MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Network Comparison Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
										Unknown value id /3709/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) 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(type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ 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(type=integer) /240/ (type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ 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(type=integer) /334/ (type=integer) /335/ (type=integer) /336/ (type=integer) /337/ (type=integer) /338/ (type=integer) /339/ (type=integer) /340/ (type=integer) /341/ (type=integer) /342/ (type=integer) /343/ (type=integer) /344/ (type=integer) /345/ (type=integer) /346/ (type=integer) /347/ (type=integer) /348/ (type=integer) /349/ (type=integer) /350/ (type=integer) /351/ (type=integer) /352/ (type=integer) /353/ (type=integer) /354/ (type=integer) /355/ (type=integer) /356/ (type=integer) /357/ (type=integer) /358/ (type=integer) /359/ (type=integer) /360/ (type=integer) /361/ (type=integer) /362/ (type=integer) /363/ (type=integer) /364/ (type=integer) /365/ (type=integer) /366/ (type=integer) /367/ (type=integer) /368/ (type=integer) /369/ (type=integer) /370/ (type=integer) /371/ (type=integer) /372/ (type=integer) /373/ (type=integer) /374/ (type=integer) /375/ (type=integer) /376/ (type=integer) /377/ (type=integer) /378/ (type=integer) /379/ (type=integer) /380/ 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(type=integer) /522/ (type=integer) /523/ (type=integer) /524/ (type=integer) /525/ (type=integer) /526/ (type=integer) /527/ (type=integer) /528/ (type=integer) /529/ (type=integer) /530/ (type=integer) /531/ (type=integer) /532/ (type=integer) /533/ (type=integer) /534/ (type=integer) /535/ (type=integer) /536/ (type=integer) /537/ (type=integer) /538/ (type=integer) /539/ (type=integer) /540/ (type=integer) /541/ (type=integer) /542/ (type=integer) /543/ (type=integer) /544/ (type=integer) /545/ (type=integer) /546/ (type=integer) /547/ (type=integer) /548/ (type=integer) /549/ (type=integer) /550/ (type=integer) /551/ (type=integer) /552/ (type=integer) /553/ (type=integer) /554/ (type=integer) /555/ (type=integer) /556/ (type=integer) /557/ (type=integer) /558/ (type=integer) /559/ (type=integer) /560/ (type=integer) /561/ (type=integer) /562/ (type=integer) /563/ (type=integer) /564/ (type=integer) /565/ (type=integer) /566/ (type=integer) /567/ (type=integer) /568/ 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Results: HTML CSV LaTeX

Showing element 25 to 74 of 1892 in total

Network Comparison Type  : Subtracted
Interaction Map  : High confidence
Filtered  : 1
red  : 0
green  : 0
network_comparison  : 0

Rank	Hugo	description	Value Type
2762	DRG1	developmentally regulated gtp-binding protein 1 (drg 1). [swissprot;acc:q9y295]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2763	PCGF3	ring finger protein 3. [refseq;acc:nm_006315]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2764	RAB11B	ras-related protein rab-11b (gtp-binding protein ypt3). [swissprot;acc:q15907]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2765	no value	histone h2a.e (h2a/e). [swissprot;acc:q99878]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2766	SS18L1	ss18-like protein 1 (syt homolog-1). [swissprot;acc:o75177]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2767	no value	histone h2a.c/d/i/n/p (h2a.1) (h2a/c) (h2a/d) (h2a/i) (h2a/n) (h2a/p) (h2a.1b). [swissprot;acc:p02261]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2768	HIST2H2AB	histone h2a.x (h2a/x). [swissprot;acc:p16104]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2769	HIST2H2AC	histone h2a.q (h2a/q) (h2a-gl101) (fragment). [swissprot;acc:q16777]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2770	NIPSNAP1	nipsnap1 protein. [swissprot;acc:q9bpw8]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2771	TBX1	t-box transcription factor tbx1 (t-box protein 1) (testis-specific t-box protein). [swissprot;acc:o43435]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2772	NUDT14	uridine diphosphate glucose pyrophosphatase. [refseq;acc:nm_177533]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2773	BMP8A	bone morphogenetic protein 8 precursor (bmp-8) (osteogenic protein 2) (op-2). [swissprot;acc:p34820]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
2774	C3orf37	dc12 protein. [refseq;acc:nm_020187]	Measured
			Ranked

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.