Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

  • value_type as 'ranked' since this provides a very robust analysis method.
  • intercation map as 'high confidence'
  • network_comparison type as 'Divided' since this leads to a natural grouping of similar proteins
  • filtered as 'true' since this will only use the microarray measurements that have a sufficiently large confidence level.
    • Unknown value id /1036/ (type=integer)
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    Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].
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    1619 transcription elongation factor a protein 1 (transcription elongation factor s-ii protein 1) (transcription elongation factor tfiis.o). [swissprot;acc:p23193] 227.768 231.246 1.01527
    1629 sterol regulatory element binding protein-2 (srebp-2) (sterol regulatory element-binding transcription factor 2). [swissprot;acc:q12772] 217.446 214.2 1.01515
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    1648 hydroxyindole o-methyltransferase (ec 2.1.1.4) (hiomt) (acetylserotonin o-methyltransferase) (asmt). [swissprot;acc:p46597] 219.745 222.928 1.01448
    1664 transcription factor-like protein morf4 (mortality factor 4) (cellular senescence-related protein 1) (sen1). [swissprot;acc:q9y690] 228.484 231.74 1.01425
    1668 survival motor neuron protein (component of gems 1) (gemin1). [swissprot;acc:q16637] 228.496 231.729 1.01415
    1669 ras-related c3 botulinum toxin substrate 1 (p21-rac1) (ras-like protein tc25). [swissprot;acc:p15154]
    1704 ataxin 2-binding protein. [swissprot;acc:q9nwb1] 218.514 215.577 1.01362
    1710 casein kinase i, epsilon isoform (ec 2.7.1.-) (cki-epsilon) (ckie). [swissprot;acc:p49674] 227.225 224.21 1.01345
    1719 helicase (fragment). [sptrembl;acc:q92771] 187.204 189.679 1.01322
    1743 pre-mrna cleavage factor i, 59 kda subunit. [refseq;acc:nm_024811] 218.176 215.402 1.01288
    1745 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial precursor (ec 2.6.1.19) (gamma-amino-n-butyrate transaminase) (gaba transaminase) (gaba aminotransferase) (gaba-at) (gaba-t). [swissprot;acc:p80404] 219.423 222.215 1.01272
    1748 bloom's syndrome protein (ec 3.6.1.-) (recq protein-like 3) (dna helicase, recq-like, type 2). [swissprot;acc:p54132] 215.673 212.971 1.01269
    1764 myosin light chain 1, embryonic muscle/atrial isoform (pro1957). [swissprot;acc:p12829] 233.45 230.595 1.01238
    1765 isoleucyl-trna synthetase, cytoplasmic (ec 6.1.1.5) (isoleucine--trna ligase) (ilers) (irs). [swissprot;acc:p41252] 215.698 218.369
    1780 germ cell-less. [refseq;acc:nm_022471] 206.335 203.877 1.01206
    1786 pre-b-cell leukemia transcription factor-2 (homeobox protein pbx2) (g17 protein). [swissprot;acc:p40425] 206.332 203.874
    1790 dna topoisomerase ii, alpha isozyme (ec 5.99.1.3). [swissprot;acc:p11388] 203.759 201.349 1.01197
    1791 elav-like protein 3 (hu-antigen c) (huc) (paraneoplastic cerebellar degeneration-associated antigen) (paraneoplastic limbic encephalitis antigen 21). [swissprot;acc:q14576] 217.866 215.295 1.01194
    1794 nucleoside diphosphate kinase b (ec 2.7.4.6) (ndk b) (ndp kinase b) (nm23-h2) (c-myc purine-binding transcription factor puf). [swissprot;acc:p22392] 193.138 190.861 1.01193
    1810 lon protease homolog, mitochondrial precursor (ec 3.4.21.-) (lon protease-like protein) (lonp) (lonhs). [swissprot;acc:p36776] 223.214 225.827 1.01171
    1815 dpy-30-like protein. [swissprot;acc:q9c005] 220.462 217.926 1.01164
    1831 f-actin capping protein alpha-2 subunit (capz alpha-2). [swissprot;acc:p47755] 214.746 212.328 1.01139
    1838 purine nucleoside phosphorylase (ec 2.4.2.1) (inosine phosphorylase) (pnp). [swissprot;acc:p00491] 218.984 221.446 1.01124
