MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	description	Network Comparison Type	Hugo	Value Type	Interaction Map	Filtered	red	network_comparison	green
				Unknown value id /4405/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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(type=integer) /523/ (type=integer) /524/ (type=integer) /525/ (type=integer) /526/ (type=integer) /527/ (type=integer) /528/ (type=integer) /529/ (type=integer) /530/ (type=integer) /531/ (type=integer) /532/ (type=integer) /533/ (type=integer) /534/ (type=integer) /535/ (type=integer) /536/ (type=integer) /537/ (type=integer) /538/ (type=integer) /539/ (type=integer) /540/ (type=integer) /541/ (type=integer) /542/ (type=integer) /543/ (type=integer) /544/ (type=integer) /545/ (type=integer) /546/ (type=integer) /547/ (type=integer) /548/ (type=integer) /549/ (type=integer) /550/ (type=integer) /551/ (type=integer) /552/ (type=integer) /553/ (type=integer) /554/ (type=integer) /555/ (type=integer) /556/ (type=integer) /557/ (type=integer) /558/ (type=integer) /559/ (type=integer) /560/ (type=integer) /561/ (type=integer) /562/ (type=integer) /563/ (type=integer) /564/ (type=integer) /565/ (type=integer) /566/ (type=integer) /567/ (type=integer) /568/ (type=integer) /569/ 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(type=integer) /1274/ (type=integer) /1275/ (type=integer) /1276/ (type=integer) /1277/ (type=integer) /1278/ (type=integer) /1279/ (type=integer) /1280/ (type=integer) /1281/ (type=integer) /1282/ (type=integer) /1283/ (type=integer) /1284/ (type=integer) /1285/ (type=integer) /1286/ (type=integer) /1287/ (type=integer) /1288/ (type=integer) /1289/ (type=integer) /1290/ (type=integer) /1291/ (type=integer) /1292/ (type=integer) /1293/ (type=integer) /1294/ (type=integer) /1295/ (type=integer) /1296/ (type=integer) /1297/ (type=integer) /1298/ (type=integer) /1299/ (type=integer) /1300/ (type=integer) /1301/ (type=integer) /1302/ (type=integer) /1303/ (type=integer) /1304/ (type=integer) /1305/ (type=integer) /1306/ (type=integer) /1307/ (type=integer) /1308/ (type=integer) /1309/ (type=integer) /1310/ (type=integer) /1311/ (type=integer) /1312/ (type=integer) /1313/ (type=integer) /1314/ (type=integer) /1315/ (type=integer) /1316/ (type=integer) /1317/ (type=integer) /1318/ 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Rank	description	Network Comparison Type	Value Type	red	network_comparison	green
70	gaba-a receptor-associated protein. [sptrembl;acc:q9by60]	Subtracted	Squared	129597	56439.5	73157.5
	melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355]	Divided		219048	1.68808	129762
71	serine/threonine protein phosphatase 2a, 55 kda regulatory subunit b, alpha isoform (pp2a, subunit b, b-alpha isoform) (pp2a, subunit b, b55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, pr55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, r2-alpha isoform). [swissprot;acc:q00007]		Measured	4556.78	1.54716	2945.26
74	homeobox protein hox-c4 (hox-3e) (cp19). [swissprot;acc:p09017]	Subtracted		20446.1	3690.3	24136.4
77	homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630]
	myosin va (myosin 5a) (dilute myosin heavy chain, non-muscle) (myosin heavy chain 12) (myoxin). [swissprot;acc:q9y4i1]	Divided	Squared	110342	1.67024	184298
78	nuclear dna-binding protein; small unique nuclear receptor corepressor; c1d dna-binding protein. [refseq;acc:nm_006333]	Subtracted	Rooted	177.987	16.303	194.29
79	serine/threonine protein phosphatase 2a, 55 kda regulatory subunit b, alpha isoform (pp2a, subunit b, b-alpha isoform) (pp2a, subunit b, b55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, pr55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, r2-alpha isoform). [swissprot;acc:q00007]	Divided		63.7477	1.3237	48.1588
81	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-7 subunit. [swissprot;acc:o60262]	Subtracted		40.3337	16.0593	24.2744
	homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056]		Measured	20446.1	3690.3	24136.4
82	synbindin (trs23 homolog) (hematopoietic stem/progenitor cell protein 172) (hspc172) (ptd009) (cgi-104). [swissprot;acc:q9y296]		Squared	112820	44213	157033
84	jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469]	Divided	Measured	4932.27	1.42597	7033.29
85	melanoma-associated antigen 3 (mage-3 antigen) (antigen mz2-d). [swissprot;acc:p43357]		Ranked	88.2482	1.24949	110.265
88	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-5 like subunit. [swissprot;acc:q9y3k8]	Subtracted	Rooted	40.3364	16.0396	24.2968
	hepatocellular carcinoma-associated protein hca1. [refseq;acc:nm_020932]	Divided	Ranked	88.2482	1.24949	110.265
	ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 (ralgds-like factor) (ras-associated protein rab2l). [swissprot;acc:o15211]		Squared	105482	1.64463	64137.2
