Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

  • value_type as 'ranked' since this provides a very robust analysis method.
  • intercation map as 'high confidence'
  • network_comparison type as 'Divided' since this leads to a natural grouping of similar proteins
  • filtered as 'true' since this will only use the microarray measurements that have a sufficiently large confidence level.
    • Unknown value id /848/ (type=integer)
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    VALUE = ""

    Navigation/Query Panel:
    Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].
    Rank Gene Hugo description Value Type Network Comparison Type Interaction Map Filtered red green network_comparison
    Results: HTML CSV LaTeX Showing element 101 to 150 of 642 in total
    Hugo  : no value
    Value Type  : Ranked
    Interaction Map  : High confidence
    Filtered  : 1
    Rank
    		description
    		Network Comparison Type
    		red
    		green
    		network_comparison
    526 histone h2b. [refseq;acc:nm_175055] Subtracted 247.47 233.441 14.029
    527 histone h2b.s (h2b/s). [swissprot;acc:p57053]
    528 histone h2b.d (h2b/d). [swissprot;acc:q99877]
    531 histone h2b.e (h2b/e). [swissprot;acc:q99879]
    532 myosin heavy chain, cardiac muscle alpha isoform (myhc-alpha). [swissprot;acc:p13533] 112 126 14
    534 guanine nucleotide-binding protein-like 1 (gtp-binding protein hsr1). [swissprot;acc:p36915] Divided 250.942 235.004 1.06782
    543 myosin heavy chain, cardiac muscle beta isoform (myhc-beta). [swissprot;acc:p12883] Subtracted 112 126 14
    549 proto-oncogene tyrosine-protein kinase src (ec 2.7.1.112) (p60-src) (c-src). [swissprot;acc:p12931] Divided 207.26 194.346 1.06645
    553 putative pre-mrna splicing factor rna helicase (atp-dependent rna helicase #3) (deah-box protein 16). [swissprot;acc:o60231] Subtracted 226.3 212.38 13.92
    555 cbf1 interacting corepressor. [refseq;acc:nm_004882] 227.86 213.945 13.915
    558 tgf beta-inducible nuclear protein 1; hairy cell leukemia protein 1. [refseq;acc:nm_014886] 248.994 235.255 13.739
    ubiquitin activating enzyme e1-like protein. [refseq;acc:nm_006395] Divided 135.087 144.041 1.06628
    561 u6 snrna-associated sm-like protein lsm2 (small nuclear ribonuclear protein d homolog) (g7b) (snrnp core sm-like protein sm-x5). [swissprot;acc:q9y333] Subtracted 228.215 214.546 13.669
    566 synbindin (trs23 homolog) (hematopoietic stem/progenitor cell protein 172) (hspc172) (ptd009) (cgi-104). [swissprot;acc:q9y296] Divided 129.219 121.261 1.06563
    568 putative pre-mrna splicing factor rna helicase (atp-dependent rna helicase #3) (deah-box protein 16). [swissprot;acc:o60231] 226.3 212.38 1.06554
    572 cbf1 interacting corepressor. [refseq;acc:nm_004882] 227.86 213.945 1.06504
    576 dj408b20.3 (novel protein similar to 60s acidic ribosomal protein p2 (rplp2)). [sptrembl;acc:q9h5a9] 235.18 250.419 1.0648
    578 mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase ib (ec 3.2.1.113) (processing alpha-1,2-mannosidase ib) (alpha-1,2-mannosidase ib) (mannosidase alpha class 1a member 2). [swissprot;acc:o60476] Subtracted 15 28 13
    588 intersectin 1 (sh3 domain-containing protein 1a) (sh3p17). [swissprot;acc:q15811] 217.67 230.596 12.926
    589 u6 snrna-associated sm-like protein lsm2 (small nuclear ribonuclear protein d homolog) (g7b) (snrnp core sm-like protein sm-x5). [swissprot;acc:q9y333] Divided 228.215 214.546 1.06371
    590 intersectin 2 (sh3 domain-containing protein 1b) (sh3p18) (sh3p18-like wasp associated protein). [swissprot;acc:q9nzm3] Subtracted 217.67 230.596 12.926
