MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Network Comparison Type	Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Interaction Map	Filtered	red	network_comparison	green
			Unknown value id /4413/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ (type=integer) /288/ (type=integer) /289/ (type=integer) /290/ (type=integer) /291/ (type=integer) /292/ (type=integer) /293/ (type=integer) /294/ (type=integer) /295/ (type=integer) /296/ (type=integer) /297/ (type=integer) /298/ (type=integer) /299/ (type=integer) /300/ (type=integer) /301/ (type=integer) /302/ (type=integer) /303/ (type=integer) /304/ (type=integer) /305/ (type=integer) /306/ (type=integer) /307/ (type=integer) /308/ (type=integer) /309/ (type=integer) /310/ (type=integer) /311/ (type=integer) /312/ (type=integer) /313/ (type=integer) /314/ (type=integer) /315/ (type=integer) /316/ (type=integer) /317/ (type=integer) /318/ (type=integer) /319/ (type=integer) /320/ (type=integer) /321/ (type=integer) /322/ (type=integer) /323/ (type=integer) /324/ (type=integer) /325/ (type=integer) /326/ (type=integer) /327/ (type=integer) /328/ (type=integer) /329/ (type=integer) /330/ (type=integer) /331/ (type=integer) /332/ (type=integer) /333/ (type=integer) /334/ 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1312	ret finger protein 2 (leukemia associated protein 5) (b-cell chronic lymphocytic leukemia tumor suppressor leu5) (putative tumor suppressor rfp2) (tripartite motif protein 13). [swissprot;acc:o60858]	Rooted	High confidence	87.3823	1.04283	83.7932
	tyrosine aminotransferase (ec 2.6.1.5) (l-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase) (tat). [swissprot;acc:p17735]	Ranked	Low confidence	229.478	1.0223	224.473
1314	heat shock 70 kda protein 1-hom (hsp70-hom). [swissprot;acc:p34931]	Squared		46612.1	1.0448	44613.3
1316	putative dynein light chain protein dj8b22.1. [swissprot;acc:q9y3p0]	Measured		8015.89	1.03524	8298.41
1317	cbf1 interacting corepressor. [refseq;acc:nm_004882]	Ranked		203.649	1.02225	199.217
1318	importin 4. [refseq;acc:nm_024658]	Rooted		72.9356	1.03725	75.6526
1320	60s ribosomal protein l17 (l23). [swissprot;acc:p18621]	Squared		42301.5	1.04477	40489
	histone h3.1 (h3/a) (h3/c) (h3/d) (h3/f) (h3/h) (h3/i) (h3/j) (h3/k) (h3/l). [swissprot;acc:p16106]		High confidence	15254.5	1.12786	17204.9
1321	histone h2b. [refseq;acc:nm_175055]
	vesicle trafficking protein sec22b. [refseq;acc:nm_004892]	Rooted	Low confidence	71.7903	1.03721	74.4614
1322	endo-beta-n-acetylglucosaminidase. [refseq;acc:nm_022759]	Ranked	High confidence	159.86	1.02294	156.275
	histone h2b.s (h2b/s). [swissprot;acc:p57053]	Squared		15254.5	1.12786	17204.9
	scratch; scratch 1. [refseq;acc:nm_031309]	Rooted		67.9472	1.04215	70.8115
1323	dj850e9.1 (novel c2h2 type zinc finger protein similar to drosophila scratch (scrt), slug and xenopus snail) (fragment). [sptrembl;acc:q9nq03]			67.9155	1.04208	70.7734
	histone h2b.d (h2b/d). [swissprot;acc:q99877]	Squared		15254.5	1.12786	17204.9
1324	nuclear receptor co-repressor/hdac3 complex subunit tblr1 (tbl1- related protein 1). [swissprot;acc:q9bzk7]	Rooted		68.9332	1.04179	71.8139
1325	selenoprotein t. [swissprot;acc:q9nzj3]	Squared	Low confidence	44214.6	1.04469	42323.3
1326	histone h2b.e (h2b/e). [swissprot;acc:q99879]		High confidence	15254.5	1.12786	17204.9
1328	1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase alpha (ec 2.3.1.51) (1- agp acyltransferase 1) (1-agpat 1) (lysophosphatidic acid acyltransferase-alpha) (lpaat-alpha) (1-acylglycerol-3-phosphate o- acyltransferase 1) (g15 protein). [swissprot;acc:q99943]	Ranked	Low confidence	198.342	1.02218	194.038
	casein kinase ii beta chain (ck ii) (phosvitin) (g5a). [swissprot;acc:p13862]	Rooted		70.7455	1.03719	73.3768
1329	dj947l8.1.1 (novel cub and sushi (scr repeat) domain protein) (fragment). [sptrembl;acc:q9h4v7]	Ranked	High confidence	218.509	1.02275	213.648
