Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

  • value_type as 'ranked' since this provides a very robust analysis method.
  • intercation map as 'high confidence'
  • network_comparison type as 'Divided' since this leads to a natural grouping of similar proteins
  • filtered as 'true' since this will only use the microarray measurements that have a sufficiently large confidence level.
    • Unknown value id /1036/ (type=integer)
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    /801/ (type=integer)
    /802/ (type=integer)
    VALUE = ""

    Navigation/Query Panel:
    Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].
    Network Comparison Type Rank Gene Hugo description Value Type Interaction Map Filtered red green network_comparison
    		Unknown value id /1036/ (type=integer)
    /0/ (type=integer)
    /1/ (type=integer)
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    Results: HTML CSV LaTeX Showing element 2062 to 2111 of 6640 in total
    Network Comparison Type  : Divided
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    		green
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    2575 transforming protein n-ras. [swissprot;acc:p01111] Ranked Low confidence 197.403 193.915 1.01799
    2577 beta-carotene dioxygenase 2; putative b,b-carotene-9',10'-dioxygenase. [refseq;acc:nm_031938] Measured 7933.82 8172.02 1.03002
    translin. [swissprot;acc:q15631] High confidence 4979.44 5071.53 1.01849
    2578 40s ribosomal protein s26. [swissprot;acc:p02383] Squared 23172.9 22157.6 1.04582
    2583 isoleucyl-trna synthetase, cytoplasmic (ec 6.1.1.5) (isoleucine--trna ligase) (ilers) (irs). [swissprot;acc:p41252] Low confidence 46303.8 44607 1.03804
    2584 dystrophin. [swissprot;acc:p11532] Ranked High confidence 213.422 213.75 1.00154
    ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 (ralgds-like factor) (ras-associated protein rab2l). [swissprot;acc:o15211] Low confidence 197.373 193.885 1.01799
    transducin-like enhancer protein 1 (esg1). [swissprot;acc:q04724] Squared 44339.5 42715 1.03803
    2585 adp-ribosylation factor-like protein 7 (adp-ribosylation factor-like protein lak). [swissprot;acc:p56559] Ranked 197.95 194.454 1.01798
    2589 apoptosis inhibitor fksg2. [swissprot;acc:q9hau6] Measured High confidence 7181.3 7057.99 1.01747
    2591 protein transport protein sec24c (sec24-related protein c). [swissprot;acc:p53992] Squared Low confidence 44190.1 42573.1 1.03798
    2592 tetracycline transporter-like protein. [refseq;acc:nm_001120] Rooted 71.1493 73.5223 1.03335
    2593 piwi-like 2; miwi like. [refseq;acc:nm_018068] Ranked 202.81 199.233 1.01795
    2594 dna directed rna polymerase ii polypeptide j-related gene isoform 3; rpb11b1alpha protein; rpb11b1beta; dna-directed rna polymerase ii subunit 11. [refseq;acc:nm_032959] Rooted High confidence 56.0026 55.5558 1.00804
    2595 dna directed rna polymerase ii polypeptide j-related gene isoform 1; rpb11b1alpha protein; rpb11b1beta; dna-directed rna polymerase ii subunit 11. [refseq;acc:nm_145325] 56.0046 55.5599 1.008
    2598 alpha-amylase, salivary precursor (ec 3.2.1.1) (1,4-alpha-d-glucan glucanohydrolase). [swissprot;acc:p04745] Squared Low confidence 43369.2 41784.5 1.03793
    2602 dj718p11.1.2 (novel class ii aminotransferase similar to serine palmotyltransferase (isoform 2)) (fragment). [sptrembl;acc:q9ugb5] Ranked 201.612 198.066 1.0179
    2604 lim domain binding 1; carboxy terminal lim domain protein 2; lim domain-binding factor-1. [refseq;acc:nm_003893] Measured High confidence 7572.7 7689.04 1.01536
    phenol-sulfating phenol sulfotransferase 2 (ec 2.8.2.1) (p-pst) (st1a2). [swissprot;acc:p50226] Low confidence 7865.34 8100.6 1.02991
    2605 monoamine-sulfating phenol sulfotransferase (ec 2.8.2.1) (sulfotransferase, monoamine-preferring) (m-pst) (thermolabile phenol sulfotransferase) (tl-pst) (placental estrogen sulfotransferase) (catecholamine-sulfating phenol sulfotransferase) (hast3). [swissprot;acc:p50224]
    2606 phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1 (ec 2.8.2.1) (p-pst) (thermostable phenol sulfotransferase) (ts-pst) (hast1/hast2) (st1a3). [swissprot;acc:p50225] 7865.35
    2607 phosphoglycerate mutase 1 (ec 5.4.2.1) (ec 5.4.2.4) (ec 3.1.3.13) (phosphoglycerate mutase isozyme b) (pgam-b) (bpg-dependent pgam 1). [swissprot;acc:p18669] Squared 44908.5 43269.6 1.03788
