MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Network Comparison Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
		Unknown value id /848/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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Hugo  : no value
Value Type  : Ranked
Interaction Map  : High confidence
Filtered  : 1

Rank	description	Network Comparison Type	red	green	network_comparison
2412	mesoderm induction early response 1. [refseq;acc:nm_020948]	Subtracted	212.374	211.618	0.756
2415	hurpin (hacat uv-repressible serpin) (protease inhibitor 13) (headpin) (serpin b13). [swissprot;acc:q9uiv8]	Divided	218.2	218.984	1.00359
2425	pepsin a precursor (ec 3.4.23.1). [swissprot;acc:p00790]	Subtracted	235.812	235.088	0.724
2426	mesoderm induction early response 1. [refseq;acc:nm_020948]	Divided	212.374	211.618	1.00357
2428	alcohol dehydrogenase class iii chi chain (ec 1.1.1.1) (glutathione- dependent formaldehyde dehydrogenase) (ec 1.2.1.1) (fdh). [swissprot;acc:p11766]		192.871	193.555	1.00355
2439	dj570f3.6 (novel protein similar to lysophospholipase ii (lypla2)). [sptrembl;acc:q9uge0]	Subtracted	194.407	193.706	0.701
2445	alcohol dehydrogenase class iii chi chain (ec 1.1.1.1) (glutathione- dependent formaldehyde dehydrogenase) (ec 1.2.1.1) (fdh). [swissprot;acc:p11766]		192.871	193.555	0.684
2448	glycine dehydrogenase [decarboxylating], mitochondrial precursor (ec 1.4.4.2) (glycine decarboxylase) (glycine cleavage system p- protein). [swissprot;acc:p23378]	Divided	212.446	211.766	1.00321
2453		Subtracted			0.68
2460	pepsin a precursor (ec 3.4.23.1). [swissprot;acc:p00790]	Divided	235.812	235.088	1.00308
2488	hepatitis c virus core-binding protein 6; cervical cancer oncogene 3. [refseq;acc:nm_023934]		194.527	195.08	1.00284
2489	dc11 protein. [refseq;acc:nm_020186]
2499	hepatitis c virus core-binding protein 6; cervical cancer oncogene 3. [refseq;acc:nm_023934]	Subtracted			0.553
2500	dc11 protein. [refseq;acc:nm_020186]
2521	nuclear receptor co-repressor/hdac3 complex subunit tblr1 (tbl1- related protein 1). [swissprot;acc:q9bzk7]	Divided	201.96	201.488	1.00234
2524	proteasome subunit beta type 8 precursor (ec 3.4.25.1) (proteasome component c13) (macropain subunit c13) (multicatalytic endopeptidase complex subunit c13). [swissprot;acc:p28062]	Subtracted	212.464	211.99	0.474
2526	nuclear receptor co-repressor/hdac3 complex subunit tblr1 (tbl1- related protein 1). [swissprot;acc:q9bzk7]		201.96	201.488	0.472
2530	proteasome subunit beta type 8 precursor (ec 3.4.25.1) (proteasome component c13) (macropain subunit c13) (multicatalytic endopeptidase complex subunit c13). [swissprot;acc:p28062]	Divided	212.464	211.99	1.00224
2540	proteasome subunit beta type 9 precursor (ec 3.4.25.1) (proteasome chain 7) (macropain chain 7) (multicatalytic endopeptidase complex chain 7) (ring12 protein) (low molecular mass protein 2). [swissprot;acc:p28065]	Subtracted	213.494	213.088	0.406
2545		Divided			1.00191
2547	glycerol kinase, testis specific 2 (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3- phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:q14410]		206.894	206.51	1.00186
	metabotropic glutamate receptor 3 precursor (mglur3). [swissprot;acc:q14832]	Subtracted	222.658	223.047	0.389
2548	glycerol kinase, testis specific 1 (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3- phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:q14409]	Divided	206.899	206.516	1.00185
	glycerol kinase, testis specific 2 (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3- phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:q14410]	Subtracted	206.894	206.51	0.384
