MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Network Comparison Type	Hugo	description	Gene	Value Type	Rank	network_comparison	red	Interaction Map	green	Filtered
							Unknown value id /4920/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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(type=integer) /1155/ (type=integer) /1156/ (type=integer) /1157/ (type=integer) /1158/ (type=integer) VALUE = "" Unknown value id /2912/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ 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(type=integer) /799/ (type=integer) /800/ (type=integer) /801/ (type=integer) /802/ (type=integer) /803/ (type=integer) /804/ (type=integer) /805/ (type=integer) /806/ (type=integer) /807/ (type=integer) /808/ (type=integer) /809/ (type=integer) /810/ (type=integer) /811/ (type=integer) /812/ (type=integer) /813/ (type=integer) /814/ (type=integer) /815/ (type=integer) /816/ (type=integer) /817/ (type=integer) /818/ (type=integer) /819/ (type=integer) /820/ (type=integer) /821/ (type=integer) /822/ (type=integer) /823/ (type=integer) /824/ (type=integer) /825/ (type=integer) /826/ (type=integer) /827/ (type=integer) /828/ (type=integer) /829/ (type=integer) /830/ (type=integer) /831/ (type=integer) /832/ (type=integer) /833/ (type=integer) /834/ (type=integer) /835/ (type=integer) /836/ (type=integer) /837/ (type=integer) /838/ (type=integer) /839/ (type=integer) /840/ (type=integer) /841/ (type=integer) /842/ (type=integer) /843/ (type=integer) /844/ (type=integer) /845/ 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Results: HTML CSV LaTeX

Showing element 680 to 729 of 2060 in total

Network Comparison Type  : Subtracted
network_comparison  : 0
red  : 0
green  : 0
Filtered  : 1

Hugo	description	Value Type	Rank	Interaction Map
FBN1	fibrillin 1 precursor. [swissprot;acc:p35555]	Rooted	2844	High confidence
FBN2	fibrillin 2 precursor. [swissprot;acc:p35556]	Measured	2955
		Ranked
		Squared
		Rooted
FBN3	fibrillin 3. [refseq;acc:nm_032447]	Measured	2939
		Ranked
		Squared
		Rooted
FECH	ferrochelatase, mitochondrial precursor (ec 4.99.1.1) (protoheme ferro-lyase) (heme synthetase). [swissprot;acc:p22830]	Measured	3185
		Ranked
		Squared
		Rooted
FEN1	flap endonuclease-1 (ec 3.-.-.-) (maturation factor 1) (mf1). [swissprot;acc:p39748]	Measured	2831
		Ranked
		Squared
		Rooted
FNDC3A	ba203i16.1 (hypothetical protein kiaa0970). [sptrembl;acc:q9h1w1]	Measured	3117
		Ranked
		Squared
		Rooted
GBAS	nipsnap2 protein (glioblastoma amplified sequence). [swissprot;acc:o75323]	Measured	2918
		Ranked
		Squared
		Rooted
GDI2	rab gdp dissociation inhibitor beta (rab gdi beta) (gdi-2). [swissprot;acc:p50395]	Measured	3193
		Ranked
		Squared
		Rooted
GGT1	gamma-glutamyltranspeptidase 1 precursor (ec 2.3.2.2) (gamma- glutamyltransferase 1) (cd224 antigen). [swissprot;acc:p19440]	Measured	5054	Low confidence
		Ranked
		Squared
		Rooted
GGTL4	gamma-glutamyltransferase. [sptrembl;acc:q14390]	Measured	5053
		Ranked
		Squared
		Rooted
GGTLA1	gamma-glutamyltranspeptidase 5 precursor (ec 2.3.2.2) (gamma- glutamyltransferase 5) (ggt-rel). [swissprot;acc:p36269]	Measured	5055
		Ranked
		Squared
		Rooted
GGTLA4	gamma-glutamyltransferase-like activity 4; gamma-glutamyltranspeptidase-like. [refseq;acc:nm_080920]	Measured	5030
		Ranked	5029
		Squared	5030
		Rooted
GLIPR1	glioma pathogenesis-related protein (glipr) (rtvp-1 protein). [swissprot;acc:p48060]	Measured	2953	High confidence
		Ranked
		Squared
		Rooted
GLRA1	glycine receptor alpha-1 chain precursor (glycine receptor 48 kda subunit) (strychnine binding subunit). [swissprot;acc:p23415]	Measured	2919

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.