MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Network Comparison Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
		Unknown value id /3861/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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Showing element 332 to 381 of 642 in total

Hugo  : no value
Value Type  : Ranked
Interaction Map  : High confidence
Filtered  : 1

Rank	description	Network Comparison Type	red	green	network_comparison
1434	poly (adp-ribose) glycohydrolase. [refseq;acc:nm_003631]	Subtracted	217.351	213.18	4.171
1435	myosin vi. [swissprot;acc:q9um54]	Divided	220.987	225.468	1.02028
1442	fatty acid desaturase 1; linoleoyl-coa desaturase (delta-6-desaturase)-like 1; delta-5 desaturase; delta-5 fatty acid desaturase. [refseq;acc:nm_013402]		225.039	229.573	1.02015
1446	neurotrimin precursor (hnt). [swissprot;acc:q9p121]	Subtracted	224.022	219.924	4.098
1452	cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 (cks-1) (sid1334) (pnas-16 / pnas-143). [swissprot;acc:p33551]	Divided	160.381	163.554	1.01978
1457	transformer-2 protein homolog (tra-2 alpha). [swissprot;acc:q13595]	Subtracted	215.328	211.267	4.061
1463	pnas-18. [sptrembl;acc:q9bzu3]	Divided	161.056	164.211	1.01959
1464	poly (adp-ribose) glycohydrolase. [refseq;acc:nm_003631]		217.351	213.18	1.01957
1477	transformer-2 protein homolog (tra-2 alpha). [swissprot;acc:q13595]		215.328	211.267	1.01922
1493	uridine kinase-like 1. [swissprot;acc:q9nwz5]	Subtracted	218.084	214.149	3.935
1498	neurotrimin precursor (hnt). [swissprot;acc:q9p121]	Divided	224.022	219.924	1.01863
1502	uridine kinase-like 1. [swissprot;acc:q9nwz5]		218.084	214.149	1.01838
1503	putative ankyrin-repeat containing protein. [refseq;acc:nm_025185]	Subtracted	219.306	223.179	3.873
1523		Divided			1.01766
1545	dihydrofolate reductase (ec 1.5.1.3). [swissprot;acc:p00374]	Subtracted	225.119	228.769	3.65
1551	ba508n22.1 (hspc025) (fragment). [sptrembl;acc:q9hcw5]		221.128	224.767	3.639
1552	lipopolysaccharide-responsive and beige-like anchor protein (cdc4-like protein) (beige-like protein). [swissprot;acc:p50851]
1562	tyrosine aminotransferase (ec 2.6.1.5) (l-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase) (tat). [swissprot;acc:p17735]	Divided	167.687	170.455	1.01651
1565	adapter-related protein complex 1 sigma 1b subunit (sigma-adaptin 1b) (adaptor protein complex ap-1 sigma-1b subunit) (golgi adaptor ha1/ap1 adaptin sigma-1b subunit) (clathrin assembly protein complex 1 sigma- 1b small chain) (sigma 1b subunit of ap-1 clathrin) (dc22). [swissprot;acc:p56377]	Subtracted	222.134	225.731	3.597
1568	ba508n22.1 (hspc025) (fragment). [sptrembl;acc:q9hcw5]	Divided	221.128	224.767	1.01646
1569	lipopolysaccharide-responsive and beige-like anchor protein (cdc4-like protein) (beige-like protein). [swissprot;acc:p50851]
1570	endo-beta-n-acetylglucosaminidase. [refseq;acc:nm_022759]	Subtracted	159.86	156.275	3.585
1583	transcription elongation factor a protein 1 (transcription elongation factor s-ii protein 1) (transcription elongation factor tfiis.o). [swissprot;acc:p23193]		227.768	231.246	3.478
1584	enthoprotin; epsin 4; clathrin interacting protein localized in the trans-golgi region. [refseq;acc:nm_014666]		221.426	224.902	3.476
1591	dihydrofolate reductase (ec 1.5.1.3). [swissprot;acc:p00374]	Divided	225.119	228.769	1.01621
