Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

  • value_type as 'ranked' since this provides a very robust analysis method.
  • intercation map as 'high confidence'
  • network_comparison type as 'Divided' since this leads to a natural grouping of similar proteins
  • filtered as 'true' since this will only use the microarray measurements that have a sufficiently large confidence level.
    • Unknown value id /1036/ (type=integer)
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    VALUE = ""

    Navigation/Query Panel:
    Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].
    Rank Gene Hugo description Value Type Network Comparison Type Interaction Map Filtered red green network_comparison
    		Unknown value id /1036/ (type=integer)
    /0/ (type=integer)
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    Results: HTML CSV LaTeX Showing element 51 to 100 of 321 in total
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    454 40s ribosomal protein s26. [swissprot;acc:p02383] 210.224 226.578 1.07779
    534 guanine nucleotide-binding protein-like 1 (gtp-binding protein hsr1). [swissprot;acc:p36915] 250.942 235.004 1.06782
    549 proto-oncogene tyrosine-protein kinase src (ec 2.7.1.112) (p60-src) (c-src). [swissprot;acc:p12931] 207.26 194.346 1.06645
    558 ubiquitin activating enzyme e1-like protein. [refseq;acc:nm_006395] 135.087 144.041 1.06628
    566 synbindin (trs23 homolog) (hematopoietic stem/progenitor cell protein 172) (hspc172) (ptd009) (cgi-104). [swissprot;acc:q9y296] 129.219 121.261 1.06563
    568 putative pre-mrna splicing factor rna helicase (atp-dependent rna helicase #3) (deah-box protein 16). [swissprot;acc:o60231] 226.3 212.38 1.06554
    572 cbf1 interacting corepressor. [refseq;acc:nm_004882] 227.86 213.945 1.06504
    576 dj408b20.3 (novel protein similar to 60s acidic ribosomal protein p2 (rplp2)). [sptrembl;acc:q9h5a9] 235.18 250.419 1.0648
    589 u6 snrna-associated sm-like protein lsm2 (small nuclear ribonuclear protein d homolog) (g7b) (snrnp core sm-like protein sm-x5). [swissprot;acc:q9y333] 228.215 214.546 1.06371
    607 histone h3.1 (h3/a) (h3/c) (h3/d) (h3/f) (h3/h) (h3/i) (h3/j) (h3/k) (h3/l). [swissprot;acc:p16106] 247.47 233.441 1.0601
    608 histone h2b. [refseq;acc:nm_175055]
    609 histone h2b.s (h2b/s). [swissprot;acc:p57053]
    610 histone h2b.d (h2b/d). [swissprot;acc:q99877]
    613 histone h2b.e (h2b/e). [swissprot;acc:q99879]
    624 interleukin-1 receptor-associated kinase 4; interleukin-1 receptor associated kinase 4. [refseq;acc:nm_016123] 214.256 202.139 1.05994
    634 dead-box protein abstrakt homolog. [swissprot;acc:q9ujv9] 226.523 213.786 1.05958
    640 intersectin 1 (sh3 domain-containing protein 1a) (sh3p17). [swissprot;acc:q15811] 217.67 230.596 1.05938
    642 intersectin 2 (sh3 domain-containing protein 1b) (sh3p18) (sh3p18-like wasp associated protein). [swissprot;acc:q9nzm3]
    650 u6 snrna-associated sm-like protein lsm7. [swissprot;acc:q9uk45] 228.986 216.276 1.05877
    652 tgf beta-inducible nuclear protein 1; hairy cell leukemia protein 1. [refseq;acc:nm_014886] 248.994 235.255 1.0584
    653 dok-like protein. [refseq;acc:nm_024872] 216.504 204.622 1.05807
    658 aspartate beta-hydroxylase isoform b; junctin isoform 1; junctate; aspartyl/asparaginyl-beta-hydroxylase; peptide-aspartate beta-dioxygenase; humbug. [refseq;acc:nm_032468] 229.072 216.576 1.0577
    679 homeobox protein hox-c4 (hox-3e) (cp19). [swissprot;acc:p09017] 132.413 125.389 1.05602
    682 homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630]
    686 homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056]
    700 dj681n20.2 (novel protein similar to ferritin, light polypeptide (ftl)). [sptrembl;acc:q9byw6] 220.438 209.118 1.05413
    704 putative adenosylhomocysteinase 3 (ec 3.3.1.1) (s-adenosyl-l- homocysteine hydrolase) (adohcyase). [swissprot;acc:q96hn2]
    708 disks large-associated protein 2 (dap-2) (sap90/psd-95-associated protein 2) (sapap2) (psd-95/sap90 binding protein 2) (fragment). [swissprot;acc:q9p1a6]
    723 histone h3.3 (h3.a) (h3.b) (h3.3q). [swissprot;acc:p06351] 244.842 232.577 1.05274
    724 dj1099d15.1 (putative dnaj protein). [sptrembl;acc:q9h4j9]
    729 huntingtin interacting protein e; huntingtin interactor protein e. [refseq;acc:nm_007076] 208.874 219.708 1.05187
    734 presenilin-like protein 2 (ec 3.4.99.-) (sppl2a protein). [swissprot;acc:q8tct8] 232.601 244.534 1.0513
    736 presenilin-like protein 1 (ec 3.4.99.-) (sppl2b protein). [swissprot;acc:q8tct7]
    747 trinucleotide repeat containing 15. [refseq;acc:nm_015575] 250.465 238.38 1.0507
    751 u2 small nuclear ribonucleoprotein auxiliary factor 35 kda subunit related-protein 1. [swissprot;acc:q15695] 223.463 212.875 1.04974
    767 rho interacting protein 3. [refseq;acc:nm_015134] 213.803 224.224 1.04874
    775 histone deacetylase 2 (hd2). [swissprot;acc:q92769] 226.003 215.541 1.04854
    776 dj153g14.2 (possible ca binding protein similar to nefa) (fragment). [sptrembl;acc:q9ujn8] 225.996 215.535
    782 translin. [swissprot;acc:q15631] 224.385 235.131 1.04789
    789 40s ribosomal protein sa (p40) (34/67 kda laminin receptor) (colon carcinoma laminin-binding protein) (nem/1chd4) (multidrug resistance- associated protein mgr1-ag). [swissprot;acc:p08865] 224.244 234.511 1.04578
    792 maspin precursor (protease inhibitor 5). [swissprot;acc:p36952]
    795 serpin b11. [swissprot;acc:q96p15]
    797 cytoplasmic antiproteinase 2 (cap2) (cap-2) (protease inhibitor 8) (serpin b8). [swissprot;acc:p50452]
    831 hepatoma-derived growth factor-related protein 2. [refseq;acc:nm_032631] 231.734 222.222 1.0428
    832 cgi-142; hepatoma-derived growth factor 2. [refseq;acc:nm_016073]
    846 methyltransferase like 2. [refseq;acc:nm_018396] 147.211 153.371 1.04184
    859 60s ribosomal protein l39. [swissprot;acc:p02404] 234.025 224.958 1.04031
    860 60s ribosomal protein l18a. [swissprot;acc:q02543]
    867 40s ribosomal protein s3a. [swissprot;acc:p49241] 225.689 234.674 1.03981
    870 transcription factor btf3 homolog 3. [swissprot;acc:q13892] 211.908 203.832 1.03962

    Legend:
    - Rank is the rank after comparing the two networks
    - Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
    - Hugo is the HGNC identifier if it exists
    - Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
    - Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
    - Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
    - Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.
    - http://analysis.yellowcouch.org/