Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

  • value_type as 'ranked' since this provides a very robust analysis method.
  • intercation map as 'high confidence'
  • network_comparison type as 'Divided' since this leads to a natural grouping of similar proteins
  • filtered as 'true' since this will only use the microarray measurements that have a sufficiently large confidence level.
    • Unknown value id /1036/ (type=integer)
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    1435 myosin vi. [swissprot;acc:q9um54] 220.987 225.468 1.02028
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    1452 cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 (cks-1) (sid1334) (pnas-16 / pnas-143). [swissprot;acc:p33551] 160.381 163.554 1.01978
    1463 pnas-18. [sptrembl;acc:q9bzu3] 161.056 164.211 1.01959
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    1477 transformer-2 protein homolog (tra-2 alpha). [swissprot;acc:q13595] 215.328 211.267 1.01922
    1498 neurotrimin precursor (hnt). [swissprot;acc:q9p121] 224.022 219.924 1.01863
    1502 uridine kinase-like 1. [swissprot;acc:q9nwz5] 218.084 214.149 1.01838
    1523 putative ankyrin-repeat containing protein. [refseq;acc:nm_025185] 219.306 223.179 1.01766
    1562 tyrosine aminotransferase (ec 2.6.1.5) (l-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase) (tat). [swissprot;acc:p17735] 167.687 170.455 1.01651
    1568 ba508n22.1 (hspc025) (fragment). [sptrembl;acc:q9hcw5] 221.128 224.767 1.01646
    1569 lipopolysaccharide-responsive and beige-like anchor protein (cdc4-like protein) (beige-like protein). [swissprot;acc:p50851]
    1591 dihydrofolate reductase (ec 1.5.1.3). [swissprot;acc:p00374] 225.119 228.769 1.01621
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    1603 heat shock factor binding protein 1. [swissprot;acc:o75506] 216.62 213.22 1.01595
    1612 enthoprotin; epsin 4; clathrin interacting protein localized in the trans-golgi region. [refseq;acc:nm_014666] 221.426 224.902 1.0157
    1619 transcription elongation factor a protein 1 (transcription elongation factor s-ii protein 1) (transcription elongation factor tfiis.o). [swissprot;acc:p23193] 227.768 231.246 1.01527
    1629 sterol regulatory element binding protein-2 (srebp-2) (sterol regulatory element-binding transcription factor 2). [swissprot;acc:q12772] 217.446 214.2 1.01515
    1644 secreted modular calcium-binding protein 1. [refseq;acc:nm_022137] 217.256 214.149 1.01451
    1648 hydroxyindole o-methyltransferase (ec 2.1.1.4) (hiomt) (acetylserotonin o-methyltransferase) (asmt). [swissprot;acc:p46597] 219.745 222.928 1.01448
    1664 transcription factor-like protein morf4 (mortality factor 4) (cellular senescence-related protein 1) (sen1). [swissprot;acc:q9y690] 228.484 231.74 1.01425
    1668 survival motor neuron protein (component of gems 1) (gemin1). [swissprot;acc:q16637] 228.496 231.729 1.01415
    1669 ras-related c3 botulinum toxin substrate 1 (p21-rac1) (ras-like protein tc25). [swissprot;acc:p15154]
    1704 ataxin 2-binding protein. [swissprot;acc:q9nwb1] 218.514 215.577 1.01362
    1710 casein kinase i, epsilon isoform (ec 2.7.1.-) (cki-epsilon) (ckie). [swissprot;acc:p49674] 227.225 224.21 1.01345
    1719 helicase (fragment). [sptrembl;acc:q92771] 187.204 189.679 1.01322
    1743 pre-mrna cleavage factor i, 59 kda subunit. [refseq;acc:nm_024811] 218.176 215.402 1.01288
    1745 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial precursor (ec 2.6.1.19) (gamma-amino-n-butyrate transaminase) (gaba transaminase) (gaba aminotransferase) (gaba-at) (gaba-t). [swissprot;acc:p80404] 219.423 222.215 1.01272
    1748 bloom's syndrome protein (ec 3.6.1.-) (recq protein-like 3) (dna helicase, recq-like, type 2). [swissprot;acc:p54132] 215.673 212.971 1.01269
    1764 myosin light chain 1, embryonic muscle/atrial isoform (pro1957). [swissprot;acc:p12829] 233.45 230.595 1.01238
    1765 isoleucyl-trna synthetase, cytoplasmic (ec 6.1.1.5) (isoleucine--trna ligase) (ilers) (irs). [swissprot;acc:p41252] 215.698 218.369
    1780 germ cell-less. [refseq;acc:nm_022471] 206.335 203.877 1.01206
    1786 pre-b-cell leukemia transcription factor-2 (homeobox protein pbx2) (g17 protein). [swissprot;acc:p40425] 206.332 203.874
    1790 dna topoisomerase ii, alpha isozyme (ec 5.99.1.3). [swissprot;acc:p11388] 203.759 201.349 1.01197
    1791 elav-like protein 3 (hu-antigen c) (huc) (paraneoplastic cerebellar degeneration-associated antigen) (paraneoplastic limbic encephalitis antigen 21). [swissprot;acc:q14576] 217.866 215.295 1.01194
    1794 nucleoside diphosphate kinase b (ec 2.7.4.6) (ndk b) (ndp kinase b) (nm23-h2) (c-myc purine-binding transcription factor puf). [swissprot;acc:p22392] 193.138 190.861 1.01193
    1810 lon protease homolog, mitochondrial precursor (ec 3.4.21.-) (lon protease-like protein) (lonp) (lonhs). [swissprot;acc:p36776] 223.214 225.827 1.01171
    1815 dpy-30-like protein. [swissprot;acc:q9c005] 220.462 217.926 1.01164
    1831 f-actin capping protein alpha-2 subunit (capz alpha-2). [swissprot;acc:p47755] 214.746 212.328 1.01139
    1838 purine nucleoside phosphorylase (ec 2.4.2.1) (inosine phosphorylase) (pnp). [swissprot;acc:p00491] 218.984 221.446 1.01124
    1847 brain protein 16. [refseq;acc:nm_016458] 216.811 219.195 1.011
    1852 3-hydroxyisobutyryl-coenzyme a hydrolase. [refseq;acc:nm_014362] 196.008 198.154 1.01095
    1867 multisynthetase complex auxiliary component p38 (jtv-1 protein) (pro0992). [swissprot;acc:q13155] 203.071 200.89 1.01086
    1873 scratch; scratch 1. [refseq;acc:nm_031309] 210.55 208.305 1.01078
    1874 williams-beuren syndrome critical region protein 20 copy b. [refseq;acc:nm_145645] 223.862 226.271 1.01076
    1881 dj850e9.1 (novel c2h2 type zinc finger protein similar to drosophila scratch (scrt), slug and xenopus snail) (fragment). [sptrembl;acc:q9nq03] 210.592 208.355 1.01074
    1897 lim domain binding 1; carboxy terminal lim domain protein 2; lim domain-binding factor-1. [refseq;acc:nm_003893] 199.883 197.835 1.01035
    1913 phospholipid scramblase 3 (pl scramblase 3) (ca(2+)-dependent phospholipid scramblase 3). [swissprot;acc:q9nry6] 215.745 213.564 1.01021

    Legend:
    - Rank is the rank after comparing the two networks
    - Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
    - Hugo is the HGNC identifier if it exists
    - Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
    - Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
    - Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
    - Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.
    - http://analysis.yellowcouch.org/