2549	glycerol kinase (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3-phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:p32189]	Divided	206.902	206.519	1.00185
	glycerol kinase, testis specific 1 (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3- phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:q14409]	Subtracted	206.899	206.516	0.383
2550	glycerol kinase (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3-phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:p32189]		206.902	206.519
2559	metabotropic glutamate receptor 3 precursor (mglur3). [swissprot;acc:q14832]	Divided	222.658	223.047	1.00175
2571	protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1 (ec 3.1.3.48) (protein-tyrosine phosphatase 1b) (ptp-1b). [swissprot;acc:p18031]		209.549	209.205	1.00164
		Subtracted			0.344
2584	dystrophin. [swissprot;acc:p11532]	Divided	213.422	213.75	1.00154
		Subtracted			0.328
2599	dj470l14.3 (novel protein similar to the arp2/3 protein complex subunit p21-arc (arc21)). [sptrembl;acc:q9h5b6]		224.891	225.195	0.304
2608	nefa-interacting nuclear protein nip30. [refseq;acc:nm_024946]	Divided	215.497	215.799	1.0014
2613		Subtracted			0.302
2621	dj470l14.3 (novel protein similar to the arp2/3 protein complex subunit p21-arc (arc21)). [sptrembl;acc:q9h5b6]	Divided	224.891	225.195	1.00135
2637	small glutamine rich protein with tetratricopeptide repeats 2. [refseq;acc:nm_019072]		187.075	186.84	1.00126
2644	nif3-like protein 1 (amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene protein 1) (my018 protein) (mds015). [swissprot;acc:q9gzt8]	Subtracted	213.63	213.874	0.244
2646	small glutamine rich protein with tetratricopeptide repeats 2. [refseq;acc:nm_019072]		187.075	186.84	0.235
2649	nif3-like protein 1 (amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene protein 1) (my018 protein) (mds015). [swissprot;acc:q9gzt8]	Divided	213.63	213.874	1.00114
2678	ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 (ralgds-like factor) (ras-associated protein rab2l). [swissprot;acc:o15211]		144.411	144.552	1.00098
2682	transforming protein n-ras. [swissprot;acc:p01111]		144.427	144.564	1.00095
2684	peroxisomal 3,2-trans-enoyl-coa isomerase (ec 5.3.3.8) (dodecenoyl-coa delta-isomerase) (d3,d2-enoyl-coa isomerase) (dbi-related protein 1) (drs-1) (hepatocellular carcinoma-associated antigen 88). [swissprot;acc:o75521]	Subtracted	194.557	194.392	0.165
2688		Divided			1.00085
2696	ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 (ralgds-like factor) (ras-associated protein rab2l). [swissprot;acc:o15211]	Subtracted	144.411	144.552	0.141
2698	transforming protein n-ras. [swissprot;acc:p01111]		144.427	144.564	0.137
2700	succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial precursor (cybs) (succinate-ubiquinone reductase membrane anchor subunit) (qps2) (cii-4) (succinate dehydrogenase complex subunit d) (succinate-ubiquinone oxidoreductase cytochrome b small subunit). [swissprot;acc:o14521]	Divided	188.435	188.31	1.00066
2701	importin 7; ran-binding protein 7. [refseq;acc:nm_006391]	Subtracted	220.521	220.395	0.126
2708	succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial precursor (cybs) (succinate-ubiquinone reductase membrane anchor subunit) (qps2) (cii-4) (succinate dehydrogenase complex subunit d) (succinate-ubiquinone oxidoreductase cytochrome b small subunit). [swissprot;acc:o14521]		188.435	188.31	0.125
2709	importin 7; ran-binding protein 7. [refseq;acc:nm_006391]	Divided	220.521	220.395	1.00057

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.