MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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description	Rank	Network Comparison Type	Gene	Hugo	Value Type	Interaction Map	red	Filtered	green	network_comparison
							Unknown value id /7128/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ 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Showing element 1251 to 1300 of 1892 in total

Network Comparison Type  : Subtracted
Interaction Map  : High confidence
red  : 0
Filtered  : 1
green  : 0
network_comparison  : 0

description	Rank	Hugo	Value Type
ras-related protein ral-b. [swissprot;acc:p11234]	2925	RALB	Squared
			Rooted
rb1-inducible coiled coil protein 1. [refseq;acc:nm_014781]	3205	RB1CC1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
rcd1 required for cell differentiation1 homolog; protein involved in sexual development; rcd1 (required for cell differentiation, s.pombe) homolog 1. [refseq;acc:nm_005444]	2924	RQCD1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
recessive polycystic kidney disease protein tg737 homolog. [swissprot;acc:q13099]	3201	IFT88	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
regulatory protein tsc-22 (tgfb stimulated clone 22 homolog). [swissprot;acc:q15714]	3114	TSC22D1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
retinoic acid receptor rxr-alpha. [swissprot;acc:p19793]	2759	RXRA	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
retinoic acid receptor rxr-beta. [swissprot;acc:p28702]	3067	no value	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
retinoic acid receptor rxr-gamma. [swissprot;acc:p48443]	2936	RXRG	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
ribonuclease iii (ec 3.1.26.3) (rnase iii) (p241). [swissprot;acc:q9nrr4]	3059	RNASEN	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
ribose-phosphate pyrophosphokinase i (ec 2.7.6.1) (phosphoribosyl pyrophosphate synthetase i) (ppribp) (prs-i). [swissprot;acc:p09329]	2916	PRPS1L1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
ribose-phosphate pyrophosphokinase ii (ec 2.7.6.1) (phosphoribosyl pyrophosphate synthetase ii) (ppribp) (prs-ii). [swissprot;acc:p11908]	3122	PRPS2	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
ribose-phosphate pyrophosphokinase iii (ec 2.7.6.1) (phosphoribosyl pyrophosphate synthetase iii) (prs-iii). [swissprot;acc:p21108]	2895	no value	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
ring finger protein 3. [refseq;acc:nm_006315]	2763	PCGF3	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.