MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Network Comparison Type	Hugo	description	Gene	Value Type	Rank	network_comparison	red	Interaction Map	green	Filtered
							Unknown value id /4920/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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(type=integer) /934/ (type=integer) /935/ (type=integer) /936/ (type=integer) /937/ (type=integer) /938/ (type=integer) /939/ (type=integer) /940/ (type=integer) /941/ (type=integer) /942/ (type=integer) /943/ (type=integer) /944/ (type=integer) /945/ (type=integer) /946/ (type=integer) /947/ (type=integer) /948/ (type=integer) /949/ (type=integer) /950/ (type=integer) /951/ (type=integer) /952/ (type=integer) /953/ (type=integer) /954/ (type=integer) /955/ (type=integer) /956/ (type=integer) /957/ (type=integer) /958/ (type=integer) /959/ (type=integer) /960/ (type=integer) /961/ (type=integer) /962/ (type=integer) /963/ (type=integer) /964/ (type=integer) /965/ (type=integer) /966/ (type=integer) /967/ (type=integer) /968/ (type=integer) /969/ (type=integer) /970/ (type=integer) /971/ (type=integer) /972/ (type=integer) /973/ (type=integer) /974/ (type=integer) /975/ (type=integer) /976/ (type=integer) /977/ (type=integer) /978/ (type=integer) /979/ (type=integer) /980/ (type=integer) /981/ (type=integer) /982/ (type=integer) /983/ (type=integer) /984/ (type=integer) /985/ (type=integer) /986/ (type=integer) /987/ (type=integer) /988/ (type=integer) /989/ (type=integer) /990/ (type=integer) /991/ (type=integer) /992/ (type=integer) /993/ (type=integer) /994/ (type=integer) /995/ (type=integer) /996/ (type=integer) /997/ (type=integer) /998/ (type=integer) /999/ (type=integer) /1000/ (type=integer) /1001/ (type=integer) /1002/ (type=integer) /1003/ (type=integer) /1004/ (type=integer) /1005/ (type=integer) /1006/ (type=integer) /1007/ (type=integer) /1008/ (type=integer) /1009/ (type=integer) /1010/ (type=integer) /1011/ (type=integer) /1012/ (type=integer) /1013/ (type=integer) /1014/ (type=integer) /1015/ (type=integer) /1016/ (type=integer) /1017/ (type=integer) /1018/ (type=integer) /1019/ (type=integer) /1020/ (type=integer) /1021/ (type=integer) /1022/ (type=integer) /1023/ (type=integer) /1024/ (type=integer) /1025/ (type=integer) /1026/ (type=integer) /1027/ (type=integer) /1028/ (type=integer) /1029/ (type=integer) /1030/ (type=integer) /1031/ (type=integer) /1032/ (type=integer) /1033/ (type=integer) /1034/ (type=integer) /1035/ (type=integer) /1036/ (type=integer) /1037/ (type=integer) /1038/ (type=integer) /1039/ (type=integer) /1040/ (type=integer) /1041/ (type=integer) /1042/ (type=integer) /1043/ (type=integer) /1044/ (type=integer) /1045/ (type=integer) /1046/ (type=integer) /1047/ (type=integer) /1048/ (type=integer) /1049/ (type=integer) /1050/ (type=integer) /1051/ (type=integer) /1052/ (type=integer) /1053/ (type=integer) /1054/ (type=integer) /1055/ (type=integer) /1056/ (type=integer) /1057/ (type=integer) /1058/ (type=integer) /1059/ (type=integer) /1060/ (type=integer) /1061/ (type=integer) /1062/ (type=integer) /1063/ (type=integer) /1064/ (type=integer) /1065/ (type=integer) /1066/ (type=integer) /1067/ (type=integer) /1068/ (type=integer) /1069/ (type=integer) /1070/ (type=integer) /1071/ 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Results: HTML CSV LaTeX

Showing element 1908 to 1957 of 2060 in total

Network Comparison Type  : Subtracted
network_comparison  : 0
red  : 0
green  : 0
Filtered  : 1

Hugo	description	Value Type	Rank	Interaction Map
TTR	transthyretin precursor (prealbumin) (tbpa) (ttr) (attr). [swissprot;acc:p02766]	Ranked	5042	Low confidence
		Squared	3041	High confidence
			5043	Low confidence
		Rooted	3041	High confidence
			5043	Low confidence
TUBA3D	tubulin alpha-3/alpha-7 chain (alpha-tubulin 3/7). [swissprot;acc:p05214]	Measured	3175	High confidence
		Ranked
		Squared
		Rooted
UBE2S	ubiquitin-conjugating enzyme e2-24 kda (ec 6.3.2.19) (ubiquitin- protein ligase) (ubiquitin carrier protein) (e2-epf5). [swissprot;acc:q16763]	Measured	3094
		Ranked
		Squared
		Rooted
UBE3B	ubiquitin protein ligase. [refseq;acc:nm_130466]	Measured	2902
		Ranked
		Squared
		Rooted
UGT1A9	udp-glucuronosyltransferase 1-6 precursor, microsomal (ec 2.4.1.17) (udp-glucuronosyltransferase 1a6) (udpgt) (ugt1*6) (ugt1-06) (ugt1.6) (ugt-1f) (ugt1f) (phenol-metabolizing udp-glucuronosyltransferase). [swissprot;acc:p19224]	Measured	2835
		Ranked
		Squared
		Rooted
UGT2A1	udp glycosyltransferase 2 family, polypeptide a1; udp glucuronosyltransferase 2 family, polypeptide a1. [refseq;acc:nm_006798]	Measured	2810
		Ranked
		Squared
		Rooted
UGT2B10	udp-glucuronosyltransferase 2b10 precursor, microsomal (ec 2.4.1.17) (udpgt). [swissprot;acc:p36537]	Measured	3085
		Ranked
		Squared
		Rooted
UGT2B28	udp-glucuronosyltransferase 2b28 precursor, microsomal (ec 2.4.1.17). [swissprot;acc:q9by64]	Measured	2979
		Ranked
		Squared
		Rooted
UGT2B4	udp-glucuronosyltransferase 2b4 precursor, microsomal (ec 2.4.1.17) (udpgt) (hyodeoxycholic acid) (hlug25) (udpgth-1). [swissprot;acc:p06133]	Measured	2889
		Ranked
		Squared
		Rooted
UGT2B7	udp-glucuronosyltransferase 2b7 precursor, microsomal (ec 2.4.1.17) (udpgt) (3,4-catechol estrogen specific) (udpgth-2). [swissprot;acc:p16662]	Measured	2818
		Ranked
		Squared
		Rooted
UPB1	beta-ureidopropionase (ec 3.5.1.6) (beta-alanine synthase) (n-carbamoyl-beta-alanine amidohydrolase) (bup-1). [swissprot;acc:q9ubr1]	Measured	3145
		Ranked
		Squared
		Rooted
UROD	uroporphyrinogen decarboxylase (ec 4.1.1.37) (uro-d) (upd). [swissprot;acc:p06132]	Measured	3010
		Ranked
		Squared
		Rooted
USP13	ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 13 (ec 3.1.2.15) (ubiquitin thiolesterase 13) (ubiquitin-specific processing protease 13) (deubiquitinating enzyme 13) (isopeptidase t-3) (isot-3). [swissprot;acc:q92995]	Measured	3192

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.