MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Network Comparison Type	Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
			Unknown value id /1036/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ (type=integer) /194/ (type=integer) /195/ (type=integer) /196/ (type=integer) /197/ (type=integer) /198/ (type=integer) /199/ (type=integer) /200/ (type=integer) /201/ (type=integer) /202/ (type=integer) /203/ (type=integer) /204/ (type=integer) /205/ (type=integer) /206/ (type=integer) /207/ (type=integer) /208/ (type=integer) /209/ (type=integer) /210/ (type=integer) /211/ (type=integer) /212/ (type=integer) /213/ (type=integer) /214/ (type=integer) /215/ (type=integer) /216/ (type=integer) /217/ (type=integer) /218/ (type=integer) /219/ (type=integer) /220/ (type=integer) /221/ (type=integer) /222/ (type=integer) /223/ (type=integer) /224/ (type=integer) /225/ (type=integer) /226/ (type=integer) /227/ (type=integer) /228/ (type=integer) /229/ (type=integer) /230/ (type=integer) /231/ (type=integer) /232/ (type=integer) /233/ (type=integer) /234/ (type=integer) /235/ (type=integer) /236/ (type=integer) /237/ (type=integer) /238/ (type=integer) /239/ (type=integer) /240/ (type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ (type=integer) /288/ (type=integer) /289/ (type=integer) /290/ (type=integer) /291/ (type=integer) /292/ (type=integer) /293/ (type=integer) /294/ (type=integer) /295/ (type=integer) /296/ (type=integer) /297/ (type=integer) /298/ (type=integer) /299/ (type=integer) /300/ (type=integer) /301/ (type=integer) /302/ (type=integer) /303/ (type=integer) /304/ (type=integer) /305/ (type=integer) /306/ (type=integer) /307/ (type=integer) /308/ (type=integer) /309/ (type=integer) /310/ (type=integer) /311/ (type=integer) /312/ (type=integer) /313/ (type=integer) /314/ (type=integer) /315/ (type=integer) /316/ (type=integer) /317/ (type=integer) /318/ (type=integer) /319/ (type=integer) /320/ (type=integer) /321/ (type=integer) /322/ (type=integer) /323/ (type=integer) /324/ (type=integer) /325/ (type=integer) /326/ (type=integer) /327/ (type=integer) /328/ (type=integer) /329/ (type=integer) /330/ (type=integer) /331/ (type=integer) /332/ (type=integer) /333/ (type=integer) /334/ (type=integer) /335/ (type=integer) /336/ (type=integer) /337/ (type=integer) /338/ (type=integer) /339/ (type=integer) /340/ (type=integer) /341/ (type=integer) /342/ (type=integer) /343/ (type=integer) /344/ (type=integer) /345/ (type=integer) /346/ (type=integer) /347/ (type=integer) /348/ (type=integer) /349/ (type=integer) /350/ (type=integer) /351/ (type=integer) /352/ (type=integer) /353/ (type=integer) /354/ (type=integer) /355/ (type=integer) /356/ (type=integer) /357/ (type=integer) /358/ (type=integer) /359/ (type=integer) /360/ (type=integer) /361/ (type=integer) /362/ (type=integer) /363/ (type=integer) /364/ (type=integer) /365/ (type=integer) /366/ (type=integer) /367/ (type=integer) /368/ (type=integer) /369/ (type=integer) /370/ (type=integer) /371/ (type=integer) /372/ (type=integer) /373/ (type=integer) /374/ (type=integer) /375/ (type=integer) /376/ (type=integer) /377/ (type=integer) /378/ (type=integer) /379/ (type=integer) /380/ (type=integer) /381/ 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(type=integer) /523/ (type=integer) /524/ (type=integer) /525/ (type=integer) /526/ (type=integer) /527/ (type=integer) /528/ (type=integer) /529/ (type=integer) /530/ (type=integer) /531/ (type=integer) /532/ (type=integer) /533/ (type=integer) /534/ (type=integer) /535/ (type=integer) /536/ (type=integer) /537/ (type=integer) /538/ (type=integer) /539/ (type=integer) /540/ (type=integer) /541/ (type=integer) /542/ (type=integer) /543/ (type=integer) /544/ (type=integer) /545/ (type=integer) /546/ (type=integer) /547/ (type=integer) /548/ (type=integer) /549/ (type=integer) /550/ (type=integer) /551/ (type=integer) /552/ (type=integer) /553/ (type=integer) /554/ (type=integer) /555/ (type=integer) /556/ (type=integer) /557/ (type=integer) /558/ (type=integer) /559/ (type=integer) /560/ (type=integer) /561/ (type=integer) /562/ (type=integer) /563/ (type=integer) /564/ (type=integer) /565/ (type=integer) /566/ (type=integer) /567/ (type=integer) /568/ (type=integer) /569/ 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145	nuclear dna-binding protein; small unique nuclear receptor corepressor; c1d dna-binding protein. [refseq;acc:nm_006333]	Squared	High confidence	310840	442993	1.42515
	ubiquitin activating enzyme e1-like protein. [refseq;acc:nm_006395]	Measured		16771.5	12889.1	1.30122
147	nuclear dna-binding protein; small unique nuclear receptor corepressor; c1d dna-binding protein. [refseq;acc:nm_006333]	Ranked		50.7983	42.3003	1.2009
149	atlastin; guanylate-binding protein 3. [refseq;acc:nm_015915]			142	170	1.19718
	homeobox protein hox-c4 (hox-3e) (cp19). [swissprot;acc:p09017]	Rooted	Low confidence	101.348	108.302	1.06862
152	homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630]
	myosin va (myosin 5a) (dilute myosin heavy chain, non-muscle) (myosin heavy chain 12) (myoxin). [swissprot;acc:q9y4i1]	Ranked	High confidence	55	46	1.19565
153	ret finger protein 2 (leukemia associated protein 5) (b-cell chronic lymphocytic leukemia tumor suppressor leu5) (putative tumor suppressor rfp2) (tripartite motif protein 13). [swissprot;acc:o60858]	Squared		70011	49783	1.40632
154	melanoma-associated antigen 3 (mage-3 antigen) (antigen mz2-d). [swissprot;acc:p43357]	Measured		23693.7	18263	1.29736
156	homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056]	Rooted	Low confidence	101.348	108.302	1.06862
	tho complex 3. [refseq;acc:nm_032361]	Measured		7401.51	8028.16	1.08467
157	hepatocellular carcinoma-associated protein hca1. [refseq;acc:nm_020932]		High confidence	23693.7	18263	1.29736
159	rna-binding protein. [refseq;acc:nm_019027]	Rooted		52.7642	61.9019	1.17318
	transgelin 2 (sm22-alpha homolog). [swissprot;acc:p37802]		Low confidence	65.5823	70.0536	1.06818
160	apobec-1 complementation factor isoform 1; apobec-1 stimulating protein; apo-b rna editing protein. [refseq;acc:nm_014576]		High confidence	52.7642	61.9019	1.17318
	homeobox protein hox-c4 (hox-3e) (cp19). [swissprot;acc:p09017]	Squared		173408	242989	1.40126
163	homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630]
	melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358]	Measured		23693.7	18263	1.29736
167	homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056]	Squared		173408	242989	1.40126
168	gaba-a receptor-associated protein. [sptrembl;acc:q9by60]	Ranked		82.5916	98.0548	1.18722
	mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase ib (ec 3.2.1.113) (processing alpha-1,2-mannosidase ib) (alpha-1,2-mannosidase ib) (mannosidase alpha class 1a member 2). [swissprot;acc:o60476]	Measured	Low confidence	12376.4	11436.5	1.08218
	melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355]		High confidence	23693.7	18263	1.29736
175	synbindin (trs23 homolog) (hematopoietic stem/progenitor cell protein 172) (hspc172) (ptd009) (cgi-104). [swissprot;acc:q9y296]	Squared		112820	157033	1.39189
178	formin binding protein 3; fas-ligand associated factor 1; huntingtin-interacting protein a; ny-ren-6 antigen. [refseq;acc:nm_017892]	Ranked		226.887	194.72	1.1652
179	huntingtin-interacting protein hypa/fbp11 (fragment). [sptrembl;acc:o75404]			226.884	194.79	1.16476
