MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	Hugo	description	Network Comparison Type	Value Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
										Unknown value id /2686/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) 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(type=integer) /240/ (type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ 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(type=integer) /334/ (type=integer) /335/ (type=integer) /336/ (type=integer) /337/ (type=integer) /338/ (type=integer) /339/ (type=integer) /340/ (type=integer) /341/ (type=integer) /342/ (type=integer) /343/ (type=integer) /344/ (type=integer) /345/ (type=integer) /346/ (type=integer) /347/ (type=integer) /348/ (type=integer) /349/ (type=integer) /350/ (type=integer) /351/ (type=integer) /352/ (type=integer) /353/ (type=integer) /354/ (type=integer) /355/ (type=integer) /356/ (type=integer) /357/ (type=integer) /358/ (type=integer) /359/ (type=integer) /360/ (type=integer) /361/ (type=integer) /362/ (type=integer) /363/ (type=integer) /364/ (type=integer) /365/ (type=integer) /366/ (type=integer) /367/ (type=integer) /368/ (type=integer) /369/ (type=integer) /370/ (type=integer) /371/ (type=integer) /372/ (type=integer) /373/ (type=integer) /374/ (type=integer) /375/ (type=integer) /376/ (type=integer) /377/ (type=integer) /378/ (type=integer) /379/ (type=integer) /380/ 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Results: HTML CSV LaTeX

Showing element 1601 to 1650 of 2061 in total

Network Comparison Type  : Subtracted
Interaction Map  : High confidence
Filtered  : 1
red  : 0
green  : 0
network_comparison  : 0

Rank	Hugo	description	Value Type
3156	TEKT2	tektin 2 (tektin-t) (testicular tektin b1-like protein). [swissprot;acc:q9uif3]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3157	SCFD1	vesicle transport-related protein isoform a; vesicle transport-related protein. [refseq;acc:nm_016106]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3158	ITGA6	integrin alpha-6 precursor (vla-6) (cd49f). [swissprot;acc:p23229]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3159	TNRC6A	trinucleotide repeat containing 6; edie; gw182 autoantigen. [refseq;acc:nm_014494]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3160	CCNK	cyclin k. [swissprot;acc:o75909]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3161	BRAP	brca1 associated protein. [refseq;acc:nm_006768]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3162	PEBP1	phosphatidylethanolamine-binding protein (pebp) (prostatic binding protein) (hcnppp) (neuropolypeptide h3) (raf kinase inhibitor protein) (rkip) [contains: hippocampal cholinergic neurostimulating peptide (hcnp)]. [swissprot;acc:p30086]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3163	CNOT3	ccr4-not transcription complex, subunit 3; not3 (negative regulator of transcription 3, yeast) homolog. [refseq;acc:nm_014516]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3164	TFAP2C	transcription factor ap-2 gamma (ap2-gamma) (activating enhancer- binding protein 2 gamma) (transcription factor erf-1). [swissprot;acc:q92754]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3165	PIGS	gpi transamidase component pig-s (phosphatidylinositol-glycan biosynthesis, class s protein). [swissprot;acc:q96s52]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3166	MTMR2	myotubularin-related protein 2 (ec 3.1.3.-). [swissprot;acc:q13614]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3167	ZW10	centromere/kinetochore protein zw10 homolog. [swissprot;acc:o43264]	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
3168	TMED2	cop-coated vesicle membrane protein p24 precursor (p24a). [swissprot;acc:q15363]	Measured
			Ranked

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.