MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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description	Gene	Rank	Network Comparison Type	Hugo	Value Type	red	Interaction Map	green	Filtered	network_comparison
								Unknown value id /1036/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) 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(type=integer) /621/ (type=integer) /622/ (type=integer) /623/ (type=integer) /624/ (type=integer) /625/ (type=integer) /626/ (type=integer) /627/ (type=integer) /628/ (type=integer) /629/ (type=integer) /630/ (type=integer) /631/ (type=integer) /632/ (type=integer) /633/ (type=integer) /634/ (type=integer) /635/ (type=integer) /636/ (type=integer) /637/ (type=integer) /638/ (type=integer) /639/ (type=integer) /640/ (type=integer) /641/ (type=integer) /642/ (type=integer) /643/ (type=integer) /644/ (type=integer) /645/ (type=integer) /646/ (type=integer) /647/ (type=integer) /648/ (type=integer) /649/ (type=integer) /650/ (type=integer) /651/ (type=integer) /652/ (type=integer) /653/ (type=integer) /654/ (type=integer) /655/ (type=integer) /656/ (type=integer) /657/ (type=integer) /658/ (type=integer) /659/ (type=integer) /660/ (type=integer) /661/ (type=integer) /662/ (type=integer) /663/ (type=integer) /664/ (type=integer) /665/ (type=integer) /666/ (type=integer) /667/ (type=integer) /668/ (type=integer) /669/ (type=integer) /670/ (type=integer) /671/ (type=integer) /672/ (type=integer) /673/ (type=integer) /674/ (type=integer) /675/ (type=integer) /676/ (type=integer) /677/ (type=integer) /678/ (type=integer) /679/ (type=integer) /680/ (type=integer) /681/ (type=integer) /682/ (type=integer) /683/ (type=integer) /684/ (type=integer) /685/ (type=integer) /686/ (type=integer) /687/ (type=integer) /688/ (type=integer) /689/ (type=integer) /690/ (type=integer) /691/ (type=integer) /692/ (type=integer) /693/ (type=integer) /694/ (type=integer) /695/ (type=integer) /696/ (type=integer) /697/ (type=integer) /698/ (type=integer) /699/ (type=integer) /700/ (type=integer) /701/ (type=integer) /702/ (type=integer) /703/ (type=integer) /704/ (type=integer) /705/ (type=integer) /706/ (type=integer) /707/ (type=integer) /708/ (type=integer) /709/ (type=integer) /710/ (type=integer) /711/ (type=integer) /712/ (type=integer) /713/ (type=integer) /714/ (type=integer) /715/ (type=integer) /716/ (type=integer) /717/ (type=integer) /718/ (type=integer) /719/ (type=integer) /720/ (type=integer) /721/ (type=integer) /722/ (type=integer) /723/ (type=integer) /724/ (type=integer) /725/ (type=integer) /726/ (type=integer) /727/ (type=integer) /728/ (type=integer) /729/ (type=integer) /730/ (type=integer) /731/ (type=integer) /732/ (type=integer) /733/ (type=integer) /734/ (type=integer) /735/ (type=integer) /736/ (type=integer) /737/ (type=integer) /738/ (type=integer) /739/ (type=integer) /740/ (type=integer) /741/ (type=integer) /742/ (type=integer) /743/ (type=integer) /744/ (type=integer) /745/ (type=integer) /746/ (type=integer) /747/ (type=integer) /748/ (type=integer) /749/ (type=integer) /750/ (type=integer) /751/ (type=integer) /752/ (type=integer) /753/ (type=integer) /754/ (type=integer) /755/ (type=integer) /756/ (type=integer) /757/ (type=integer) /758/ (type=integer) /759/ (type=integer) /760/ (type=integer) /761/ (type=integer) /762/ (type=integer) /763/ (type=integer) /764/ (type=integer) /765/ (type=integer) /766/ (type=integer) /767/ (type=integer) /768/ (type=integer) /769/ (type=integer) /770/ (type=integer) /771/ (type=integer) /772/ (type=integer) /773/ (type=integer) /774/ (type=integer) /775/ (type=integer) /776/ (type=integer) /777/ (type=integer) /778/ (type=integer) /779/ (type=integer) /780/ (type=integer) /781/ (type=integer) /782/ (type=integer) /783/ (type=integer) /784/ (type=integer) /785/ (type=integer) /786/ (type=integer) /787/ (type=integer) /788/ (type=integer) /789/ (type=integer) /790/ (type=integer) /791/ (type=integer) /792/ (type=integer) /793/ (type=integer) /794/ (type=integer) /795/ (type=integer) /796/ (type=integer) /797/ (type=integer) /798/ (type=integer) /799/ (type=integer) /800/ (type=integer) /801/ (type=integer) /802/ (type=integer) /803/ (type=integer) /804/ (type=integer) /805/ (type=integer) /806/ (type=integer) /807/ (type=integer) /808/ 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Results: HTML CSV LaTeX

Showing element 875 to 924 of 1892 in total

Network Comparison Type  : Subtracted
red  : 0
Interaction Map  : High confidence
green  : 0
Filtered  : 1
network_comparison  : 0

description	Rank	Hugo	Value Type
myosin heavy chain, nonmuscle type a (cellular myosin heavy chain, type a) (nonmuscle myosin heavy chain-a) (nmmhc-a). [swissprot;acc:p35579]	3140	MYH9	Squared
			Rooted
myosin heavy chain, nonmuscle type b (cellular myosin heavy chain, type b) (nonmuscle myosin heavy chain-b) (nmmhc-b). [swissprot;acc:p35580]	2988	MYH10	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
myosin heavy chain, smooth muscle isoform (smmhc). [swissprot;acc:p35749]	2985	MYH11	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
myotubularin-related protein 1 (ec 3.1.3.-). [swissprot;acc:q13613]	3190	MTMR1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
myotubularin-related protein 2 (ec 3.1.3.-). [swissprot;acc:q13614]	3166	MTMR2	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
n-acetylglucosamine kinase (ec 2.7.1.59) (glcnac kinase). [swissprot;acc:q9uj70]	3022	NAGK	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
nadh-ubiquinone oxidoreductase 13 kda-b subunit (ec 1.6.5.3) (ec 1.6.99.3) (complex i-13kd-b) (ci-13kd-b) (complex i subunit b13). [swissprot;acc:q16718]	3005	NDUFA5	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
nadh-ubiquinone oxidoreductase 24 kda subunit, mitochondrial precursor (ec 1.6.5.3) (ec 1.6.99.3). [swissprot;acc:p19404]	2795	NDUFV2	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
nadh-ubiquinone oxidoreductase 30 kda subunit, mitochondrial precursor (ec 1.6.5.3) (ec 1.6.99.3) (complex i-30kd) (ci-30kd). [swissprot;acc:o75489]	3081	PTPMT1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
nadh-ubiquinone oxidoreductase 39 kda subunit, mitochondrial precursor (ec 1.6.5.3) (ec 1.6.99.3) (complex i-39kd) (ci-39kd). [swissprot;acc:q16795]	2954	NDUFA9	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
nadh-ubiquinone oxidoreductase 49 kda subunit, mitochondrial precursor (ec 1.6.5.3) (ec 1.6.99.3) (complex i-49kd) (ci-49kd). [swissprot;acc:o75306]	2878	NDUFS2	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
nanos (fragment). [sptrembl;acc:q8wy41]	2803	no value	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
neuromedin u receptor 2. [refseq;acc:nm_020167]	2991	NMUR2	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.