MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Network Comparison Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
		Unknown value id /5280/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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1009	dihydropyrimidine dehydrogenase [nadp+] precursor (ec 1.3.1.2) (dpd) (dhpdhase) (dihydrouracil dehydrogenase) (dihydrothymine dehydrogenase). [swissprot;acc:q12882]	Divided	High confidence	229.116	221.823	1.03288
1010	multisynthetase complex auxiliary component p38 (jtv-1 protein) (pro0992). [swissprot;acc:q13155]	Subtracted	Low confidence	202.723	197.922	4.801
1011	ataxin 2; olivopontocerebellar ataxia 2, autosomal dominant. [refseq;acc:nm_002973]		High confidence	228.105	221.293	6.812
1019	60s ribosomal protein l21. [swissprot;acc:p46778]			223.958	217.263	6.695
1020	similar to ribosomal protein, large, p0. [sptrembl;acc:q96fq9]			226.218	232.88	6.662
1021	block 23. [sptrembl;acc:q8nhw5]			226.205	232.858	6.653
1027	adenine phosphoribosyltransferase (ec 2.4.2.7) (aprt). [swissprot;acc:p07741]			211.449	217.998	6.549
1029	17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase. [sptrembl;acc:q13034]
1030	nucleosome assembly protein 1-like 4 (nucleosome assembly protein 2) (nap2). [swissprot;acc:q99733]	Divided	Low confidence	201.043	196.276	1.02429
1031		Subtracted				4.767
1034	40s ribosomal protein s27 (metallopan-stimulin 1) (mps-1). [swissprot;acc:p42677]		High confidence	229.442	235.974	6.532
	multisynthetase complex auxiliary component p38 (jtv-1 protein) (pro0992). [swissprot;acc:q13155]	Divided	Low confidence	202.723	197.922	1.02426
1038	1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase alpha (ec 2.3.1.51) (1- agp acyltransferase 1) (1-agpat 1) (lysophosphatidic acid acyltransferase-alpha) (lpaat-alpha) (1-acylglycerol-3-phosphate o- acyltransferase 1) (g15 protein). [swissprot;acc:q99943]		High confidence	186.741	181.041	1.03148
1040	dna-crosslink repair gene snm1. [refseq;acc:nm_014881]	Subtracted	Low confidence	203.048	198.295	4.753
1041	t-cell activation protein phosphatase 2c. [refseq;acc:nm_139283]
1042	estrogen-related receptor gamma (estrogen receptor related protein 3) (err gamma-2). [swissprot;acc:o75454]	Divided	High confidence	186.799	181.127	1.03132
1043	nucleolar protein nop5 (nucleolar protein 5) (nop58) (hspc120). [swissprot;acc:q9y2x3]	Subtracted		239.219	232.837	6.382
1049	adenine phosphoribosyltransferase (ec 2.4.2.7) (aprt). [swissprot;acc:p07741]	Divided		211.449	217.998	1.03097
1051	17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase. [sptrembl;acc:q13034]
1053	spectrin alpha chain, brain (spectrin, non-erythroid alpha chain) (alpha-ii spectrin) (fodrin alpha chain). [swissprot;acc:q13813]	Subtracted	Low confidence	194.236	189.504	4.732
1054	60s ribosomal protein l21. [swissprot;acc:p46778]	Divided	High confidence	223.958	217.263	1.03082
1056	methyltransferase like 2. [refseq;acc:nm_018396]	Subtracted		147.211	153.371	6.16
1059	ataxin 2; olivopontocerebellar ataxia 2, autosomal dominant. [refseq;acc:nm_002973]	Divided		228.105	221.293	1.03078
1062	dna-crosslink repair gene snm1. [refseq;acc:nm_014881]		Low confidence	203.048	198.295	1.02397
1063	t-cell activation protein phosphatase 2c. [refseq;acc:nm_139283]