	tho complex 3. [refseq;acc:nm_032361]	Rooted	Low confidence	72.7219	77.3133	1.06314
180	myosin va (myosin 5a) (dilute myosin heavy chain, non-muscle) (myosin heavy chain 12) (myoxin). [swissprot;acc:q9y4i1]	Measured	High confidence	21591.5	27904.5	1.29238
182	rna-binding protein. [refseq;acc:nm_019027]			4069.83	5252.17	1.29051
183	apobec-1 complementation factor isoform 1; apobec-1 stimulating protein; apo-b rna editing protein. [refseq;acc:nm_014576]
	bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 1a (atp-utilizing chromatin assembly and remodeling factor 1) (hacf1) (atp-dependent chromatin remodelling protein) (williams syndrome transcription factor-related chromatin remodeling factor 180) (wcrf180) (hwalp1) (chrac subunit acf1) (hspc317). [swissprot;acc:q9nrl2]	Ranked	Low confidence	196.372	206.947	1.05385
184	small glutamine rich protein with tetratricopeptide repeats 2. [refseq;acc:nm_019072]	Squared	High confidence	72886.3	98544.5	1.35203
	spectrin alpha chain, brain (spectrin, non-erythroid alpha chain) (alpha-ii spectrin) (fodrin alpha chain). [swissprot;acc:q13813]	Measured	Low confidence	7764.08	8365.72	1.07749
185	f-actin capping protein alpha-2 subunit (capz alpha-2). [swissprot;acc:p47755]	Ranked		212.589	201.755	1.0537
	putative adenosylhomocysteinase 3 (ec 3.3.1.1) (s-adenosyl-l- homocysteine hydrolase) (adohcyase). [swissprot;acc:q96hn2]	Measured		6852.7	6360.64	1.07736
187	ribosomal protein s6 kinase-like 1. [refseq;acc:nm_031464]	Ranked		189.373	179.829	1.05307
190	ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 (ralgds-like factor) (ras-associated protein rab2l). [swissprot;acc:o15211]	Squared		51507.8	46446.1	1.10898
191	filamin a (alpha-filamin) (filamin 1) (endothelial actin-binding protein) (abp-280) (nonmuscle filamin). [swissprot;acc:p21333]	Ranked	High confidence	226.582	198.444	1.14179
194	transforming protein n-ras. [swissprot;acc:p01111]	Squared	Low confidence	51474.3	46437.7	1.10846
195	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-7 subunit. [swissprot;acc:o60262]	Ranked		211.679	222.623	1.0517
197	succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial precursor (cybs) (succinate-ubiquinone reductase membrane anchor subunit) (qps2) (cii-4) (succinate dehydrogenase complex subunit d) (succinate-ubiquinone oxidoreductase cytochrome b small subunit). [swissprot;acc:o14521]	Squared	High confidence	71062.4	95488.9	1.34373
202	splicing factor 3b subunit 3 (spliceosome associated protein 130) (sap 130) (sf3b130) (pre-mrna splicing factor sf3b 130 kda subunit). [swissprot;acc:q15393]	Rooted		57.3527	65.7973	1.14724
203	hpaii tiny fragments locus 9c. [refseq;acc:nm_022727]	Squared		20988.2	15632.1	1.34263
	sodium/hydrogen exchanger 6 (na(+)/h(+) exchanger 6) (nhe-6). [swissprot;acc:q92581]	Rooted	Low confidence	66.3503	70.3749	1.06066
	transcription factor dp-1 (e2f dimerization partner 1) (drtf1- polypeptide-1) (drtf1). [swissprot;acc:q14186]		High confidence	46.3291	53.1063	1.14628
204	small nuclear ribonucleoprotein e (snrnp-e) (sm protein e) (sm-e) (sme). [swissprot;acc:p08578]	Measured		4512.19	5655.52	1.25339
		Rooted		55.8956	63.9636	1.14434
206	atlastin; guanylate-binding protein 3. [refseq;acc:nm_015915]	Measured		5720.25	4577.5	1.24965
	gaba-a receptor-associated protein. [sptrembl;acc:q9by60]	Rooted		140.508	122.878	1.14348
	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-5 like subunit. [swissprot;acc:q9y3k8]	Ranked	Low confidence	211.457	222.138	1.05051
207	splicing factor 3b subunit 3 (spliceosome associated protein 130) (sap 130) (sf3b130) (pre-mrna splicing factor sf3b 130 kda subunit). [swissprot;acc:q15393]	Measured	High confidence	4771.21	5961.43	1.24946

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.