MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Gene	Rank	Hugo	description	Value Type	Network Comparison Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
		Unknown value id /5280/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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Hugo  : no value
Value Type  : Ranked
Interaction Map  : Low confidence
Filtered  : 1

Rank	description	Network Comparison Type	red	green	network_comparison
3239	keratin associated protein 2-4; keratin associated protein 2.4. [refseq;acc:nm_033184]	Subtracted	204.389	201.238	3.151
3240	keratin associated protein 4-14; keratin associated protein 4.14. [refseq;acc:nm_033059]
3241	keratin associated protein 4.9 (fragment). [sptrembl;acc:q9byq8]
3242	keratin associated protein 4-12; keratin associated protein 4.12. [refseq;acc:nm_031854]
3243	keratin associated protein 1.5. [refseq;acc:nm_031957]
3246	keratin, ultra high-sulfur matrix protein a (uhs keratin a) (uhs kera). [swissprot;acc:p26371]
3249	potential phospholipid-transporting atpase vc (ec 3.6.3.1) (atpvc) (aminophospholipid translocase vc). [swissprot;acc:o60312]	Divided	201.185	198.048	1.01584
3251	keratin associated protein 1-3; keratin associated protein 1.3. [refseq;acc:nm_030966]	Subtracted	204.389	201.238	3.151
3255	ba371l19.2 (novel protein similar to 40s ribosomal protein s10 (rps10)). [sptrembl;acc:q9nq39]		202.738	199.588	3.15
3257	40s ribosomal protein s10. [swissprot;acc:p46783]		202.739	199.593	3.146
3258	ba371l19.2 (novel protein similar to 40s ribosomal protein s10 (rps10)). [sptrembl;acc:q9nq39]	Divided	202.738	199.588	1.01578
3260	keratin associated protein 9-4; keratin associated protein 9.4. [refseq;acc:nm_033191]	Subtracted	204.383	201.239	3.144
3263	40s ribosomal protein s10. [swissprot;acc:p46783]	Divided	202.739	199.593	1.01576
3264	serine/threonine kinase 38 like. [refseq;acc:nm_015000]	Subtracted	200.25	197.107	3.143
3272	potential phospholipid-transporting atpase vc (ec 3.6.3.1) (atpvc) (aminophospholipid translocase vc). [swissprot;acc:o60312]		201.185	198.048	3.137
3291	peregrin (bromodomain and phd finger-containing protein 1) (br140 protein). [swissprot;acc:p55201]		204.204	201.079	3.125
3292	keratin associated protein 4-10; keratin associated protein 4.10. [refseq;acc:nm_033060]	Divided	204.389	201.238	1.01566
3293	keratin associated protein 4-2; keratin associated protein 4.2. [refseq;acc:nm_033062]
3294	keratin associated protein 4.3 (fragment). [sptrembl;acc:q9byr4]
3295	similar to peptidylprolyl isomerase a (cyclophilin a); cyclophilin-lc; cyclophilin homolog overexpressed in liver cancer; chromosome 1 amplified sequence 2. [refseq;acc:nm_178230]
3296	keratin associated protein 2-4; keratin associated protein 2.4. [refseq;acc:nm_033184]
3297	keratin associated protein 4-14; keratin associated protein 4.14. [refseq;acc:nm_033059]
3298	keratin associated protein 4.9 (fragment). [sptrembl;acc:q9byq8]
3299	keratin associated protein 4-12; keratin associated protein 4.12. [refseq;acc:nm_031854]
3300	keratin associated protein 1.5. [refseq;acc:nm_031957]
	tetracycline transporter-like protein. [refseq;acc:nm_001120]	Subtracted	203.186	200.066	3.12
3303	keratin, ultra high-sulfur matrix protein a (uhs keratin a) (uhs kera). [swissprot;acc:p26371]	Divided	204.389	201.238	1.01566
