MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Network Comparison Type	Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
			Unknown value id /1036/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ (type=integer) /288/ (type=integer) /289/ (type=integer) /290/ (type=integer) /291/ (type=integer) /292/ (type=integer) /293/ (type=integer) /294/ (type=integer) /295/ (type=integer) /296/ (type=integer) /297/ (type=integer) /298/ (type=integer) /299/ (type=integer) /300/ (type=integer) /301/ (type=integer) /302/ (type=integer) /303/ (type=integer) /304/ (type=integer) /305/ (type=integer) /306/ (type=integer) /307/ (type=integer) /308/ (type=integer) /309/ (type=integer) /310/ (type=integer) /311/ (type=integer) /312/ (type=integer) /313/ (type=integer) /314/ (type=integer) /315/ (type=integer) /316/ (type=integer) /317/ (type=integer) /318/ (type=integer) /319/ (type=integer) /320/ (type=integer) /321/ (type=integer) /322/ (type=integer) /323/ (type=integer) /324/ (type=integer) /325/ (type=integer) /326/ (type=integer) /327/ (type=integer) /328/ (type=integer) /329/ (type=integer) /330/ (type=integer) /331/ (type=integer) /332/ (type=integer) /333/ (type=integer) /334/ 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Showing element 3358 to 3407 of 6640 in total

Network Comparison Type  : Subtracted
Hugo  : no value
Filtered  : 1

Rank	description	Value Type	Interaction Map	red	green	network_comparison
40	protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949]	Rooted	High confidence	26.0288	43.1914	17.1626
42	gaba-a receptor-associated protein. [sptrembl;acc:q9by60]	Measured		21785.2	16426.1	5359.1
	jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469]	Rooted		60.8365	77.7233	16.8868
45	melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358]	Squared	Low confidence	82347.8	61881.5	20466.3
	myosin va (myosin 5a) (dilute myosin heavy chain, non-muscle) (myosin heavy chain 12) (myoxin). [swissprot;acc:q9y4i1]		High confidence	110342	184298	73956
46	atlastin; guanylate-binding protein 3. [refseq;acc:nm_015915]	Rooted	Low confidence	75.6323	67.6572	7.9751
	protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949]	Ranked		242.742	217.217	25.525
48	melanoma-associated antigen 3 (mage-3 antigen) (antigen mz2-d). [swissprot;acc:p43357]	Rooted	High confidence	137.446	120.823	16.623
50	homeobox protein hox-c4 (hox-3e) (cp19). [swissprot;acc:p09017]	Squared		173408	242989	69581
	melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355]		Low confidence	82347.8	61881.5	20466.3
51	ena/vasodilator stimulated phosphoprotein-like protein (ena/vasp-like protein). [swissprot;acc:q9ui08]	Measured		12768	11571.4	1196.6
	hepatocellular carcinoma-associated protein hca1. [refseq;acc:nm_020932]	Rooted	High confidence	137.446	120.823	16.623
53	60s ribosomal protein l37a. [swissprot;acc:p12751]	Ranked	Low confidence	239.692	217.005	22.687
	homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630]	Squared	High confidence	173408	242989	69581
54	atlastin; guanylate-binding protein 3. [refseq;acc:nm_015915]	Measured	Low confidence	5720.25	4577.5	1142.75
55	cysteine-rich protein 1 (cysteine-rich intestinal protein) (crip) (cysteine-rich heart protein) (hcrhp). [swissprot;acc:p50238]	Ranked		230.944	209.149	21.795
56	jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469]	Measured		6462.09	7593.77	1131.68
57	homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056]	Squared	High confidence	173408	242989	69581
	melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358]	Rooted		137.446	120.823	16.623
59	protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949]		Low confidence	55.7075	63.2842	7.5767
60	ubiquitin activating enzyme e1-like protein. [refseq;acc:nm_006395]	Measured	High confidence	16771.5	12889.1	3882.4
62	melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355]	Rooted		137.446	120.823	16.623
63	jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469]	Ranked	Low confidence	202.802	182.73	20.072
65	serine/threonine protein phosphatase 2a, 55 kda regulatory subunit b, alpha isoform (pp2a, subunit b, b-alpha isoform) (pp2a, subunit b, b55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, pr55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, r2-alpha isoform). [swissprot;acc:q00007]		High confidence	187.457	243.678	56.221
68	60s ribosomal protein l37a. [swissprot;acc:p12751]	Rooted	Low confidence	57.2649	64.3669	7.102
69	putative adenosylhomocysteinase 3 (ec 3.3.1.1) (s-adenosyl-l- homocysteine hydrolase) (adohcyase). [swissprot;acc:q96hn2]	Ranked		195.851	215.424	19.573
70	gaba-a receptor-associated protein. [sptrembl;acc:q9by60]	Squared	High confidence	129597	73157.5	56439.5
72	homeobox protein hox-c4 (hox-3e) (cp19). [swissprot;acc:p09017]	Rooted	Low confidence	101.348	108.302	6.954
74		Measured	High confidence	20446.1	24136.4	3690.3
75	homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630]	Rooted	Low confidence	101.348	108.302	6.954
76	melanoma-associated antigen 3 (mage-3 antigen) (antigen mz2-d). [swissprot;acc:p43357]	Measured		11285.3	10318.5	966.8
77	homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630]		High confidence	20446.1	24136.4	3690.3
78	nuclear dna-binding protein; small unique nuclear receptor corepressor; c1d dna-binding protein. [refseq;acc:nm_006333]	Rooted		177.987	194.29	16.303
79	hepatocellular carcinoma-associated protein hca1. [refseq;acc:nm_020932]	Measured	Low confidence	11285.3	10318.5	966.8
	homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056]	Rooted		101.348	108.302	6.954
80	transcription factor dp-1 (e2f dimerization partner 1) (drtf1- polypeptide-1) (drtf1). [swissprot;acc:q14186]	Ranked		226.338	207.874	18.464
81	cysteine-rich protein 1 (cysteine-rich intestinal protein) (crip) (cysteine-rich heart protein) (hcrhp). [swissprot;acc:p50238]	Rooted		59.2532	66.0541	6.8009
	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-7 subunit. [swissprot;acc:o60262]		High confidence	40.3337	24.2744	16.0593
	homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056]	Measured		20446.1	24136.4	3690.3
	ubiquitin activating enzyme e1-like protein. [refseq;acc:nm_006395]	Squared	Low confidence	60862.1	50419.2	10442.9
82	gaba-a receptor-associated protein. [sptrembl;acc:q9by60]			60811	50467.3	10343.7
	synbindin (trs23 homolog) (hematopoietic stem/progenitor cell protein 172) (hspc172) (ptd009) (cgi-104). [swissprot;acc:q9y296]		High confidence	112820	157033	44213
85	melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358]	Measured	Low confidence	11285.3	10318.5	966.8
88	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-5 like subunit. [swissprot;acc:q9y3k8]	Rooted	High confidence	40.3364	24.2968	16.0396
	ubiquitin activating enzyme e1-like protein. [refseq;acc:nm_006395]	Squared		98517.9	56927.2	41590.7
90	melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355]	Measured	Low confidence	11285.3	10318.5	966.8
	ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 (ralgds-like factor) (ras-associated protein rab2l). [swissprot;acc:o15211]		High confidence	16071.6	12886.8	3184.8
91		Squared		105482	64137.2	41344.8
92	transforming protein n-ras. [swissprot;acc:p01111]	Measured		16069.8	12885.6	3184.2
93		Squared		105469	64130.2	41338.8

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.