MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Gene	description	Rank	Network Comparison Type	Hugo	Value Type	red	Interaction Map	Filtered	green	network_comparison
									Unknown value id /1036/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ 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(type=integer) /240/ (type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ (type=integer) /288/ (type=integer) /289/ (type=integer) /290/ (type=integer) /291/ (type=integer) /292/ (type=integer) /293/ (type=integer) /294/ (type=integer) /295/ (type=integer) /296/ (type=integer) /297/ (type=integer) /298/ (type=integer) /299/ (type=integer) /300/ (type=integer) /301/ (type=integer) /302/ (type=integer) /303/ (type=integer) /304/ (type=integer) /305/ (type=integer) /306/ (type=integer) /307/ (type=integer) /308/ (type=integer) /309/ (type=integer) /310/ (type=integer) /311/ (type=integer) /312/ (type=integer) /313/ (type=integer) /314/ (type=integer) /315/ (type=integer) /316/ (type=integer) /317/ (type=integer) /318/ (type=integer) /319/ (type=integer) /320/ (type=integer) /321/ (type=integer) /322/ (type=integer) /323/ (type=integer) /324/ (type=integer) /325/ (type=integer) /326/ (type=integer) /327/ (type=integer) /328/ (type=integer) /329/ (type=integer) /330/ (type=integer) /331/ (type=integer) /332/ (type=integer) /333/ (type=integer) /334/ (type=integer) /335/ (type=integer) /336/ (type=integer) /337/ (type=integer) /338/ (type=integer) /339/ (type=integer) /340/ (type=integer) /341/ (type=integer) /342/ (type=integer) /343/ (type=integer) /344/ (type=integer) /345/ (type=integer) /346/ (type=integer) /347/ (type=integer) /348/ (type=integer) /349/ (type=integer) /350/ (type=integer) /351/ (type=integer) /352/ (type=integer) /353/ (type=integer) /354/ (type=integer) /355/ (type=integer) /356/ (type=integer) /357/ (type=integer) /358/ (type=integer) /359/ (type=integer) /360/ (type=integer) /361/ (type=integer) /362/ (type=integer) /363/ (type=integer) /364/ (type=integer) /365/ (type=integer) /366/ (type=integer) /367/ (type=integer) /368/ (type=integer) /369/ (type=integer) /370/ (type=integer) /371/ (type=integer) /372/ (type=integer) /373/ (type=integer) /374/ (type=integer) /375/ (type=integer) /376/ (type=integer) /377/ (type=integer) /378/ (type=integer) /379/ (type=integer) /380/ 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(type=integer) /737/ (type=integer) /738/ (type=integer) /739/ (type=integer) /740/ (type=integer) /741/ (type=integer) /742/ (type=integer) /743/ (type=integer) /744/ (type=integer) /745/ (type=integer) /746/ (type=integer) /747/ (type=integer) /748/ (type=integer) /749/ (type=integer) /750/ (type=integer) /751/ (type=integer) /752/ (type=integer) /753/ (type=integer) /754/ (type=integer) /755/ (type=integer) /756/ (type=integer) /757/ (type=integer) /758/ (type=integer) /759/ (type=integer) /760/ (type=integer) /761/ (type=integer) /762/ (type=integer) /763/ (type=integer) /764/ (type=integer) /765/ (type=integer) /766/ (type=integer) /767/ (type=integer) /768/ (type=integer) /769/ (type=integer) /770/ (type=integer) /771/ (type=integer) /772/ (type=integer) /773/ (type=integer) /774/ (type=integer) /775/ (type=integer) /776/ (type=integer) VALUE = ""

Results: HTML CSV LaTeX

Showing element 751 to 800 of 1892 in total

Network Comparison Type  : Subtracted
red  : 0
Interaction Map  : High confidence
Filtered  : 1
green  : 0
network_comparison  : 0

description	Rank	Hugo	Value Type
lactamase, beta 2. [refseq;acc:nm_016027]	2914	LACTB2	Squared
			Rooted
langerhans cell specific c-type lectin. [refseq;acc:nm_015717]	3046	CD207	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
late endosomal/lysosomal mp1 interacting protein (p14) (hspc003). [swissprot;acc:q9y2q5]	3044	no value	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
leucine rich repeat (in flii) interacting protein 1. [refseq;acc:nm_004735]	3017	LRRFIP1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
leucine rich repeat (in flii) interacting protein 2. [refseq;acc:nm_006309]	3153	LRRFIP2	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
likely ortholog of mouse c-type (calcium dependent, carbohydrate recognition domain) lectin, superfamily member 13; c-type lectin 13; likely ortholog of rat kupffer cell c-type lectin receptor. [refseq;acc:nm_173535]	2898	CLEC4F	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
lyl-1 protein (lymphoblastic leukemia derived sequence 1). [swissprot;acc:p12980]	3107	LYL1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
lysosomal trafficking regulator (beige homolog). [swissprot;acc:q99698]	2929	LYST	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
mab-21-like protein 1; mab-21-like 1. [refseq;acc:nm_005584]	2786	MAB21L1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
mab-21-like protein 2; mab-21-like 2. [refseq;acc:nm_006439]	2783	MAB21L2	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
mago nashi protein homolog. [swissprot;acc:p50606]	2864	MAGOH	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
major centromere autoantigen b (centromere protein b) (cenp-b). [swissprot;acc:p07199]	3013	CENPB	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
malate dehydrogenase, cytoplasmic (ec 1.1.1.37). [swissprot;acc:p40925]	3213	MDH1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.