MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Network Comparison Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
		Unknown value id /9250/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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2284	rna helicase-related protein; rna helicase-like protein; sf3b125 dead-box protein. [refseq;acc:nm_007372]	219.652	218.482	1.00536
2290	myo-inositol 1-phosphate synthase a1. [refseq;acc:nm_016368]	200.158	201.213	1.00527
2291	arsenical pump-driving atpase (ec 3.6.3.16) (arsenite-translocating atpase) (arsenical resistance atpase) (arsenite-transporting atpase) (arsa) (asna-i). [swissprot;acc:o43681]
2293	large proline-rich protein bat3 (hla-b-associated transcript 3) (g3). [swissprot;acc:p46379]
2316	26s proteasome non-atpase regulatory subunit 12 (26s proteasome regulatory subunit p55). [swissprot;acc:o00232]	217.241	218.311	1.00493
2321	tetratricopeptide repeat protein 4 (my044 protein). [swissprot;acc:o95801]	203.909	202.925	1.00485
2343	glycine cleavage system h protein, mitochondrial precursor. [swissprot;acc:p23434]	212.222	211.27	1.00451
2356	importin 4. [refseq;acc:nm_024658]	220.921	221.863	1.00426
2408	dj570f3.6 (novel protein similar to lysophospholipase ii (lypla2)). [sptrembl;acc:q9uge0]	194.407	193.706	1.00362
2415	hurpin (hacat uv-repressible serpin) (protease inhibitor 13) (headpin) (serpin b13). [swissprot;acc:q9uiv8]	218.2	218.984	1.00359
2426	mesoderm induction early response 1. [refseq;acc:nm_020948]	212.374	211.618	1.00357
2428	alcohol dehydrogenase class iii chi chain (ec 1.1.1.1) (glutathione- dependent formaldehyde dehydrogenase) (ec 1.2.1.1) (fdh). [swissprot;acc:p11766]	192.871	193.555	1.00355
2448	glycine dehydrogenase [decarboxylating], mitochondrial precursor (ec 1.4.4.2) (glycine decarboxylase) (glycine cleavage system p- protein). [swissprot;acc:p23378]	212.446	211.766	1.00321
2460	pepsin a precursor (ec 3.4.23.1). [swissprot;acc:p00790]	235.812	235.088	1.00308
2488	hepatitis c virus core-binding protein 6; cervical cancer oncogene 3. [refseq;acc:nm_023934]	194.527	195.08	1.00284
2489	dc11 protein. [refseq;acc:nm_020186]
2521	nuclear receptor co-repressor/hdac3 complex subunit tblr1 (tbl1- related protein 1). [swissprot;acc:q9bzk7]	201.96	201.488	1.00234
2530	proteasome subunit beta type 8 precursor (ec 3.4.25.1) (proteasome component c13) (macropain subunit c13) (multicatalytic endopeptidase complex subunit c13). [swissprot;acc:p28062]	212.464	211.99	1.00224
2545	proteasome subunit beta type 9 precursor (ec 3.4.25.1) (proteasome chain 7) (macropain chain 7) (multicatalytic endopeptidase complex chain 7) (ring12 protein) (low molecular mass protein 2). [swissprot;acc:p28065]	213.494	213.088	1.00191
2547	glycerol kinase, testis specific 2 (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3- phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:q14410]	206.894	206.51	1.00186
2548	glycerol kinase, testis specific 1 (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3- phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:q14409]	206.899	206.516	1.00185
2549	glycerol kinase (ec 2.7.1.30) (atp:glycerol 3-phosphotransferase) (glycerokinase) (gk). [swissprot;acc:p32189]	206.902	206.519
2559	metabotropic glutamate receptor 3 precursor (mglur3). [swissprot;acc:q14832]	222.658	223.047	1.00175
2571	protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1 (ec 3.1.3.48) (protein-tyrosine phosphatase 1b) (ptp-1b). [swissprot;acc:p18031]	209.549	209.205	1.00164