    2608 nefa-interacting nuclear protein nip30. [refseq;acc:nm_024946] Ranked High confidence 215.497 215.799 1.0014
    2609 tetracycline transporter-like protein. [refseq;acc:nm_001120] Squared Low confidence 44407.1 42786.7 1.03787
    2611 dpy-30-like protein. [swissprot;acc:q9c005] Ranked 198.07 194.597 1.01785
    tfiih basal transcription factor complex p52 subunit (basic transcription factor 52 kda subunit) (btf2-p52) (general transcription factor iih polypeptide 4). [swissprot;acc:q92759] Rooted 72.6409 75.0588 1.03329
    2613 dynactin 1 (150 kda dynein-associated polypeptide) (dp-150) (dap-150) (p150-glued) (p135). [swissprot;acc:q14203] Measured 7894.61 8130.63 1.0299
    2617 signal recognition particle receptor alpha subunit (sr-alpha) (docking protein alpha) (dp-alpha). [swissprot;acc:p08240] 8024.24 8264.09 1.02989
    2619 supervillin isoform 1; membrane-associated f-actin binding protein p205; archvillin. [refseq;acc:nm_003174] Rooted 71.9581 74.3531 1.03328
    2620 similar to ribosomal protein, large, p0. [sptrembl;acc:q96fq9] Squared 45528.3 43870.1 1.0378
    2621 dj470l14.3 (novel protein similar to the arp2/3 protein complex subunit p21-arc (arc21)). [sptrembl;acc:q9h5b6] Ranked High confidence 224.891 225.195 1.00135
    2622 3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase (fragments). [sptrembl;acc:q9udk8] Rooted Low confidence 73.0199 75.4487 1.03326
    2623 40s ribosomal protein s3a. [swissprot;acc:p49241] High confidence 57.8256 57.434 1.00682
    g protein pathway suppressor 2 (gps2 protein). [swissprot;acc:q13227] Low confidence 73.0199 75.4487 1.03326
    2624 3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase/delta 5-->4-isomerase type i (3beta-hsd i) (trophoblast antigen fdo161g) [includes: 3-beta-hydroxy- delta(5)-steroid dehydrogenase (ec 1.1.1.145) (3-beta-hydroxy-5-ene steroid dehydrogenase) (progesterone reductase); steroid delta- isomerase (ec 5.3.3.1) (delta-5-3-ketosteroid isomerase)]. [swissprot;acc:p14060]
    enigma protein; lim domain protein. [refseq;acc:nm_005451] Measured 7780.62 8012.82 1.02984
    rho guanine nucleotide exchange factor (gef) 12; leukemia-associated rho guanine nucleotide exchange factor. [refseq;acc:nm_015313] Ranked 203.106 199.554 1.0178
    2625 adapter-related protein complex 3 beta 2 subunit (beta-adaptin 3b) (ap-3 complex beta-3b subunit) (beta-3b-adaptin) (neuron-specific vesicle coat protein beta-nap). [swissprot;acc:q13367] Measured High confidence 6815.24 6916.14 1.01481
    block 23. [sptrembl;acc:q8nhw5] Squared Low confidence 45529.3 43871.8 1.03778
    2626 g protein beta subunit-like. [refseq;acc:nm_022372] Measured 8168.97 8412.66 1.02983
    2631 arf gtpase-activating protein. [refseq;acc:nm_133446] Rooted 72.9252 75.3495 1.03324
    2632 fatty acid desaturase 1; linoleoyl-coa desaturase (delta-6-desaturase)-like 1; delta-5 desaturase; delta-5 fatty acid desaturase. [refseq;acc:nm_013402] High confidence 58.944 59.3324 1.00659
    histone h4. [swissprot;acc:p02304] Measured 6072.17 6155.08 1.01365
    2633 similar to zinc finger protein 277. [sptrembl;acc:q8wwa6] Rooted 52.8957 53.243 1.00657
    2634 zinc finger protein 277. [swissprot;acc:q9nrm2]
    2635 protein regulator of cytokinesis 1; protein regulating cytokinesis 1. [refseq;acc:nm_003981] Squared Low confidence 45679.5 44021.5 1.03766
    2637 small glutamine rich protein with tetratricopeptide repeats 2. [refseq;acc:nm_019072] Ranked High confidence 187.075 186.84 1.00126
    2640 adenine phosphoribosyltransferase (ec 2.4.2.7) (aprt). [swissprot;acc:p07741] Rooted 63.9773 63.5847 1.00617
    transmembrane 6 superfamily member 2 (fragment). [swissprot;acc:q9bzw4] Ranked Low confidence 203.73 200.174 1.01776
    2642 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase. [sptrembl;acc:q13034] Rooted High confidence 63.9773 63.5847 1.00617

    Legend:
    - Rank is the rank after comparing the two networks
    - Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
    - Hugo is the HGNC identifier if it exists
    - Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
    - Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
    - Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
    - Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.
    - http://analysis.yellowcouch.org/