MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Network Comparison Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
		Unknown value id /5280/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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Showing element 313 to 362 of 642 in total

Hugo  : no value
Value Type  : Ranked
Interaction Map  : High confidence
Filtered  : 1

Rank	description	Network Comparison Type	red	green	network_comparison
1242	keratin associated protein 4-12; keratin associated protein 4.12. [refseq;acc:nm_031854]	Divided	219.354	224.7	1.02437
1243	keratin associated protein 1.5. [refseq;acc:nm_031957]			224.699
1246	keratin, ultra high-sulfur matrix protein a (uhs keratin a) (uhs kera). [swissprot;acc:p26371]
1249	alpha-parvin (calponin-like integrin-linked kinase binding protein) (ch-ilkbp). [swissprot;acc:q9nvd7]			224.7
1256	keratin associated protein 1-3; keratin associated protein 1.3. [refseq;acc:nm_030966]			224.699
1264	phosphoglycerate mutase 1 (ec 5.4.2.1) (ec 5.4.2.4) (ec 3.1.3.13) (phosphoglycerate mutase isozyme b) (pgam-b) (bpg-dependent pgam 1). [swissprot;acc:p18669]	Subtracted	212.724	207.637	5.087
1304	dj947l8.1.1 (novel cub and sushi (scr repeat) domain protein) (fragment). [sptrembl;acc:q9h4v7]		218.509	213.648	4.861
1313	galactose-1-phosphate uridylyltransferase (ec 2.7.7.12) (gal-1-p uridylyltransferase) (udp-glucose--hexose-1-phosphate uridylyltransferase). [swissprot;acc:p07902]		215.162	210.412	4.75
1322	endo-beta-n-acetylglucosaminidase. [refseq;acc:nm_022759]	Divided	159.86	156.275	1.02294
1329	dj947l8.1.1 (novel cub and sushi (scr repeat) domain protein) (fragment). [sptrembl;acc:q9h4v7]		218.509	213.648	1.02275
1333	dead (asp-glu-ala-asp) box polypeptide 47; hqp0256 protein. [refseq;acc:nm_016355]	Subtracted	218.47	213.875	4.595
1337	galactose-1-phosphate uridylyltransferase (ec 2.7.7.12) (gal-1-p uridylyltransferase) (udp-glucose--hexose-1-phosphate uridylyltransferase). [swissprot;acc:p07902]	Divided	215.162	210.412	1.02257
1352	repressor of estrogen receptor activity; b-cell associated protein. [refseq;acc:nm_007273]		211.513	206.941	1.02209
1353		Subtracted			4.572
1362	fatty acid desaturase 1; linoleoyl-coa desaturase (delta-6-desaturase)-like 1; delta-5 desaturase; delta-5 fatty acid desaturase. [refseq;acc:nm_013402]		225.039	229.573	4.534
1369	cysteine-rich protein 1 (cysteine-rich intestinal protein) (crip) (cysteine-rich heart protein) (hcrhp). [swissprot;acc:p50238]		221.152	216.659	4.493
1380	myosin vi. [swissprot;acc:q9um54]		220.987	225.468	4.481
1385	dead (asp-glu-ala-asp) box polypeptide 47; hqp0256 protein. [refseq;acc:nm_016355]	Divided	218.47	213.875	1.02148
1423	cysteine-rich protein 1 (cysteine-rich intestinal protein) (crip) (cysteine-rich heart protein) (hcrhp). [swissprot;acc:p50238]		221.152	216.659	1.02074
1434	poly (adp-ribose) glycohydrolase. [refseq;acc:nm_003631]	Subtracted	217.351	213.18	4.171
1435	myosin vi. [swissprot;acc:q9um54]	Divided	220.987	225.468	1.02028
1442	fatty acid desaturase 1; linoleoyl-coa desaturase (delta-6-desaturase)-like 1; delta-5 desaturase; delta-5 fatty acid desaturase. [refseq;acc:nm_013402]		225.039	229.573	1.02015
1446	neurotrimin precursor (hnt). [swissprot;acc:q9p121]	Subtracted	224.022	219.924	4.098
