Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

  • value_type as 'ranked' since this provides a very robust analysis method.
  • intercation map as 'high confidence'
  • network_comparison type as 'Divided' since this leads to a natural grouping of similar proteins
  • filtered as 'true' since this will only use the microarray measurements that have a sufficiently large confidence level.
    • Unknown value id /876/ (type=integer)
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    Navigation/Query Panel:
    Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].
    Rank Gene Hugo description Value Type Network Comparison Type Interaction Map Filtered red green network_comparison
    Results: HTML CSV LaTeX Showing element 241 to 290 of 321 in total
    Hugo  : no value
    Value Type  : Ranked
    Network Comparison Type  : Divided
    Interaction Map  : High confidence
    Filtered  : 1
    Rank
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    		red
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    		network_comparison
    2264 thiamin pyrophosphokinase 1; mouse thiamin pyrophosphokinase homolog; thiamine pyrophosphokinase. [refseq;acc:nm_022445] 221.599 220.351 1.00566
    2284 rna helicase-related protein; rna helicase-like protein; sf3b125 dead-box protein. [refseq;acc:nm_007372] 219.652 218.482 1.00536
    2290 myo-inositol 1-phosphate synthase a1. [refseq;acc:nm_016368] 200.158 201.213 1.00527
    2291 arsenical pump-driving atpase (ec 3.6.3.16) (arsenite-translocating atpase) (arsenical resistance atpase) (arsenite-transporting atpase) (arsa) (asna-i). [swissprot;acc:o43681]
    2293 large proline-rich protein bat3 (hla-b-associated transcript 3) (g3). [swissprot;acc:p46379]
    2316 26s proteasome non-atpase regulatory subunit 12 (26s proteasome regulatory subunit p55). [swissprot;acc:o00232] 217.241 218.311 1.00493
    2321 tetratricopeptide repeat protein 4 (my044 protein). [swissprot;acc:o95801] 203.909 202.925 1.00485
    2343 glycine cleavage system h protein, mitochondrial precursor. [swissprot;acc:p23434] 212.222 211.27 1.00451
    2356 importin 4. [refseq;acc:nm_024658] 220.921 221.863 1.00426
    2408 dj570f3.6 (novel protein similar to lysophospholipase ii (lypla2)). [sptrembl;acc:q9uge0] 194.407 193.706 1.00362
    2415 hurpin (hacat uv-repressible serpin) (protease inhibitor 13) (headpin) (serpin b13). [swissprot;acc:q9uiv8] 218.2 218.984 1.00359
    2426 mesoderm induction early response 1. [refseq;acc:nm_020948] 212.374 211.618 1.00357
    2428 alcohol dehydrogenase class iii chi chain (ec 1.1.1.1) (glutathione- dependent formaldehyde dehydrogenase) (ec 1.2.1.1) (fdh). [swissprot;acc:p11766] 192.871 193.555 1.00355
    2448 glycine dehydrogenase [decarboxylating], mitochondrial precursor (ec 1.4.4.2) (glycine decarboxylase) (glycine cleavage system p- protein). [swissprot;acc:p23378] 212.446 211.766 1.00321
    2460 pepsin a precursor (ec 3.4.23.1). [swissprot;acc:p00790] 235.812 235.088 1.00308
    2488 hepatitis c virus core-binding protein 6; cervical cancer oncogene 3. [refseq;acc:nm_023934] 194.527 195.08 1.00284
    2489 dc11 protein. [refseq;acc:nm_020186]
    2521 nuclear receptor co-repressor/hdac3 complex subunit tblr1 (tbl1- related protein 1). [swissprot;acc:q9bzk7] 201.96 201.488 1.00234
    2530 proteasome subunit beta type 8 precursor (ec 3.4.25.1) (proteasome component c13) (macropain subunit c13) (multicatalytic endopeptidase complex subunit c13). [swissprot;acc:p28062] 212.464 211.99 1.00224
    2545 proteasome subunit beta type 9 precursor (ec 3.4.25.1) (proteasome chain 7) (macropain chain 7) (multicatalytic endopeptidase complex chain 7) (ring12 protein) (low molecular mass protein 2). [swissprot;acc:p28065] 213.494 213.088 1.00191
    2547 glycerol kinase, testis specific 2 (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3- phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:q14410] 206.894 206.51 1.00186
    2548 glycerol kinase, testis specific 1 (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3- phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:q14409] 206.899 206.516 1.00185
    2549 glycerol kinase (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3-phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:p32189] 206.902 206.519
