:nm_033060]		219.354	224.699	1.02437
1237	keratin associated protein 4-2; keratin associated protein 4.2. [refseq;acc:nm_033062]
1238	keratin associated protein 4.3 (fragment). [sptrembl;acc:q9byr4]
1239	keratin associated protein 2-4; keratin associated protein 2.4. [refseq;acc:nm_033184]
1240	keratin associated protein 4-14; keratin associated protein 4.14. [refseq;acc:nm_033059]			224.7
	multisynthetase complex auxiliary component p38 (jtv-1 protein) (pro0992). [swissprot;acc:q13155]	Squared	26127.9	29648.4	1.13474
1241	keratin associated protein 4.9 (fragment). [sptrembl;acc:q9byq8]	Ranked	219.354	224.7	1.02437
1242	keratin associated protein 4-12; keratin associated protein 4.12. [refseq;acc:nm_031854]
1243	keratin associated protein 1.5. [refseq;acc:nm_031957]			224.699
1244	sirtuin 7; sir2-related protein type 7; sirtuin type 7; sirtuin (silent mating type information regulation 2, s.cerevisiae, homolog) 7; silent mating type information regulation 2, s.cerevisiae, homolog 7; sirtuin silent mating type information regulation 2 homolog 7 (s. cerevisiae). [refseq;acc:nm_016538]	Measured	4835.55	5243.23	1.08431
1245	casein kinase ii beta chain (ck ii) (phosvitin) (g5a). [swissprot;acc:p13862]
1246	keratin, ultra high-sulfur matrix protein a (uhs keratin a) (uhs kera). [swissprot;acc:p26371]	Ranked	219.354	224.699	1.02437
1247	protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1 (ec 3.1.3.48) (protein-tyrosine phosphatase 1b) (ptp-1b). [swissprot;acc:p18031]	Measured	6278.76	6807.51	1.08421

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.