	vacuolar atp synthase subunit g 2 (ec 3.6.3.14) (v-atpase g subunit 2) (vacuolar proton pump g subunit 2) (v-atpase 13 kda subunit 2). [swissprot;acc:o95670]	Subtracted		196.475	191.748	4.727
	zinc finger imprinted 2. [swissprot;acc:q9nzv7]	Divided	High confidence	269.96	278.232	1.03064
1070	adenosine deaminase (ec 3.5.4.4) (adenosine aminohydrolase). [swissprot;acc:p00813]	Subtracted	Low confidence	202.317	197.601	4.716
1071	dna-directed rna polymerase i 16 kda polypeptide (ec 2.7.7.6) (rpa16). [swissprot;acc:q9y2s0]	Divided	High confidence	231.277	238.356	1.03061
	small edrk-rich factor 1a. [swissprot;acc:o75920]	Subtracted	Low confidence	205.049	200.342	4.707
1075	adenosine deaminase (ec 3.5.4.4) (adenosine aminohydrolase). [swissprot;acc:p00813]	Divided		202.317	197.601	1.02387
1083	apoptosis inhibitor fksg2. [swissprot;acc:q9hau6]	Subtracted	High confidence	217.99	212.123	5.867
1086	similar to zinc finger protein 277. [sptrembl;acc:q8wwa6]	Divided		236.679	243.679	1.02958
1087	zinc finger protein 277. [swissprot;acc:q9nrm2]
1090	similar to ribosomal protein, large, p0. [sptrembl;acc:q96fq9]			226.218	232.88	1.02945
1091	block 23. [sptrembl;acc:q8nhw5]			226.205	232.858	1.02941
	mitochondrial carrier protein mgc4399. [refseq;acc:nm_032315]	Subtracted	Low confidence	201.02	196.352	4.668
1093	vacuolar atp synthase subunit g 2 (ec 3.6.3.14) (v-atpase g subunit 2) (vacuolar proton pump g subunit 2) (v-atpase 13 kda subunit 2). [swissprot;acc:o95670]		High confidence	218.484	212.675	5.809
1100	ephrin type-b receptor 4 precursor (ec 2.7.1.112) (tyrosine-protein kinase receptor htk). [swissprot;acc:p54760]	Divided	Low confidence	210.722	205.826	1.02379
1102	40s ribosomal protein s27 (metallopan-stimulin 1) (mps-1). [swissprot;acc:p42677]		High confidence	229.442	235.974	1.02847
1106	mitochondrial carrier protein mgc4399. [refseq;acc:nm_032315]		Low confidence	201.02	196.352	1.02377
1111	apoptosis inhibitor fksg2. [swissprot;acc:q9hau6]		High confidence	217.99	212.123	1.02766
1120	1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase alpha (ec 2.3.1.51) (1- agp acyltransferase 1) (1-agpat 1) (lysophosphatidic acid acyltransferase-alpha) (lpaat-alpha) (1-acylglycerol-3-phosphate o- acyltransferase 1) (g15 protein). [swissprot;acc:q99943]	Subtracted		186.741	181.041	5.7
1123	estrogen-related receptor gamma (estrogen receptor related protein 3) (err gamma-2). [swissprot;acc:o75454]			186.799	181.127	5.672
1124	kappa b-ras 1. [refseq;acc:nm_020345]			220.758	215.097	5.661
1125	dj718p11.1.2 (novel class ii aminotransferase similar to serine palmotyltransferase (isoform 2)) (fragment). [sptrembl;acc:q9ugb5]	Divided		204.404	210.022	1.02748
1127	nucleolar protein nop5 (nucleolar protein 5) (nop58) (hspc120). [swissprot;acc:q9y2x3]			239.219	232.837	1.02741
1131	vacuolar atp synthase subunit g 2 (ec 3.6.3.14) (v-atpase g subunit 2) (vacuolar proton pump g subunit 2) (v-atpase 13 kda subunit 2). [swissprot;acc:o95670]			218.484	212.675	1.02731
1133	dj718p11.1.2 (novel class ii aminotransferase similar to serine palmotyltransferase (isoform 2)) (fragment). [sptrembl;acc:q9ugb5]	Subtracted		204.404	210.022	5.618
1135	small edrk-rich factor 1a. [swissprot;acc:o75920]	Divided	Low confidence	205.049	200.342	1.02349

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.