1595	adapter-related protein complex 1 sigma 1b subunit (sigma-adaptin 1b) (adaptor protein complex ap-1 sigma-1b subunit) (golgi adaptor ha1/ap1 adaptin sigma-1b subunit) (clathrin assembly protein complex 1 sigma- 1b small chain) (sigma 1b subunit of ap-1 clathrin) (dc22). [swissprot;acc:p56377]		222.134	225.731	1.01619
1598	heat shock factor binding protein 1. [swissprot;acc:o75506]	Subtracted	216.62	213.22	3.4
1603		Divided			1.01595
1607	transcription factor-like protein morf4 (mortality factor 4) (cellular senescence-related protein 1) (sen1). [swissprot;acc:q9y690]	Subtracted	228.484	231.74	3.256
1612	enthoprotin; epsin 4; clathrin interacting protein localized in the trans-golgi region. [refseq;acc:nm_014666]	Divided	221.426	224.902	1.0157
1614	sterol regulatory element binding protein-2 (srebp-2) (sterol regulatory element-binding transcription factor 2). [swissprot;acc:q12772]	Subtracted	217.446	214.2	3.246
1619	survival motor neuron protein (component of gems 1) (gemin1). [swissprot;acc:q16637]		228.496	231.729	3.233
	transcription elongation factor a protein 1 (transcription elongation factor s-ii protein 1) (transcription elongation factor tfiis.o). [swissprot;acc:p23193]	Divided	227.768	231.246	1.01527
1620	ras-related c3 botulinum toxin substrate 1 (p21-rac1) (ras-like protein tc25). [swissprot;acc:p15154]	Subtracted	228.496	231.729	3.233
1629	sterol regulatory element binding protein-2 (srebp-2) (sterol regulatory element-binding transcription factor 2). [swissprot;acc:q12772]	Divided	217.446	214.2	1.01515
1634	hydroxyindole o-methyltransferase (ec 2.1.1.4) (hiomt) (acetylserotonin o-methyltransferase) (asmt). [swissprot;acc:p46597]	Subtracted	219.745	222.928	3.183
1638	cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 (cks-1) (sid1334) (pnas-16 / pnas-143). [swissprot;acc:p33551]		160.381	163.554	3.173
1639	pnas-18. [sptrembl;acc:q9bzu3]		161.056	164.211	3.155
1644	secreted modular calcium-binding protein 1. [refseq;acc:nm_022137]	Divided	217.256	214.149	1.01451
1648	hydroxyindole o-methyltransferase (ec 2.1.1.4) (hiomt) (acetylserotonin o-methyltransferase) (asmt). [swissprot;acc:p46597]		219.745	222.928	1.01448
1651	secreted modular calcium-binding protein 1. [refseq;acc:nm_022137]	Subtracted	217.256	214.149	3.107
1663	casein kinase i, epsilon isoform (ec 2.7.1.-) (cki-epsilon) (ckie). [swissprot;acc:p49674]		227.225	224.21	3.015
1664	transcription factor-like protein morf4 (mortality factor 4) (cellular senescence-related protein 1) (sen1). [swissprot;acc:q9y690]	Divided	228.484	231.74	1.01425
1668	survival motor neuron protein (component of gems 1) (gemin1). [swissprot;acc:q16637]		228.496	231.729	1.01415
1669	ras-related c3 botulinum toxin substrate 1 (p21-rac1) (ras-like protein tc25). [swissprot;acc:p15154]
1689	ataxin 2-binding protein. [swissprot;acc:q9nwb1]	Subtracted	218.514	215.577	2.937
1704		Divided			1.01362
1707	myosin light chain 1, embryonic muscle/atrial isoform (pro1957). [swissprot;acc:p12829]	Subtracted	233.45	230.595	2.855
1710	casein kinase i, epsilon isoform (ec 2.7.1.-) (cki-epsilon) (ckie). [swissprot;acc:p49674]	Divided	227.225	224.21	1.01345
1719	helicase (fragment). [sptrembl;acc:q92771]		187.204	189.679	1.01322

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.