MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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description	Network Comparison Type	Rank	Gene	Hugo	Interaction Map	Value Type	red	Filtered	green	network_comparison
										Unknown value id /5280/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) 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(type=integer) /1051/ (type=integer) /1052/ (type=integer) /1053/ (type=integer) /1054/ (type=integer) /1055/ (type=integer) /1056/ (type=integer) /1057/ (type=integer) /1058/ (type=integer) /1059/ (type=integer) /1060/ (type=integer) /1061/ (type=integer) /1062/ (type=integer) /1063/ (type=integer) /1064/ (type=integer) /1065/ (type=integer) /1066/ (type=integer) /1067/ (type=integer) /1068/ (type=integer) /1069/ (type=integer) /1070/ (type=integer) /1071/ (type=integer) /1072/ (type=integer) /1073/ (type=integer) /1074/ (type=integer) /1075/ (type=integer) /1076/ (type=integer) /1077/ (type=integer) /1078/ (type=integer) /1079/ (type=integer) /1080/ (type=integer) /1081/ (type=integer) /1082/ (type=integer) /1083/ (type=integer) /1084/ (type=integer) /1085/ (type=integer) /1086/ (type=integer) /1087/ (type=integer) /1088/ (type=integer) /1089/ (type=integer) /1090/ (type=integer) /1091/ (type=integer) /1092/ (type=integer) /1093/ (type=integer) /1094/ (type=integer) /1095/ 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Results: HTML CSV LaTeX

Showing element 501 to 550 of 1892 in total

Network Comparison Type  : Subtracted
Interaction Map  : High confidence
red  : 0
Filtered  : 1
green  : 0
network_comparison  : 0

description	Rank	Hugo	Value Type
fibrillin 3. [refseq;acc:nm_032447]	2939	FBN3	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
flap endonuclease-1 (ec 3.-.-.-) (maturation factor 1) (mf1). [swissprot;acc:p39748]	2831	FEN1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
fructose-bisphosphate aldolase a (ec 4.1.2.13) (muscle-type aldolase) (lung cancer antigen ny-lu-1). [swissprot;acc:p04075]	2907	ALDOA	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
fructose-bisphosphate aldolase b (ec 4.1.2.13) (liver-type aldolase). [swissprot;acc:p05062]	2973	ALDOB	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
fructose-bisphosphate aldolase c (ec 4.1.2.13) (brain-type aldolase). [swissprot;acc:p09972]	3087	ALDOC	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
fyve-finger-containing rab5 effector protein rabenosyn-5. [refseq;acc:nm_022340]	2998	ZFYVE20	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
g protein-coupled receptor 66. [refseq;acc:nm_006056]	2815	NMUR1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
gamma-interferon inducible lysosomal thiol reductase precursor (gamma-interferon-inducible protein ip-30). [swissprot;acc:p13284]	3101	no value	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
gdp-fucose protein o-fucosyltransferase 1 precursor (ec 2.4.1.221) (peptide o-fucosyltransferase) (o-fuct-1). [swissprot;acc:q9h488]	3125	POFUT1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
geranylgeranyl transferase type ii beta subunit (ec 2.5.1.-) (rab geranylgeranyltransferase beta subunit) (rab geranyl- geranyltransferase beta subunit) (rab gg transferase beta) (rab ggtase beta). [swissprot;acc:p53611]	2963	RABGGTB	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
glioma pathogenesis-related protein (glipr) (rtvp-1 protein). [swissprot;acc:p48060]	2953	GLIPR1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
glioma tumor suppressor candidate region gene 2 protein (p60). [swissprot;acc:q9nzm5]	3104	SNORD23	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
glioma-amplified sequence-41; numa binding protein 1. [refseq;acc:nm_006530]	3007	YEATS4	Measured
			Ranked

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.