2584	dystrophin. [swissprot;acc:p11532]	213.422	213.75	1.00154
2608	nefa-interacting nuclear protein nip30. [refseq;acc:nm_024946]	215.497	215.799	1.0014
2621	dj470l14.3 (novel protein similar to the arp2/3 protein complex subunit p21-arc (arc21)). [sptrembl;acc:q9h5b6]	224.891	225.195	1.00135
2637	small glutamine rich protein with tetratricopeptide repeats 2. [refseq;acc:nm_019072]	187.075	186.84	1.00126
2649	nif3-like protein 1 (amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene protein 1) (my018 protein) (mds015). [swissprot;acc:q9gzt8]	213.63	213.874	1.00114
2678	ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 (ralgds-like factor) (ras-associated protein rab2l). [swissprot;acc:o15211]	144.411	144.552	1.00098
2682	transforming protein n-ras. [swissprot;acc:p01111]	144.427	144.564	1.00095
2688	peroxisomal 3,2-trans-enoyl-coa isomerase (ec 5.3.3.8) (dodecenoyl-coa delta-isomerase) (d3,d2-enoyl-coa isomerase) (dbi-related protein 1) (drs-1) (hepatocellular carcinoma-associated antigen 88). [swissprot;acc:o75521]	194.557	194.392	1.00085
2700	succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial precursor (cybs) (succinate-ubiquinone reductase membrane anchor subunit) (qps2) (cii-4) (succinate dehydrogenase complex subunit d) (succinate-ubiquinone oxidoreductase cytochrome b small subunit). [swissprot;acc:o14521]	188.435	188.31	1.00066
2709	importin 7; ran-binding protein 7. [refseq;acc:nm_006391]	220.521	220.395	1.00057
2715	basic proline-rich peptide p-e (ib-9). [swissprot;acc:p02811]	216.018	215.903	1.00053
2723	lamin b2. [swissprot;acc:q03252]	219.323	219.413	1.00041
2727	atp-dependent dna helicase ii, 70 kda subunit (lupus ku autoantigen protein p70) (ku70) (70 kda subunit of ku antigen) (thyroid-lupus autoantigen) (tlaa) (ctc box binding factor 75 kda subunit) (ctcbf) (ctc75). [swissprot;acc:p12956]	221.001	220.927	1.00033
2734	ischemia/reperfusion inducible protein. [refseq;acc:nm_024640]	219.95	220.007	1.00026
2736	transcription factor mafg (v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog g) (hmaf). [swissprot;acc:o15525]	198.278	198.321	1.00022
2738	transcription factor mafk (erythroid transcription factor nf-e2 p18 subunit). [swissprot;acc:o60675]
2740	neural cell adhesion molecule l1 precursor (n-cam l1) (cd171 antigen). [swissprot;acc:p32004]
2756	3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase (fragments). [sptrembl;acc:q9udk8]	0.00001	0.00001	1
2765	histone h2a.e (h2a/e). [swissprot;acc:q99878]
2767	histone h2a.c/d/i/n/p (h2a.1) (h2a/c) (h2a/d) (h2a/i) (h2a/n) (h2a/p) (h2a.1b). [swissprot;acc:p02261]
2790	transcription factor mafb (v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog b). [swissprot;acc:q9y5q3]
2793	udp-glucuronosyltransferase 2b17 precursor, microsomal (ec 2.4.1.17) (udpgt) (c19-steroid specific udp-glucuronosyltransferase). [swissprot;acc:o75795]
2802	3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase/delta 5-->4-isomerase type i (3beta-hsd i) (trophoblast antigen fdo161g) [includes: 3-beta-hydroxy- delta(5)-steroid dehydrogenase (ec 1.1.1.145) (3-beta-hydroxy-5-ene steroid dehydrogenase) (progesterone reductase); steroid delta- isomerase (ec 5.3.3.1) (delta-5-3-ketosteroid isomerase)]. [swissprot;acc:p14060]
2803	nanos (fragment). [sptrembl;acc:q8wy41]
2819	udp-glucuronosyltransferase 2b11 precursor, microsomal (ec 2.4.1.17) (udpgt). [swissprot;acc:o75310]

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.