MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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description	Rank	Network Comparison Type	Gene	Hugo	Value Type	Interaction Map	red	Filtered	green	network_comparison
							Unknown value id /7128/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ 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(type=integer) /2271/ (type=integer) /2272/ (type=integer) /2273/ (type=integer) /2274/ (type=integer) /2275/ (type=integer) /2276/ (type=integer) /2277/ (type=integer) /2278/ (type=integer) /2279/ (type=integer) /2280/ (type=integer) /2281/ (type=integer) /2282/ (type=integer) /2283/ (type=integer) /2284/ (type=integer) /2285/ (type=integer) /2286/ (type=integer) /2287/ (type=integer) /2288/ (type=integer) /2289/ (type=integer) /2290/ (type=integer) /2291/ (type=integer) /2292/ (type=integer) /2293/ (type=integer) /2294/ (type=integer) /2295/ (type=integer) /2296/ (type=integer) /2297/ (type=integer) /2298/ (type=integer) /2299/ (type=integer) /2300/ (type=integer) /2301/ (type=integer) /2302/ (type=integer) /2303/ (type=integer) /2304/ (type=integer) /2305/ (type=integer) /2306/ (type=integer) /2307/ (type=integer) /2308/ (type=integer) /2309/ (type=integer) /2310/ (type=integer) /2311/ (type=integer) /2312/ (type=integer) /2313/ (type=integer) /2314/ (type=integer) /2315/ 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Results: HTML CSV LaTeX

Showing element 1558 to 1607 of 1892 in total

Network Comparison Type  : Subtracted
Interaction Map  : High confidence
red  : 0
Filtered  : 1
green  : 0
network_comparison  : 0

description	Rank	Hugo	Value Type
testis specific leucine rich repeat protein. [refseq;acc:nm_012472]	3003	LRRC6	Ranked
			Squared
			Rooted
testis-specific protein tpx-1 precursor (cysteine-rich secretory protein-2) (crisp-2). [swissprot;acc:p16562]	3021	CRISP2	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
tetratricopeptide repeat protein 1 (tpr repeat protein 1). [swissprot;acc:q99614]	3060	TTC1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
thousand and one amino acid protein kinase. [refseq;acc:nm_004783]	2906	TAOK2	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
thymidine kinase 2, mitochondrial precursor (ec 2.7.1.21) (mt-tk). [swissprot;acc:o00142]	2837	TK2	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
tigger transposable element derived 1; jerky (mouse) homolog-like. [refseq;acc:nm_145702]	2816	TIGD1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
tigger transposable element derived 6. [refseq;acc:nm_030953]	2853	TIGD6	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
tigger transposable element derived 7; jerky (mouse) homolog-like. [refseq;acc:nm_033208]	2944	TIGD7	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
trabid protein. [swissprot;acc:q9ugi0]	3210	ZRANB1	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
transcription factor 12 (transcription factor htf-4) (e-box-binding protein) (dna-binding protein htf4). [swissprot;acc:q99081]	2948	TCF12	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
transcription factor 4 (immunoglobulin transcription factor 2) (itf-2) (sl3-3 enhancer factor 2) (sef-2). [swissprot;acc:p15884]	2940	no value	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
transcription factor ap-2 alpha (ap2-alpha) (activating enhancer- binding protein 2 alpha) (ap-2 transcription factor) (activator protein-2) (ap-2). [swissprot;acc:p05549]	2969	TFAP2A	Measured
			Ranked
			Squared
			Rooted
transcription factor ap-2 beta (ap2-beta) (activating enhancer-binding protein 2 beta). [swissprot;acc:q92481]	3220	TFAP2B	Measured
			Ranked
			Squared

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.