MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Network Comparison Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
		Unknown value id /1036/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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Showing element 151 to 200 of 321 in total

Hugo  : no value
Value Type  : Ranked
Network Comparison Type  : Divided
Interaction Map  : High confidence
Filtered  : 1

Rank	description	red	green	network_comparison
1238	keratin associated protein 4.3 (fragment). [sptrembl;acc:q9byr4]	219.354	224.699	1.02437
1239	keratin associated protein 2-4; keratin associated protein 2.4. [refseq;acc:nm_033184]
1240	keratin associated protein 4-14; keratin associated protein 4.14. [refseq;acc:nm_033059]		224.7
1241	keratin associated protein 4.9 (fragment). [sptrembl;acc:q9byq8]
1242	keratin associated protein 4-12; keratin associated protein 4.12. [refseq;acc:nm_031854]
1243	keratin associated protein 1.5. [refseq;acc:nm_031957]		224.699
1246	keratin, ultra high-sulfur matrix protein a (uhs keratin a) (uhs kera). [swissprot;acc:p26371]
1249	alpha-parvin (calponin-like integrin-linked kinase binding protein) (ch-ilkbp). [swissprot;acc:q9nvd7]		224.7
1256	keratin associated protein 1-3; keratin associated protein 1.3. [refseq;acc:nm_030966]		224.699
1322	endo-beta-n-acetylglucosaminidase. [refseq;acc:nm_022759]	159.86	156.275	1.02294
1329	dj947l8.1.1 (novel cub and sushi (scr repeat) domain protein) (fragment). [sptrembl;acc:q9h4v7]	218.509	213.648	1.02275
1337	galactose-1-phosphate uridylyltransferase (ec 2.7.7.12) (gal-1-p uridylyltransferase) (udp-glucose--hexose-1-phosphate uridylyltransferase). [swissprot;acc:p07902]	215.162	210.412	1.02257
1352	repressor of estrogen receptor activity; b-cell associated protein. [refseq;acc:nm_007273]	211.513	206.941	1.02209
1385	dead (asp-glu-ala-asp) box polypeptide 47; hqp0256 protein. [refseq;acc:nm_016355]	218.47	213.875	1.02148
1423	cysteine-rich protein 1 (cysteine-rich intestinal protein) (crip) (cysteine-rich heart protein) (hcrhp). [swissprot;acc:p50238]	221.152	216.659	1.02074
1435	myosin vi. [swissprot;acc:q9um54]	220.987	225.468	1.02028
1442	fatty acid desaturase 1; linoleoyl-coa desaturase (delta-6-desaturase)-like 1; delta-5 desaturase; delta-5 fatty acid desaturase. [refseq;acc:nm_013402]	225.039	229.573	1.02015
1452	cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 (cks-1) (sid1334) (pnas-16 / pnas-143). [swissprot;acc:p33551]	160.381	163.554	1.01978
1463	pnas-18. [sptrembl;acc:q9bzu3]	161.056	164.211	1.01959
1464	poly (adp-ribose) glycohydrolase. [refseq;acc:nm_003631]	217.351	213.18	1.01957
1477	transformer-2 protein homolog (tra-2 alpha). [swissprot;acc:q13595]	215.328	211.267	1.01922
1498	neurotrimin precursor (hnt). [swissprot;acc:q9p121]	224.022	219.924	1.01863
1502	uridine kinase-like 1. [swissprot;acc:q9nwz5]	218.084	214.149	1.01838
1523	putative ankyrin-repeat containing protein. [refseq;acc:nm_025185]	219.306	223.179	1.01766
1562	tyrosine aminotransferase (ec 2.6.1.5) (l-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase) (tat). [swissprot;acc:p17735]	167.687	170.455	1.01651
1568	ba508n22.1 (hspc025) (fragment). [sptrembl;acc:q9hcw5]	221.128	224.767	1.01646
