MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Network Comparison Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
		Unknown value id /7194/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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Showing element 175 to 224 of 321 in total

Hugo  : no value
Value Type  : Ranked
Network Comparison Type  : Divided
Interaction Map  : High confidence
Filtered  : 1

Rank	description	red	green	network_comparison
1562	tyrosine aminotransferase (ec 2.6.1.5) (l-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase) (tat). [swissprot;acc:p17735]	167.687	170.455	1.01651
1568	ba508n22.1 (hspc025) (fragment). [sptrembl;acc:q9hcw5]	221.128	224.767	1.01646
1569	lipopolysaccharide-responsive and beige-like anchor protein (cdc4-like protein) (beige-like protein). [swissprot;acc:p50851]
1591	dihydrofolate reductase (ec 1.5.1.3). [swissprot;acc:p00374]	225.119	228.769	1.01621
1595	adapter-related protein complex 1 sigma 1b subunit (sigma-adaptin 1b) (adaptor protein complex ap-1 sigma-1b subunit) (golgi adaptor ha1/ap1 adaptin sigma-1b subunit) (clathrin assembly protein complex 1 sigma- 1b small chain) (sigma 1b subunit of ap-1 clathrin) (dc22). [swissprot;acc:p56377]	222.134	225.731	1.01619
1603	heat shock factor binding protein 1. [swissprot;acc:o75506]	216.62	213.22	1.01595
1612	enthoprotin; epsin 4; clathrin interacting protein localized in the trans-golgi region. [refseq;acc:nm_014666]	221.426	224.902	1.0157
1619	transcription elongation factor a protein 1 (transcription elongation factor s-ii protein 1) (transcription elongation factor tfiis.o). [swissprot;acc:p23193]	227.768	231.246	1.01527
1629	sterol regulatory element binding protein-2 (srebp-2) (sterol regulatory element-binding transcription factor 2). [swissprot;acc:q12772]	217.446	214.2	1.01515
1644	secreted modular calcium-binding protein 1. [refseq;acc:nm_022137]	217.256	214.149	1.01451
1648	hydroxyindole o-methyltransferase (ec 2.1.1.4) (hiomt) (acetylserotonin o-methyltransferase) (asmt). [swissprot;acc:p46597]	219.745	222.928	1.01448
1664	transcription factor-like protein morf4 (mortality factor 4) (cellular senescence-related protein 1) (sen1). [swissprot;acc:q9y690]	228.484	231.74	1.01425
1668	survival motor neuron protein (component of gems 1) (gemin1). [swissprot;acc:q16637]	228.496	231.729	1.01415
1669	ras-related c3 botulinum toxin substrate 1 (p21-rac1) (ras-like protein tc25). [swissprot;acc:p15154]
1704	ataxin 2-binding protein. [swissprot;acc:q9nwb1]	218.514	215.577	1.01362
1710	casein kinase i, epsilon isoform (ec 2.7.1.-) (cki-epsilon) (ckie). [swissprot;acc:p49674]	227.225	224.21	1.01345
1719	helicase (fragment). [sptrembl;acc:q92771]	187.204	189.679	1.01322
1743	pre-mrna cleavage factor i, 59 kda subunit. [refseq;acc:nm_024811]	218.176	215.402	1.01288
1745	4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial precursor (ec 2.6.1.19) (gamma-amino-n-butyrate transaminase) (gaba transaminase) (gaba aminotransferase) (gaba-at) (gaba-t). [swissprot;acc:p80404]	219.423	222.215	1.01272
1748	bloom's syndrome protein (ec 3.6.1.-) (recq protein-like 3) (dna helicase, recq-like, type 2). [swissprot;acc:p54132]	215.673	212.971	1.01269
1764	myosin light chain 1, embryonic muscle/atrial isoform (pro1957). [swissprot;acc:p12829]	233.45	230.595	1.01238
1765	isoleucyl-trna synthetase, cytoplasmic (ec 6.1.1.5) (isoleucine--trna ligase) (ilers) (irs). [swissprot;acc:p41252]	215.698	218.369
1780	germ cell-less. [refseq;acc:nm_022471]	206.335	203.877	1.01206