    596 proto-oncogene tyrosine-protein kinase src (ec 2.7.1.112) (p60-src) (c-src). [swissprot;acc:p12931] 207.26 194.346 12.914
    607 histone h3.1 (h3/a) (h3/c) (h3/d) (h3/f) (h3/h) (h3/i) (h3/j) (h3/k) (h3/l). [swissprot;acc:p16106] Divided 247.47 233.441 1.0601
    608 histone h2b. [refseq;acc:nm_175055]
    609 dead-box protein abstrakt homolog. [swissprot;acc:q9ujv9] Subtracted 226.523 213.786 12.737
    histone h2b.s (h2b/s). [swissprot;acc:p57053] Divided 247.47 233.441 1.0601
    610 histone h2b.d (h2b/d). [swissprot;acc:q99877]
    611 u6 snrna-associated sm-like protein lsm7. [swissprot;acc:q9uk45] Subtracted 228.986 216.276 12.71
    613 histone h2b.e (h2b/e). [swissprot;acc:q99879] Divided 247.47 233.441 1.0601
    623 aspartate beta-hydroxylase isoform b; junctin isoform 1; junctate; aspartyl/asparaginyl-beta-hydroxylase; peptide-aspartate beta-dioxygenase; humbug. [refseq;acc:nm_032468] Subtracted 229.072 216.576 12.496
    624 interleukin-1 receptor-associated kinase 4; interleukin-1 receptor associated kinase 4. [refseq;acc:nm_016123] Divided 214.256 202.139 1.05994
    634 dead-box protein abstrakt homolog. [swissprot;acc:q9ujv9] 226.523 213.786 1.05958
    640 histone h3.3 (h3.a) (h3.b) (h3.3q). [swissprot;acc:p06351] Subtracted 244.842 232.577 12.265
    intersectin 1 (sh3 domain-containing protein 1a) (sh3p17). [swissprot;acc:q15811] Divided 217.67 230.596 1.05938
    641 dj1099d15.1 (putative dnaj protein). [sptrembl;acc:q9h4j9] Subtracted 244.842 232.577 12.265
    642 intersectin 2 (sh3 domain-containing protein 1b) (sh3p18) (sh3p18-like wasp associated protein). [swissprot;acc:q9nzm3] Divided 217.67 230.596 1.05938
    650 u6 snrna-associated sm-like protein lsm7. [swissprot;acc:q9uk45] 228.986 216.276 1.05877
    652 tgf beta-inducible nuclear protein 1; hairy cell leukemia protein 1. [refseq;acc:nm_014886] 248.994 235.255 1.0584
    653 dok-like protein. [refseq;acc:nm_024872] 216.504 204.622 1.05807
    interleukin-1 receptor-associated kinase 4; interleukin-1 receptor associated kinase 4. [refseq;acc:nm_016123] Subtracted 214.256 202.139 12.117
    658 aspartate beta-hydroxylase isoform b; junctin isoform 1; junctate; aspartyl/asparaginyl-beta-hydroxylase; peptide-aspartate beta-dioxygenase; humbug. [refseq;acc:nm_032468] Divided 229.072 216.576 1.0577
    667 trinucleotide repeat containing 15. [refseq;acc:nm_015575] Subtracted 250.465 238.38 12.085
    669 presenilin-like protein 2 (ec 3.4.99.-) (sppl2a protein). [swissprot;acc:q8tct8] 232.601 244.534 11.933
    671 presenilin-like protein 1 (ec 3.4.99.-) (sppl2b protein). [swissprot;acc:q8tct7]
    672 dok-like protein. [refseq;acc:nm_024872] 216.504 204.622 11.882
    679 homeobox protein hox-c4 (hox-3e) (cp19). [swissprot;acc:p09017] Divided 132.413 125.389 1.05602
    682 homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630]
    686 homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056]
    699 dj681n20.2 (novel protein similar to ferritin, light polypeptide (ftl)). [sptrembl;acc:q9byw6] Subtracted 220.438 209.118 11.32
    700 Divided 1.05413

    Legend:
    - Rank is the rank after comparing the two networks
    - Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
    - Hugo is the HGNC identifier if it exists
    - Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
    - Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
    - Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
    - Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.
    - http://analysis.yellowcouch.org/