MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	description	Value Type	Interaction Map	Network Comparison Type	Filtered	red	green	network_comparison
								Unknown value id /4013/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) 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(type=integer) /240/ (type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ 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(type=integer) /1044/ (type=integer) /1045/ (type=integer) /1046/ (type=integer) /1047/ (type=integer) /1048/ (type=integer) /1049/ (type=integer) /1050/ (type=integer) /1051/ (type=integer) /1052/ (type=integer) /1053/ (type=integer) /1054/ (type=integer) /1055/ (type=integer) /1056/ (type=integer) /1057/ (type=integer) /1058/ (type=integer) /1059/ (type=integer) /1060/ (type=integer) /1061/ (type=integer) /1062/ (type=integer) /1063/ (type=integer) /1064/ (type=integer) /1065/ (type=integer) /1066/ (type=integer) /1067/ (type=integer) /1068/ (type=integer) /1069/ (type=integer) /1070/ (type=integer) /1071/ (type=integer) /1072/ (type=integer) /1073/ (type=integer) /1074/ (type=integer) /1075/ (type=integer) /1076/ (type=integer) /1077/ (type=integer) /1078/ (type=integer) /1079/ (type=integer) /1080/ (type=integer) /1081/ (type=integer) /1082/ (type=integer) /1083/ (type=integer) /1084/ (type=integer) /1085/ (type=integer) /1086/ (type=integer) /1087/ (type=integer) /1088/ 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Results: HTML CSV LaTeX

Showing element 1762 to 1811 of 1892 in total

Interaction Map  : High confidence
Network Comparison Type  : Subtracted
Filtered  : 1
red  : 0
green  : 0
network_comparison  : 0

Rank	description	Value Type
3196	homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 1 protein (methyl methanesulfonate (mmf)-inducible fragment protein 1). [swissprot;acc:q15011]	Ranked
		Squared
		Rooted
3197	cisplatin resistance related protein crr9p. [refseq;acc:nm_030782]	Measured
		Ranked
		Squared
		Rooted
3198	rp42 homolog; squamous cell carcinoma-related oncogene. [refseq;acc:nm_020640]	Measured
		Ranked
		Squared
		Rooted
3199	complement component c6 precursor. [swissprot;acc:p13671]	Measured
		Ranked
		Squared
		Rooted
3200	endosome-associated fyve-domain protein. [refseq;acc:nm_014733]	Measured
		Ranked
		Squared
		Rooted
3201	recessive polycystic kidney disease protein tg737 homolog. [swissprot;acc:q13099]	Measured
		Ranked
		Squared
		Rooted
3202	ran binding protein 3 isoform ranbp3-d; ran-binding protein-3. [refseq;acc:nm_007322]	Measured
		Ranked
		Squared
		Rooted
3203	high mobility group protein 4 (hmg-4) (high mobility group protein 2a) (hmg-2a). [swissprot;acc:o15347]	Measured
		Ranked
		Squared
		Rooted
3204	vaccinia related kinase 2; vaccinia-related kinase-2. [refseq;acc:nm_006296]	Measured
		Ranked
		Squared
		Rooted
3205	rb1-inducible coiled coil protein 1. [refseq;acc:nm_014781]	Measured
		Ranked
		Squared
		Rooted
3206	protein c20orf43 (hspc164/hspc169) (ad-007) (cda05). [swissprot;acc:q9by42]	Measured
		Ranked
		Squared
		Rooted
3207	complement component c8 beta chain precursor. [swissprot;acc:p07358]	Measured
		Ranked
		Squared
		Rooted
3208	runt-related transcription factor 3 (core-binding factor, alpha 3 subunit) (cbf-alpha 3) (acute myeloid leukemia 2 protein) (oncogene aml-2) (polyomavirus enhancer binding protein 2 alpha c subunit) (pebp2-alpha c) (pea2-alpha c) (sl3-3 enhancer factor 1 alpha c subunit) (sl3/akv core-binding factor alpha c subunit). [swissprot;acc:q13761]	Measured
		Ranked
		Squared

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.