Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

value_type as 'ranked' since this provides a very robust analysis method.

intercation map as 'high confidence'

network_comparison type as 'Divided' since this leads to a natural grouping of similar proteins

filtered as 'true' since this will only use the microarray measurements that have a sufficiently large confidence level.

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Value Type

: Ranked
Network Comparison Type

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Interaction Map

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green

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Rank	description	Hugo
3130	prefoldin subunit 4 (protein c-1). [swissprot;acc:q9nqp4]	PFDN4
3131	protein c20orf24 (rab5-interacting protein) (rip5) (pnas-11). [swissprot;acc:q9buv8]	C20orf24
3132	r3h domain (binds single-stranded nucleic acids) containing-like. [refseq;acc:nm_178491]	R3HDML
3133	ngd5 protein homolog (cgi-53). [swissprot;acc:q9y366]	IFT52
3134	rab geranylgeranyltransferase alpha subunit (ec 2.5.1.-) (rab geranyl- geranyltransferase alpha subunit) (rab gg transferase alpha) (rab ggtase alpha). [swissprot;acc:q92696]	RABGGTA
3135	protein transport protein sec23a (sec23-related protein a). [swissprot;acc:q15436]	SEC23A
3136	vaccinia related kinase 1; vaccinia-related kinase-1. [refseq;acc:nm_003384]	VRK1
3137	serine/threonine-protein kinase kkialre (ec 2.7.1.-) (cyclin-dependent kinase-like 1). [swissprot;acc:q00532]	CDKL1
3138	hcdi protein. [refseq;acc:nm_020195]	C14orf124
3139	bromodomain-containing protein 1 (br140-like protein). [swissprot;acc:o95696]	BRD1
3140	myosin heavy chain, nonmuscle type a (cellular myosin heavy chain, type a) (nonmuscle myosin heavy chain-a) (nmmhc-a). [swissprot;acc:p35579]	MYH9
3141	tubulin tyrosine ligase-like protein 1. [swissprot;acc:o95922]	TTLL1
3142	protein kinase c and casein kinase substrate in neurons protein 2. [swissprot;acc:q9unf0]	PACSIN2
3143	prkca-binding protein (protein kinase c-alpha binding protein) (protein interacting with c kinase 1). [swissprot;acc:q9nrd5]	PICK1
3144	high mobility group protein 1-like 10 (hmg-1l10). [swissprot;acc:q9ugv6]	HMG1L10
3145	beta-ureidopropionase (ec 3.5.1.6) (beta-alanine synthase) (n-carbamoyl-beta-alanine amidohydrolase) (bup-1). [swissprot;acc:q9ubr1]	UPB1
3146	putative nadh oxidoreductase complex i subunit homolog. [sptrembl;acc:q96q80]	DERL3
3147	3 beta-hydroxy-delta 5-c27-steroid oxidoreductase. [refseq;acc:nm_025193]	HSD3B7
3148	muts protein homolog 5. [swissprot;acc:o43196]	no value
3149	bromodomain and phd finger-containing protein 3 (fragment). [swissprot;acc:q9uld4]	BRPF3
3150	cysteine-rich secretory protein-3 precursor (crisp-3) (sgp28 protein). [swissprot;acc:p54108]	CRISP3
3151	dna mismatch repair protein msh2. [swissprot;acc:p43246]	MSH2
3152	histone deacetylase 6 (hd6). [swissprot;acc:q9ubn7]	HDAC6
3153	leucine rich repeat (in flii) interacting protein 2. [refseq;acc:nm_006309]	LRRFIP2
3154	nucleoporin 50 kda (nuclear pore-associated protein 60 kda-like) (pro1146). [swissprot;acc:q9ukx7]	NUP50
3155	transforming growth factor beta 2 precursor (tgf-beta 2) (glioblastoma-derived t-cell suppressor factor) (g-tsf) (bsc-1 cell growth inhibitor) (polyergin) (cetermin). [swissprot;acc:p08112]	TGFB2
3156	tektin 2 (tektin-t) (testicular tektin b1-like protein). [swissprot;acc:q9uif3]	TEKT2
3157	vesicle transport-related protein isoform a; vesicle transport-related protein. [refseq;acc:nm_016106]	SCFD1
3158	integrin alpha-6 precursor (vla-6) (cd49f). [swissprot;acc:p23229]	ITGA6
3159	trinucleotide repeat containing 6; edie; gw182 autoantigen. [refseq;acc:nm_014494]	TNRC6A
3160	cyclin k. [swissprot;acc:o75909]	CCNK
3161	brca1 associated protein. [refseq;acc:nm_006768]	BRAP
3162	phosphatidylethanolamine-binding protein (pebp) (prostatic binding protein) (hcnppp) (neuropolypeptide h3) (raf kinase inhibitor protein) (rkip) [contains: hippocampal cholinergic neurostimulating peptide (hcnp)]. [swissprot;acc:p30086]	PEBP1
3163	ccr4-not transcription complex, subunit 3; not3 (negative regulator of transcription 3, yeast) homolog. [refseq;acc:nm_014516]	CNOT3
3164	transcription factor ap-2 gamma (ap2-gamma) (activating enhancer- binding protein 2 gamma) (transcription factor erf-1). [swissprot;acc:q92754]	TFAP2C
3165	gpi transamidase component pig-s (phosphatidylinositol-glycan biosynthesis, class s protein). [swissprot;acc:q96s52]	PIGS
3166	myotubularin-related protein 2 (ec 3.1.3.-). [swissprot;acc:q13614]	MTMR2
3167	centromere/kinetochore protein zw10 homolog. [swissprot;acc:o43264]	ZW10
3168	cop-coated vesicle membrane protein p24 precursor (p24a). [swissprot;acc:q15363]	TMED2
3169	transcriptional repressor nf-x1 (ec 6.3.2.-) (nuclear transcription factor, x box-binding, 1). [swissprot;acc:q12986]	NFX1
3170	ecotropic virus integration 1 site protein. [swissprot;acc:q03112]	EVI1
3171	cyclin t2. [swissprot;acc:o60583]	CCNT2
3172	hormone sensitive lipase (ec 3.1.1.-) (hsl). [swissprot;acc:q05469]	LIPE
3173	phosphoinositide-3-kinase, class 3; vps34; phosphatidylinositol 3-kinase, class 3. [refseq;acc:nm_002647]	PIK3C3
3174	transmembrane 9 superfamily protein member 3 precursor (sm-11044 binding protein) (ep70-p-iso). [swissprot;acc:q9hd45]	TM9SF3
3175	tubulin alpha-3/alpha-7 chain (alpha-tubulin 3/7). [swissprot;acc:p05214]	TUBA3D
3176	phosphate carrier protein, mitochondrial precursor (ptp). [swissprot;acc:q00325]	SLC25A3
3177	ergic-53 protein precursor (er-golgi intermediate compartment 53 kda protein) (lectin, mannose-binding 1) (gp58) (intracellular mannose specific lectin mr60). [swissprot;acc:p49257]	LMAN1
3178	transcription initiation factor iie, beta subunit (tfiie-beta). [swissprot;acc:p29084]	no value
3179	carcinoma related gene. [refseq;acc:nm_016041]	DERL2

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.

- http://analysis.yellowcouch.org/