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    1852 3-hydroxyisobutyryl-coenzyme a hydrolase. [refseq;acc:nm_014362] 196.008 198.154 1.01095
    1867 multisynthetase complex auxiliary component p38 (jtv-1 protein) (pro0992). [swissprot;acc:q13155] 203.071 200.89 1.01086
    1873 scratch; scratch 1. [refseq;acc:nm_031309] 210.55 208.305 1.01078
    1874 williams-beuren syndrome critical region protein 20 copy b. [refseq;acc:nm_145645] 223.862 226.271 1.01076
    1881 dj850e9.1 (novel c2h2 type zinc finger protein similar to drosophila scratch (scrt), slug and xenopus snail) (fragment). [sptrembl;acc:q9nq03] 210.592 208.355 1.01074
    1897 lim domain binding 1; carboxy terminal lim domain protein 2; lim domain-binding factor-1. [refseq;acc:nm_003893] 199.883 197.835 1.01035
    1913 phospholipid scramblase 3 (pl scramblase 3) (ca(2+)-dependent phospholipid scramblase 3). [swissprot;acc:q9nry6] 215.745 213.564 1.01021
    1929 enigma protein; lim domain protein. [refseq;acc:nm_005451] 219.753 217.574 1.01001
    1930 blood group rh(ce) polypeptide (rhesus c/e antigens) (rh30a) (rhixb) (rh polypeptide 1) (rhpi). [swissprot;acc:p18577] 196.964 198.935
    1932 196.965 198.936
    1938 creatine kinase, ubiquitous mitochondrial precursor (ec 2.7.3.2) (u- mtck) (mia-ck) (acidic-type mitochondrial creatine kinase). [swissprot;acc:p12532] 198.293 196.341 1.00994
    1948 15 kda selenoprotein precursor. [swissprot;acc:o60613] 214.522 212.432 1.00984
    1973 wiskott-aldrich syndrome protein family member 2 (wasp-family protein member 2) (verprolin homology domain-containing protein 2). [swissprot;acc:q9y6w5] 214.611 212.546 1.00972
    1982 40s ribosomal protein s28. [swissprot;acc:p25112] 200.343 198.427 1.00966
    1990 collagen alpha 5(iv) chain precursor. [swissprot;acc:p29400] 219.26 217.194 1.00951
    2019 acyl-coa dehydrogenase, short/branched chain specific, mitochondrial precursor (ec 1.3.99.-) (sbcad) (2-methyl branched chain acyl-coa dehydrogenase) (2-mebcad) (2-methylbutyryl-coenzyme a dehydrogenase) (2-methylbutyryl-coa dehydrogenase). [swissprot;acc:p45954] 215.799 213.865 1.00904
    2046 adapter-related protein complex 3 beta 2 subunit (beta-adaptin 3b) (ap-3 complex beta-3b subunit) (beta-3b-adaptin) (neuron-specific vesicle coat protein beta-nap). [swissprot;acc:q13367] 199.928 198.24 1.00851
    2058 sh3 domain-binding glutamic acid-rich-like protein 2 (fovea-associated sh3 domain binding protein). [swissprot;acc:q9ujc5] 218.79 216.981 1.00834
    2084 glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] 1 (ec 2.6.1.16) (hexosephosphate aminotransferase 1) (d-fructose-6- phosphate amidotransferase 1) (gfat 1) (gfat1). [swissprot;acc:q06210] 222.548 224.293 1.00784
    2098 ret finger protein 2 (leukemia associated protein 5) (b-cell chronic lymphocytic leukemia tumor suppressor leu5) (putative tumor suppressor rfp2) (tripartite motif protein 13). [swissprot;acc:o60858] 177.515 178.831 1.00741
    2100 ubiquitin-like protein smt3b (sentrin 2) (hsmt3). [swissprot;acc:p55855] 211.71 213.27 1.00737
    2111 ran-binding protein 2-like 1 isoform 2; sperm membrane protein bs-63; ran-binding protein 2-like 1. [refseq;acc:nm_032260] 219.047 217.511 1.00706
    2113 219.055 217.533 1.007
    2148 ba271b5.1 (similar to ribosomal protein s7). [sptrembl;acc:q9h1s9] 217.871 219.366 1.00686
    2164 signal-induced proliferation-associated 1-like 1. [refseq;acc:nm_015556] 215.925 214.481 1.00673

    Legend:
    - Rank is the rank after comparing the two networks
    - Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
    - Hugo is the HGNC identifier if it exists
    - Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
    - Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
    - Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
    - Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.
    - http://analysis.yellowcouch.org/