3307	keratin associated protein 1-3; keratin associated protein 1.3. [refseq;acc:nm_030966]
3308	uba/ubx 33.3 kda protein. [swissprot;acc:q04323]	Subtracted	202.81	199.697	3.113
3317	skeletal muscle and kidney enriched inositol phosphatase isoform 1; 43-kda form skeletal muscle and kidney enriched inositol phosphatase. [refseq;acc:nm_016532]	Divided	200.744	197.654	1.01563
3318	zona pellucida sperm-binding protein 3 precursor (zona pellucida glycoprotein zp3) (zona pellucida protein c) (sperm receptor) (zp3a/zp3b). [swissprot;acc:p21754]	Subtracted	203.07	199.966	3.104
3323	keratin associated protein 9-4; keratin associated protein 9.4. [refseq;acc:nm_033191]	Divided	204.383	201.239	1.01562
3330	uba/ubx 33.3 kda protein. [swissprot;acc:q04323]		202.81	199.697	1.01559
3334	tetracycline transporter-like protein. [refseq;acc:nm_001120]		203.186	200.066
3335	skeletal muscle and kidney enriched inositol phosphatase isoform 1; 43-kda form skeletal muscle and kidney enriched inositol phosphatase. [refseq;acc:nm_016532]	Subtracted	200.744	197.654	3.09
3343	mitochondrial 28s ribosomal protein s32 (s32mt) (mrp-s32) (ptd007) (hspc204). [swissprot;acc:q9y6g3]	Divided	208.239	205.047	1.01557
3349	peregrin (bromodomain and phd finger-containing protein 1) (br140 protein). [swissprot;acc:p55201]		204.204	201.079	1.01554
3352	calcitonin gene-related peptide-receptor component protein (cgrp- receptor component protein) (cgrp-rcp) (cgrprcp). [swissprot;acc:o75575]	Subtracted	202.315	199.235	3.08
3360	zona pellucida sperm-binding protein 3 precursor (zona pellucida glycoprotein zp3) (zona pellucida protein c) (sperm receptor) (zp3a/zp3b). [swissprot;acc:p21754]	Divided	203.07	199.966	1.01552
3365	small glutamine rich protein with tetratricopeptide repeats 2. [refseq;acc:nm_019072]		196.977	193.973	1.01549
3368	calcitonin gene-related peptide-receptor component protein (cgrp- receptor component protein) (cgrp-rcp) (cgrprcp). [swissprot;acc:o75575]		202.315	199.235	1.01546
3393	26s proteasome non-atpase regulatory subunit 12 (26s proteasome regulatory subunit p55). [swissprot;acc:o00232]		198.522	195.526	1.01532
3399	presenilin enhancer 2; hematopoietic stem/progenitor cells protein mds033. [refseq;acc:nm_172341]	Subtracted	202.622	199.599	3.023
3407	ena/vasodilator stimulated phosphoprotein-like protein (ena/vasp-like protein). [swissprot;acc:q9ui08]	Divided	176.439	179.138	1.0153
3421	small glutamine rich protein with tetratricopeptide repeats 2. [refseq;acc:nm_019072]	Subtracted	196.977	193.973	3.004
3423	1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase. [refseq;acc:nm_032592]	Divided	199.702	196.707	1.01523
3428	26s proteasome non-atpase regulatory subunit 12 (26s proteasome regulatory subunit p55). [swissprot;acc:o00232]	Subtracted	198.522	195.526	2.996
3432	1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase. [refseq;acc:nm_032592]		199.702	196.707	2.995
3443	ubiquitin and ribosomal protein s27a precursor; ubiquitin carboxyl extension protein 80; 40s ribosomal protein s27a; ubiquitin; ubiquitin-cep80. [refseq;acc:nm_002954]		202.475	199.484	2.991
3454	presenilin enhancer 2; hematopoietic stem/progenitor cells protein mds033. [refseq;acc:nm_172341]	Divided	202.622	199.599	1.01515

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.