Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

  • value_type as 'ranked' since this provides a very robust analysis method.
  • intercation map as 'high confidence'
  • network_comparison type as 'Divided' since this leads to a natural grouping of similar proteins
  • filtered as 'true' since this will only use the microarray measurements that have a sufficiently large confidence level.
    • Unknown value id /1036/ (type=integer)
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    VALUE = ""

    Navigation/Query Panel:
    Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].
    description Gene Rank Network Comparison Type Hugo Value Type red Interaction Map green Filtered network_comparison
    		Unknown value id /1036/ (type=integer)
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    Rooted
    dj579f20.1 (high-mobility group (nonhistone chromosomal) protein 1-like 1). [sptrembl;acc:q9nqj4] 3025 HMG1L1 Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted
    dna excision repair protein ercc-1. [swissprot;acc:p07992] 3216 ERCC1 Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted
    dna ligase i (ec 6.5.1.1) (polydeoxyribonucleotide synthase [atp]). [swissprot;acc:p18858] 3103 LIG1 Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted
    dna ligase iv (ec 6.5.1.1) (polydeoxyribonucleotide synthase [atp]). [swissprot;acc:p49917] 2808 LIG4 Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted
    dna methyltransferase 1-associated protein 1 (dnmt1-associated protein 1) (dnmap1). [swissprot;acc:q9npf5] 2796 DMAP1 Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted
    dna mismatch repair protein msh2. [swissprot;acc:p43246] 3151 MSH2 Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted
    dna mismatch repair protein msh6 (muts-alpha 160 kda subunit) (g/t mismatch binding protein) (gtbp) (gtmbp) (p160). [swissprot;acc:p52701] 3045 MSH6 Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted
    dna replication licensing factor mcm8 (minichromosome maintenance 8). [swissprot;acc:q9uja3] 3011 MCM8 Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted
    dna-repair protein complementing xp-a cells (xeroderma pigmentosum group a complementing protein). [swissprot;acc:p23025] 2971 XPA Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted
    dna-repair protein complementing xp-f cell (xeroderma pigmentosum group f complementing protein) (dna excision repair protein ercc-4). [swissprot;acc:q92889] 2801 ERCC4 Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted
    double-stranded rna-binding zinc finger protein jaz. [refseq;acc:nm_012279] 3054 ZNF346 Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted
    doublesex and mab-3 related transcription factor 3; testis-specific protein; dmrt-like family a3. [refseq;acc:nm_021240] 3187 DMRT3 Measured
    Ranked
    Squared
    Rooted

    Legend:
    - Rank is the rank after comparing the two networks
    - Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
    - Hugo is the HGNC identifier if it exists
    - Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
    - Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
    - Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
    - Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.
    - http://analysis.yellowcouch.org/