1330	isoleucyl-trna synthetase, cytoplasmic (ec 6.1.1.5) (isoleucine--trna ligase) (ilers) (irs). [swissprot;acc:p41252]	Measured		5779.83	1.08041	6244.56
1334	15 kda selenoprotein precursor. [swissprot;acc:o60613]	Rooted		64.5959	1.04128	67.2624
	histone h3.3 (h3.a) (h3.b) (h3.3q). [swissprot;acc:p06351]	Squared		15967.6	1.12681	17992.4
1335	dj1099d15.1 (putative dnaj protein). [sptrembl;acc:q9h4j9]
	hepatoma-derived growth factor-related protein 2. [refseq;acc:nm_032631]	Measured	Low confidence	8165.01	1.03508	8451.45
1336	cgi-142; hepatoma-derived growth factor 2. [refseq;acc:nm_016073]
1337	galactose-1-phosphate uridylyltransferase (ec 2.7.7.12) (gal-1-p uridylyltransferase) (udp-glucose--hexose-1-phosphate uridylyltransferase). [swissprot;acc:p07902]	Ranked	High confidence	215.162	1.02257	210.412
1344	cbf1 interacting corepressor. [refseq;acc:nm_004882]	Measured	Low confidence	7869.56	1.03507	8145.53
	helicase (fragment). [sptrembl;acc:q92771]	Squared	High confidence	26354.7	1.12632	29683.8
1350	tetratricopeptide repeat protein 4 (my044 protein). [swissprot;acc:o95801]	Measured		6783.78	1.0791	7320.39
1351	dna topoisomerase ii, alpha isozyme (ec 5.99.1.3). [swissprot;acc:p11388]	Rooted	Low confidence	72.3069	1.03708	74.9879
1352	repressor of estrogen receptor activity; b-cell associated protein. [refseq;acc:nm_007273]	Ranked	High confidence	211.513	1.02209	206.941
1353	myosin light chain 1, embryonic muscle/atrial isoform (pro1957). [swissprot;acc:p12829]	Measured	Low confidence	8101.88	1.03503	8385.7
1355	glycine dehydrogenase [decarboxylating], mitochondrial precursor (ec 1.4.4.2) (glycine decarboxylase) (glycine cleavage system p- protein). [swissprot;acc:p23378]	Squared	High confidence	25294.8	1.12565	28473
	intersectin 1 (sh3 domain-containing protein 1a) (sh3p17). [swissprot;acc:q15811]	Rooted		60.4911	1.04088	58.1154
1356	ca2+-promoted ras inactivator; gtpase activating protein-like; calcium-promoted ras inactivator. [refseq;acc:nm_006989]	Ranked	Low confidence	202.643	1.02206	198.269
	hydroxyindole o-methyltransferase (ec 2.1.1.4) (hiomt) (acetylserotonin o-methyltransferase) (asmt). [swissprot;acc:p46597]	Squared	High confidence	23066.6	1.12564	25964.6
1357	importin 7; ran-binding protein 7. [refseq;acc:nm_006391]			24948.9	1.1252	28072.6
	prefoldin subunit 6 (protein ke2). [swissprot;acc:o15212]	Measured	Low confidence	8276.6	1.03497	8566.03
1358	adenosine deaminase (ec 3.5.4.4) (adenosine aminohydrolase). [swissprot;acc:p00813]			8000.32		8280.09
	intersectin 2 (sh3 domain-containing protein 1b) (sh3p18) (sh3p18-like wasp associated protein). [swissprot;acc:q9nzm3]	Rooted	High confidence	60.4911	1.04088	58.1154
1359	dj947l8.1.1 (novel cub and sushi (scr repeat) domain protein) (fragment). [sptrembl;acc:q9h4v7]	Measured		5657.71	1.0788	6103.54
1365	dpy-30-like protein. [swissprot;acc:q9c005]	Rooted		60.8705	1.04053	63.3375
1366	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase a (ec 5.2.1.8) (ppiase) (rotamase) (cyclophilin a) (cyclosporin a-binding protein). [swissprot;acc:p05092]	Ranked	Low confidence	201.227	1.02199	196.897
	ras-related c3 botulinum toxin substrate 1 (p21-rac1) (ras-like protein tc25). [swissprot;acc:p15154]	Squared		44538.2	1.04429	42649.1
1371	dna-directed rna polymerase i 16 kda polypeptide (ec 2.7.7.6) (rpa16). [swissprot;acc:q9y2s0]		High confidence	18598.9	1.12379	20901.3
	secreted modular calcium-binding protein 1. [refseq;acc:nm_022137]	Rooted		62.3839	1.04051	64.9113
1372	dj947l8.1.1 (novel cub and sushi (scr repeat) domain protein) (fragment). [sptrembl;acc:q9h4v7]	Ranked	Low confidence	203.724	1.02198	199.342
1374	40s ribosomal protein s27 (metallopan-stimulin 1) (mps-1). [swissprot;acc:p42677]	Squared		45428.3	1.04423	43504.2

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.