Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

  • value_type as 'ranked' since this provides a very robust analysis method.
  • intercation map as 'high confidence'
  • network_comparison type as 'Divided' since this leads to a natural grouping of similar proteins
  • filtered as 'true' since this will only use the microarray measurements that have a sufficiently large confidence level.
    • Unknown value id /4405/ (type=integer)
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    Navigation/Query Panel:
    Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].
    Rank Gene description Network Comparison Type Hugo Value Type Interaction Map Filtered red network_comparison green
    		Unknown value id /4405/ (type=integer)
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    		Network Comparison Type
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    		green
    1 mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase ib (ec 3.2.1.113) (processing alpha-1,2-mannosidase ib) (alpha-1,2-mannosidase ib) (mannosidase alpha class 1a member 2). [swissprot;acc:o60476] Subtracted Measured 41482.5 8126 33356.5
    2 Divided Ranked 15 1.86667 28
    Subtracted Squared 407289 143938 263351
    7 nuclear dna-binding protein; small unique nuclear receptor corepressor; c1d dna-binding protein. [refseq;acc:nm_006333] 310840 132153 442993
    12 guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-7 subunit. [swissprot;acc:o60262] Ranked 266.856 69.377 336.233
    melanoma-associated antigen 3 (mage-3 antigen) (antigen mz2-d). [swissprot;acc:p43357] Squared 219048 89286 129762
    nuclear dna-binding protein; small unique nuclear receptor corepressor; c1d dna-binding protein. [refseq;acc:nm_006333] Measured 34190.9 6604.9 40795.8
    15 hepatocellular carcinoma-associated protein hca1. [refseq;acc:nm_020932] Squared 219048 89286 129762
    myosin va (myosin 5a) (dilute myosin heavy chain, non-muscle) (myosin heavy chain 12) (myoxin). [swissprot;acc:q9y4i1] Measured 21591.5 6313 27904.5
    16 mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase ib (ec 3.2.1.113) (processing alpha-1,2-mannosidase ib) (alpha-1,2-mannosidase ib) (mannosidase alpha class 1a member 2). [swissprot;acc:o60476] Rooted 203.673 21.035 182.638
    19 guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-5 like subunit. [swissprot;acc:q9y3k8] Ranked 266.865 69.313 336.178
    20 guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-7 subunit. [swissprot;acc:o60262] Divided Rooted 40.3337 1.66157 24.2744
    21 melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358] Subtracted Squared 219048 89286 129762
    22 protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949] Divided Measured 677.5 2.75351 1865.5
    Squared 108.641 7.58176 823.69
    23 melanoma-associated antigen 3 (mage-3 antigen) (antigen mz2-d). [swissprot;acc:p43357] Subtracted Measured 23693.7 5430.7 18263
    25 guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-7 subunit. [swissprot;acc:o60262] Divided 1833.01 2.0534 892.67
    26 hepatocellular carcinoma-associated protein hca1. [refseq;acc:nm_020932] Subtracted 23693.7 5430.7 18263
    melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355] Squared 219048 89286 129762
    protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949] Ranked 322 69 253
    27 guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-5 like subunit. [swissprot;acc:q9y3k8] Divided Rooted 40.3364 1.66015 24.2968
    myosin va (myosin 5a) (dilute myosin heavy chain, non-muscle) (myosin heavy chain 12) (myoxin). [swissprot;acc:q9y4i1] Subtracted 146.94 20.106 167.046
    30 serine/threonine protein phosphatase 2a, 55 kda regulatory subunit b, alpha isoform (pp2a, subunit b, b-alpha isoform) (pp2a, subunit b, b55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, pr55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, r2-alpha isoform). [swissprot;acc:q00007] Divided Ranked 187.457 1.29991 243.678
    32 guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-5 like subunit. [swissprot;acc:q9y3k8] Measured 1834.73 2.04793 895.893
    melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358] Subtracted 23693.7 5430.7 18263
    33 protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949] Divided Rooted 26.0288 1.65937 43.1914
    34 gaba-a receptor-associated protein. [sptrembl;acc:q9by60] Subtracted 140.508 17.63 122.878
    37 melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355] Measured 23693.7 5430.7 18263
    40 protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949] Rooted 26.0288 17.1626 43.1914
    41 Divided Ranked 322 1.27273 253
    42 gaba-a receptor-associated protein. [sptrembl;acc:q9by60] Subtracted Measured 21785.2 5359.1 16426.1
    jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469] Rooted 60.8365 16.8868 77.7233
    43 Divided Ranked 204.641 1.2714 160.957
    45 gaba-a receptor-associated protein. [sptrembl;acc:q9by60] Squared 129597 1.77148 73157.5
    myosin va (myosin 5a) (dilute myosin heavy chain, non-muscle) (myosin heavy chain 12) (myoxin). [swissprot;acc:q9y4i1] Subtracted 110342 73956 184298
    47 ubiquitin activating enzyme e1-like protein. [refseq;acc:nm_006395] Divided 98517.9 1.73059 56927.2
    48 melanoma-associated antigen 3 (mage-3 antigen) (antigen mz2-d). [swissprot;acc:p43357] Subtracted Rooted 137.446 16.623 120.823
    50 homeobox protein hox-c4 (hox-3e) (cp19). [swissprot;acc:p09017] Squared 173408 69581 242989
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    53 homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630] Squared 173408 69581 242989
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    melanoma-associated antigen 3 (mage-3 antigen) (antigen mz2-d). [swissprot;acc:p43357] Squared 219048 1.68808 129762
    57 homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056] Subtracted 173408 69581 242989
    melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358] Rooted 137.446 16.623 120.823
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    60 ubiquitin activating enzyme e1-like protein. [refseq;acc:nm_006395] Subtracted Measured 16771.5 3882.4 12889.1
    62 melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355] Rooted 137.446 16.623 120.823
    63 guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-5 like subunit. [swissprot;acc:q9y3k8] Divided Ranked 266.865 1.25973 336.178
    65 melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358] Squared 219048 1.68808 129762
    serine/threonine protein phosphatase 2a, 55 kda regulatory subunit b, alpha isoform (pp2a, subunit b, b-alpha isoform) (pp2a, subunit b, b55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, pr55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, r2-alpha isoform). [swissprot;acc:q00007] Subtracted Ranked 187.457 56.221 243.678

    Legend:
    - Rank is the rank after comparing the two networks
    - Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
    - Hugo is the HGNC identifier if it exists
    - Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
    - Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
    - Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
    - Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.
    - http://analysis.yellowcouch.org/