	ubiquitin activating enzyme e1-like protein. [refseq;acc:nm_006395]	Subtracted		98517.9	41590.7	56927.2
90	ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 (ralgds-like factor) (ras-associated protein rab2l). [swissprot;acc:o15211]		Measured	16071.6	3184.8	12886.8
	transforming protein n-ras. [swissprot;acc:p01111]	Divided	Squared	105469	1.64461	64130.2
91	ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 (ralgds-like factor) (ras-associated protein rab2l). [swissprot;acc:o15211]	Subtracted		105482	41344.8	64137.2
92	transforming protein n-ras. [swissprot;acc:p01111]		Measured	16069.8	3184.2	12885.6
93	formin binding protein 3; fas-ligand associated factor 1; huntingtin-interacting protein a; ny-ren-6 antigen. [refseq;acc:nm_017892]	Divided		4245.52	1.39977	5942.75
	transforming protein n-ras. [swissprot;acc:p01111]	Subtracted	Squared	105469	41338.8	64130.2
94	huntingtin-interacting protein hypa/fbp11 (fragment). [sptrembl;acc:o75404]	Divided	Measured	4247.86	1.39879	5941.88
	melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358]		Ranked	88.2482	1.24949	110.265
	synbindin (trs23 homolog) (hematopoietic stem/progenitor cell protein 172) (hspc172) (ptd009) (cgi-104). [swissprot;acc:q9y296]	Subtracted	Measured	17396.9	3087	20483.9
96	atlastin; guanylate-binding protein 3. [refseq;acc:nm_015915]	Divided	Squared	7744.68	1.56161	4959.41
99	jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469]	Subtracted	Ranked	204.641	43.684	160.957
	melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355]	Divided		88.2482	1.24949	110.265
103	mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase ib (ec 3.2.1.113) (processing alpha-1,2-mannosidase ib) (alpha-1,2-mannosidase ib) (mannosidase alpha class 1a member 2). [swissprot;acc:o60476]		Squared	407289	1.54656	263351
104	jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469]		Rooted	60.8365	1.27758	77.7233
105	serine/threonine protein phosphatase 2a, 55 kda regulatory subunit b, alpha isoform (pp2a, subunit b, b-alpha isoform) (pp2a, subunit b, b55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, pr55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, r2-alpha isoform). [swissprot;acc:q00007]	Subtracted		63.7477	15.5889	48.1588
108	myosin heavy chain, cardiac muscle alpha isoform (myhc-alpha). [swissprot;acc:p13533]	Divided	Squared	19321	1.54043	12542.6
109	cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 (cks-1) (sid1334) (pnas-16 / pnas-143). [swissprot;acc:p33551]	Subtracted		88432.6	30009.3	58423.3
110	pnas-18. [sptrembl;acc:q9bzu3]			87787.3	29631.5	58155.8
113	filamin a (alpha-filamin) (filamin 1) (endothelial actin-binding protein) (abp-280) (nonmuscle filamin). [swissprot;acc:p21333]	Divided	Measured	4366.44	1.35116	5899.76
114	cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 (cks-1) (sid1334) (pnas-16 / pnas-143). [swissprot;acc:p33551]	Subtracted		13768.2	2302.2	11466
	myosin heavy chain, cardiac muscle beta isoform (myhc-beta). [swissprot;acc:p12883]	Divided	Squared	19321	1.54043	12542.6
115	pnas-18. [sptrembl;acc:q9bzu3]	Subtracted	Measured	13680.5	2270.9	11409.6
	small glutamine rich protein with tetratricopeptide repeats 2. [refseq;acc:nm_019072]		Squared	72886.3	25658.2	98544.5
118	tyrosine aminotransferase (ec 2.6.1.5) (l-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase) (tat). [swissprot;acc:p17735]			81888.8	25582.3	56306.5
121	jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469]		Measured	4932.27	2101.02	7033.29
127	cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 (cks-1) (sid1334) (pnas-16 / pnas-143). [swissprot;acc:p33551]	Divided	Squared	88432.6	1.51365	58423.3
128	pnas-18. [sptrembl;acc:q9bzu3]			87787.3	1.50952	58155.8
130	formin binding protein 3; fas-ligand associated factor 1; huntingtin-interacting protein a; ny-ren-6 antigen. [refseq;acc:nm_017892]		Rooted	55.1026	1.22626	67.5701
131	huntingtin-interacting protein hypa/fbp11 (fragment). [sptrembl;acc:o75404]			55.1113	1.22577	67.5537
	succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial precursor (cybs) (succinate-ubiquinone reductase membrane anchor subunit) (qps2) (cii-4) (succinate dehydrogenase complex subunit d) (succinate-ubiquinone oxidoreductase cytochrome b small subunit). [swissprot;acc:o14521]	Subtracted	Squared	71062.4	24426.5	95488.9
132	tyrosine aminotransferase (ec 2.6.1.5) (l-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase) (tat). [swissprot;acc:p17735]		Measured	12839	1927.9	10911.1
133	formin binding protein 3; fas-ligand associated factor 1; huntingtin-interacting protein a; ny-ren-6 antigen. [refseq;acc:nm_017892]		Ranked	226.887	32.167	194.72
134	gaba-a receptor-associated protein. [sptrembl;acc:q9by60]	Divided	Measured	21785.2	1.32626	16426.1

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.