1786	pre-b-cell leukemia transcription factor-2 (homeobox protein pbx2) (g17 protein). [swissprot;acc:p40425]	206.332	203.874
1790	dna topoisomerase ii, alpha isozyme (ec 5.99.1.3). [swissprot;acc:p11388]	203.759	201.349	1.01197
1791	elav-like protein 3 (hu-antigen c) (huc) (paraneoplastic cerebellar degeneration-associated antigen) (paraneoplastic limbic encephalitis antigen 21). [swissprot;acc:q14576]	217.866	215.295	1.01194
1794	nucleoside diphosphate kinase b (ec 2.7.4.6) (ndk b) (ndp kinase b) (nm23-h2) (c-myc purine-binding transcription factor puf). [swissprot;acc:p22392]	193.138	190.861	1.01193
1810	lon protease homolog, mitochondrial precursor (ec 3.4.21.-) (lon protease-like protein) (lonp) (lonhs). [swissprot;acc:p36776]	223.214	225.827	1.01171
1815	dpy-30-like protein. [swissprot;acc:q9c005]	220.462	217.926	1.01164
1831	f-actin capping protein alpha-2 subunit (capz alpha-2). [swissprot;acc:p47755]	214.746	212.328	1.01139
1838	purine nucleoside phosphorylase (ec 2.4.2.1) (inosine phosphorylase) (pnp). [swissprot;acc:p00491]	218.984	221.446	1.01124
1847	brain protein 16. [refseq;acc:nm_016458]	216.811	219.195	1.011
1852	3-hydroxyisobutyryl-coenzyme a hydrolase. [refseq;acc:nm_014362]	196.008	198.154	1.01095
1867	multisynthetase complex auxiliary component p38 (jtv-1 protein) (pro0992). [swissprot;acc:q13155]	203.071	200.89	1.01086
1873	scratch; scratch 1. [refseq;acc:nm_031309]	210.55	208.305	1.01078
1874	williams-beuren syndrome critical region protein 20 copy b. [refseq;acc:nm_145645]	223.862	226.271	1.01076
1881	dj850e9.1 (novel c2h2 type zinc finger protein similar to drosophila scratch (scrt), slug and xenopus snail) (fragment). [sptrembl;acc:q9nq03]	210.592	208.355	1.01074
1897	lim domain binding 1; carboxy terminal lim domain protein 2; lim domain-binding factor-1. [refseq;acc:nm_003893]	199.883	197.835	1.01035
1913	phospholipid scramblase 3 (pl scramblase 3) (ca(2+)-dependent phospholipid scramblase 3). [swissprot;acc:q9nry6]	215.745	213.564	1.01021
1929	enigma protein; lim domain protein. [refseq;acc:nm_005451]	219.753	217.574	1.01001
1930	blood group rh(ce) polypeptide (rhesus c/e antigens) (rh30a) (rhixb) (rh polypeptide 1) (rhpi). [swissprot;acc:p18577]	196.964	198.935
1932		196.965	198.936
1938	creatine kinase, ubiquitous mitochondrial precursor (ec 2.7.3.2) (u- mtck) (mia-ck) (acidic-type mitochondrial creatine kinase). [swissprot;acc:p12532]	198.293	196.341	1.00994
1948	15 kda selenoprotein precursor. [swissprot;acc:o60613]	214.522	212.432	1.00984
1973	wiskott-aldrich syndrome protein family member 2 (wasp-family protein member 2) (verprolin homology domain-containing protein 2). [swissprot;acc:q9y6w5]	214.611	212.546	1.00972
1982	40s ribosomal protein s28. [swissprot;acc:p25112]	200.343	198.427	1.00966
1990	collagen alpha 5(iv) chain precursor. [swissprot;acc:p29400]	219.26	217.194	1.00951
2019	acyl-coa dehydrogenase, short/branched chain specific, mitochondrial precursor (ec 1.3.99.-) (sbcad) (2-methyl branched chain acyl-coa dehydrogenase) (2-mebcad) (2-methylbutyryl-coenzyme a dehydrogenase) (2-methylbutyryl-coa dehydrogenase). [swissprot;acc:p45954]	215.799	213.865	1.00904
2046	adapter-related protein complex 3 beta 2 subunit (beta-adaptin 3b) (ap-3 complex beta-3b subunit) (beta-3b-adaptin) (neuron-specific vesicle coat protein beta-nap). [swissprot;acc:q13367]	199.928	198.24	1.00851
2058	sh3 domain-binding glutamic acid-rich-like protein 2 (fovea-associated sh3 domain binding protein). [swissprot;acc:q9ujc5]	218.79	216.981	1.00834

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.