1569	lipopolysaccharide-responsive and beige-like anchor protein (cdc4-like protein) (beige-like protein). [swissprot;acc:p50851]
1591	dihydrofolate reductase (ec 1.5.1.3). [swissprot;acc:p00374]	225.119	228.769	1.01621
1595	adapter-related protein complex 1 sigma 1b subunit (sigma-adaptin 1b) (adaptor protein complex ap-1 sigma-1b subunit) (golgi adaptor ha1/ap1 adaptin sigma-1b subunit) (clathrin assembly protein complex 1 sigma- 1b small chain) (sigma 1b subunit of ap-1 clathrin) (dc22). [swissprot;acc:p56377]	222.134	225.731	1.01619
1603	heat shock factor binding protein 1. [swissprot;acc:o75506]	216.62	213.22	1.01595
1612	enthoprotin; epsin 4; clathrin interacting protein localized in the trans-golgi region. [refseq;acc:nm_014666]	221.426	224.902	1.0157
1619	transcription elongation factor a protein 1 (transcription elongation factor s-ii protein 1) (transcription elongation factor tfiis.o). [swissprot;acc:p23193]	227.768	231.246	1.01527
1629	sterol regulatory element binding protein-2 (srebp-2) (sterol regulatory element-binding transcription factor 2). [swissprot;acc:q12772]	217.446	214.2	1.01515
1644	secreted modular calcium-binding protein 1. [refseq;acc:nm_022137]	217.256	214.149	1.01451
1648	hydroxyindole o-methyltransferase (ec 2.1.1.4) (hiomt) (acetylserotonin o-methyltransferase) (asmt). [swissprot;acc:p46597]	219.745	222.928	1.01448
1664	transcription factor-like protein morf4 (mortality factor 4) (cellular senescence-related protein 1) (sen1). [swissprot;acc:q9y690]	228.484	231.74	1.01425
1668	survival motor neuron protein (component of gems 1) (gemin1). [swissprot;acc:q16637]	228.496	231.729	1.01415
1669	ras-related c3 botulinum toxin substrate 1 (p21-rac1) (ras-like protein tc25). [swissprot;acc:p15154]
1704	ataxin 2-binding protein. [swissprot;acc:q9nwb1]	218.514	215.577	1.01362
1710	casein kinase i, epsilon isoform (ec 2.7.1.-) (cki-epsilon) (ckie). [swissprot;acc:p49674]	227.225	224.21	1.01345
1719	helicase (fragment). [sptrembl;acc:q92771]	187.204	189.679	1.01322
1743	pre-mrna cleavage factor i, 59 kda subunit. [refseq;acc:nm_024811]	218.176	215.402	1.01288
1745	4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial precursor (ec 2.6.1.19) (gamma-amino-n-butyrate transaminase) (gaba transaminase) (gaba aminotransferase) (gaba-at) (gaba-t). [swissprot;acc:p80404]	219.423	222.215	1.01272
1748	bloom's syndrome protein (ec 3.6.1.-) (recq protein-like 3) (dna helicase, recq-like, type 2). [swissprot;acc:p54132]	215.673	212.971	1.01269
1764	myosin light chain 1, embryonic muscle/atrial isoform (pro1957). [swissprot;acc:p12829]	233.45	230.595	1.01238
1765	isoleucyl-trna synthetase, cytoplasmic (ec 6.1.1.5) (isoleucine--trna ligase) (ilers) (irs). [swissprot;acc:p41252]	215.698	218.369
1780	germ cell-less. [refseq;acc:nm_022471]	206.335	203.877	1.01206
1786	pre-b-cell leukemia transcription factor-2 (homeobox protein pbx2) (g17 protein). [swissprot;acc:p40425]	206.332	203.874
1790	dna topoisomerase ii, alpha isozyme (ec 5.99.1.3). [swissprot;acc:p11388]	203.759	201.349	1.01197
1791	elav-like protein 3 (hu-antigen c) (huc) (paraneoplastic cerebellar degeneration-associated antigen) (paraneoplastic limbic encephalitis antigen 21). [swissprot;acc:q14576]	217.866	215.295	1.01194

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.