    2559 metabotropic glutamate receptor 3 precursor (mglur3). [swissprot;acc:q14832] 222.658 223.047 1.00175
    2571 protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1 (ec 3.1.3.48) (protein-tyrosine phosphatase 1b) (ptp-1b). [swissprot;acc:p18031] 209.549 209.205 1.00164
    2584 dystrophin. [swissprot;acc:p11532] 213.422 213.75 1.00154
    2608 nefa-interacting nuclear protein nip30. [refseq;acc:nm_024946] 215.497 215.799 1.0014
    2621 dj470l14.3 (novel protein similar to the arp2/3 protein complex subunit p21-arc (arc21)). [sptrembl;acc:q9h5b6] 224.891 225.195 1.00135
    2637 small glutamine rich protein with tetratricopeptide repeats 2. [refseq;acc:nm_019072] 187.075 186.84 1.00126
    2649 nif3-like protein 1 (amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene protein 1) (my018 protein) (mds015). [swissprot;acc:q9gzt8] 213.63 213.874 1.00114
    2678 ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 (ralgds-like factor) (ras-associated protein rab2l). [swissprot;acc:o15211] 144.411 144.552 1.00098
    2682 transforming protein n-ras. [swissprot;acc:p01111] 144.427 144.564 1.00095
    2688 peroxisomal 3,2-trans-enoyl-coa isomerase (ec 5.3.3.8) (dodecenoyl-coa delta-isomerase) (d3,d2-enoyl-coa isomerase) (dbi-related protein 1) (drs-1) (hepatocellular carcinoma-associated antigen 88). [swissprot;acc:o75521] 194.557 194.392 1.00085
    2700 succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial precursor (cybs) (succinate-ubiquinone reductase membrane anchor subunit) (qps2) (cii-4) (succinate dehydrogenase complex subunit d) (succinate-ubiquinone oxidoreductase cytochrome b small subunit). [swissprot;acc:o14521] 188.435 188.31 1.00066
    2709 importin 7; ran-binding protein 7. [refseq;acc:nm_006391] 220.521 220.395 1.00057
    2715 basic proline-rich peptide p-e (ib-9). [swissprot;acc:p02811] 216.018 215.903 1.00053
    2723 lamin b2. [swissprot;acc:q03252] 219.323 219.413 1.00041
    2727 atp-dependent dna helicase ii, 70 kda subunit (lupus ku autoantigen protein p70) (ku70) (70 kda subunit of ku antigen) (thyroid-lupus autoantigen) (tlaa) (ctc box binding factor 75 kda subunit) (ctcbf) (ctc75). [swissprot;acc:p12956] 221.001 220.927 1.00033
    2734 ischemia/reperfusion inducible protein. [refseq;acc:nm_024640] 219.95 220.007 1.00026
    2736 transcription factor mafg (v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog g) (hmaf). [swissprot;acc:o15525] 198.278 198.321 1.00022
    2738 transcription factor mafk (erythroid transcription factor nf-e2 p18 subunit). [swissprot;acc:o60675]
    2740 neural cell adhesion molecule l1 precursor (n-cam l1) (cd171 antigen). [swissprot;acc:p32004]
    2756 3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase (fragments). [sptrembl;acc:q9udk8] 0.00001 0.00001 1
    2765 histone h2a.e (h2a/e). [swissprot;acc:q99878]
    2767 histone h2a.c/d/i/n/p (h2a.1) (h2a/c) (h2a/d) (h2a/i) (h2a/n) (h2a/p) (h2a.1b). [swissprot;acc:p02261]
    2790 transcription factor mafb (v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog b). [swissprot;acc:q9y5q3]
    2793 udp-glucuronosyltransferase 2b17 precursor, microsomal (ec 2.4.1.17) (udpgt) (c19-steroid specific udp-glucuronosyltransferase). [swissprot;acc:o75795]
    2802 3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase/delta 5-->4-isomerase type i (3beta-hsd i) (trophoblast antigen fdo161g) [includes: 3-beta-hydroxy- delta(5)-steroid dehydrogenase (ec 1.1.1.145) (3-beta-hydroxy-5-ene steroid dehydrogenase) (progesterone reductase); steroid delta- isomerase (ec 5.3.3.1) (delta-5-3-ketosteroid isomerase)]. [swissprot;acc:p14060]
    2803 nanos (fragment). [sptrembl;acc:q8wy41]
    2819 udp-glucuronosyltransferase 2b11 precursor, microsomal (ec 2.4.1.17) (udpgt). [swissprot;acc:o75310]

    Legend:
    - Rank is the rank after comparing the two networks
    - Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
    - Hugo is the HGNC identifier if it exists
    - Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
    - Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
    - Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
    - Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.
    - http://analysis.yellowcouch.org/