1452	cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 (cks-1) (sid1334) (pnas-16 / pnas-143). [swissprot;acc:p33551]	Divided	160.381	163.554	1.01978
1457	transformer-2 protein homolog (tra-2 alpha). [swissprot;acc:q13595]	Subtracted	215.328	211.267	4.061
1463	pnas-18. [sptrembl;acc:q9bzu3]	Divided	161.056	164.211	1.01959
1464	poly (adp-ribose) glycohydrolase. [refseq;acc:nm_003631]		217.351	213.18	1.01957
1477	transformer-2 protein homolog (tra-2 alpha). [swissprot;acc:q13595]		215.328	211.267	1.01922
1493	uridine kinase-like 1. [swissprot;acc:q9nwz5]	Subtracted	218.084	214.149	3.935
1498	neurotrimin precursor (hnt). [swissprot;acc:q9p121]	Divided	224.022	219.924	1.01863
1502	uridine kinase-like 1. [swissprot;acc:q9nwz5]		218.084	214.149	1.01838
1503	putative ankyrin-repeat containing protein. [refseq;acc:nm_025185]	Subtracted	219.306	223.179	3.873
1523		Divided			1.01766
1545	dihydrofolate reductase (ec 1.5.1.3). [swissprot;acc:p00374]	Subtracted	225.119	228.769	3.65
1551	ba508n22.1 (hspc025) (fragment). [sptrembl;acc:q9hcw5]		221.128	224.767	3.639
1552	lipopolysaccharide-responsive and beige-like anchor protein (cdc4-like protein) (beige-like protein). [swissprot;acc:p50851]
1562	tyrosine aminotransferase (ec 2.6.1.5) (l-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase) (tat). [swissprot;acc:p17735]	Divided	167.687	170.455	1.01651
1565	adapter-related protein complex 1 sigma 1b subunit (sigma-adaptin 1b) (adaptor protein complex ap-1 sigma-1b subunit) (golgi adaptor ha1/ap1 adaptin sigma-1b subunit) (clathrin assembly protein complex 1 sigma- 1b small chain) (sigma 1b subunit of ap-1 clathrin) (dc22). [swissprot;acc:p56377]	Subtracted	222.134	225.731	3.597
1568	ba508n22.1 (hspc025) (fragment). [sptrembl;acc:q9hcw5]	Divided	221.128	224.767	1.01646
1569	lipopolysaccharide-responsive and beige-like anchor protein (cdc4-like protein) (beige-like protein). [swissprot;acc:p50851]
1570	endo-beta-n-acetylglucosaminidase. [refseq;acc:nm_022759]	Subtracted	159.86	156.275	3.585
1583	transcription elongation factor a protein 1 (transcription elongation factor s-ii protein 1) (transcription elongation factor tfiis.o). [swissprot;acc:p23193]		227.768	231.246	3.478
1584	enthoprotin; epsin 4; clathrin interacting protein localized in the trans-golgi region. [refseq;acc:nm_014666]		221.426	224.902	3.476
1591	dihydrofolate reductase (ec 1.5.1.3). [swissprot;acc:p00374]	Divided	225.119	228.769	1.01621
1595	adapter-related protein complex 1 sigma 1b subunit (sigma-adaptin 1b) (adaptor protein complex ap-1 sigma-1b subunit) (golgi adaptor ha1/ap1 adaptin sigma-1b subunit) (clathrin assembly protein complex 1 sigma- 1b small chain) (sigma 1b subunit of ap-1 clathrin) (dc22). [swissprot;acc:p56377]		222.134	225.731	1.01619
1598	heat shock factor binding protein 1. [swissprot;acc:o75506]	Subtracted	216.62	213.22	3.4
1603		Divided			1.01595
1607	transcription factor-like protein morf4 (mortality factor 4) (cellular senescence-related protein 1) (sen1). [swissprot;acc:q9y690]	Subtracted	228.484	231.74	3.256
1612	enthoprotin; epsin 4; clathrin interacting protein localized in the trans-golgi region. [refseq;acc:nm_014666]	Divided	221.426	224.902	1.0157
1614	sterol regulatory element binding protein-2 (srebp-2) (sterol regulatory element-binding transcription factor 2). [swissprot;acc:q12772]	Subtracted	217.446	214.2	3.246

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.