MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Network Comparison Type	Rank	Gene	Hugo	description	Value Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
			Unknown value id /1036/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ 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/146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ (type=integer) /194/ (type=integer) /195/ (type=integer) /196/ (type=integer) /197/ (type=integer) /198/ (type=integer) /199/ (type=integer) /200/ (type=integer) /201/ (type=integer) /202/ (type=integer) /203/ (type=integer) /204/ (type=integer) /205/ (type=integer) /206/ (type=integer) /207/ (type=integer) /208/ (type=integer) /209/ (type=integer) /210/ (type=integer) /211/ (type=integer) /212/ (type=integer) /213/ (type=integer) /214/ (type=integer) /215/ (type=integer) /216/ (type=integer) /217/ (type=integer) /218/ (type=integer) /219/ (type=integer) /220/ (type=integer) /221/ (type=integer) /222/ (type=integer) /223/ (type=integer) /224/ (type=integer) /225/ (type=integer) /226/ (type=integer) /227/ (type=integer) /228/ (type=integer) /229/ (type=integer) /230/ (type=integer) /231/ (type=integer) /232/ (type=integer) /233/ (type=integer) /234/ (type=integer) /235/ (type=integer) /236/ (type=integer) /237/ (type=integer) /238/ (type=integer) /239/ (type=integer) /240/ (type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ (type=integer) /288/ (type=integer) /289/ (type=integer) /290/ (type=integer) /291/ (type=integer) /292/ (type=integer) /293/ (type=integer) /294/ (type=integer) /295/ (type=integer) /296/ (type=integer) /297/ (type=integer) /298/ (type=integer) /299/ (type=integer) /300/ (type=integer) /301/ (type=integer) /302/ (type=integer) /303/ (type=integer) /304/ (type=integer) /305/ (type=integer) /306/ (type=integer) /307/ (type=integer) /308/ (type=integer) /309/ (type=integer) /310/ (type=integer) /311/ (type=integer) /312/ (type=integer) /313/ (type=integer) /314/ (type=integer) /315/ (type=integer) /316/ (type=integer) /317/ (type=integer) /318/ (type=integer) /319/ (type=integer) /320/ (type=integer) /321/ (type=integer) /322/ (type=integer) /323/ (type=integer) /324/ (type=integer) /325/ (type=integer) /326/ (type=integer) /327/ (type=integer) /328/ (type=integer) /329/ (type=integer) /330/ (type=integer) /331/ (type=integer) /332/ (type=integer) /333/ (type=integer) /334/ (type=integer) /335/ (type=integer) /336/ (type=integer) /337/ (type=integer) /338/ (type=integer) /339/ (type=integer) /340/ (type=integer) /341/ (type=integer) /342/ (type=integer) /343/ (type=integer) /344/ (type=integer) /345/ (type=integer) /346/ (type=integer) /347/ (type=integer) /348/ (type=integer) /349/ (type=integer) /350/ (type=integer) /351/ (type=integer) /352/ (type=integer) /353/ (type=integer) /354/ (type=integer) /355/ (type=integer) /356/ (type=integer) /357/ (type=integer) /358/ (type=integer) /359/ (type=integer) /360/ (type=integer) /361/ (type=integer) /362/ (type=integer) /363/ (type=integer) /364/ (type=integer) /365/ (type=integer) /366/ (type=integer) /367/ (type=integer) /368/ (type=integer) /369/ (type=integer) /370/ (type=integer) /371/ (type=integer) /372/ (type=integer) /373/ (type=integer) /374/ (type=integer) /375/ (type=integer) /376/ (type=integer) /377/ (type=integer) /378/ (type=integer) /379/ (type=integer) /380/ (type=integer) /381/ 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(type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ (type=integer) /194/ (type=integer) /195/ (type=integer) /196/ (type=integer) /197/ (type=integer) /198/ (type=integer) /199/ (type=integer) /200/ (type=integer) /201/ (type=integer) /202/ (type=integer) /203/ (type=integer) /204/ (type=integer) /205/ (type=integer) /206/ (type=integer) /207/ (type=integer) /208/ (type=integer) /209/ (type=integer) /210/ (type=integer) /211/ (type=integer) /212/ (type=integer) /213/ (type=integer) /214/ (type=integer) /215/ (type=integer) /216/ (type=integer) /217/ (type=integer) /218/ (type=integer) /219/ (type=integer) /220/ (type=integer) /221/ (type=integer) /222/ (type=integer) /223/ (type=integer) /224/ (type=integer) /225/ (type=integer) /226/ (type=integer) /227/ (type=integer) /228/ (type=integer) /229/ (type=integer) /230/ (type=integer) /231/ (type=integer) /232/ (type=integer) /233/ (type=integer) /234/ (type=integer) /235/ (type=integer) /236/ (type=integer) /237/ (type=integer) /238/ (type=integer) /239/ (type=integer) /240/ (type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ (type=integer) /288/ (type=integer) /289/ (type=integer) /290/ (type=integer) /291/ (type=integer) /292/ (type=integer) /293/ (type=integer) /294/ (type=integer) /295/ (type=integer) /296/ (type=integer) /297/ (type=integer) /298/ (type=integer) /299/ (type=integer) /300/ (type=integer) /301/ (type=integer) /302/ (type=integer) /303/ (type=integer) /304/ (type=integer) /305/ (type=integer) /306/ (type=integer) /307/ (type=integer) /308/ (type=integer) /309/ (type=integer) /310/ (type=integer) /311/ (type=integer) /312/ (type=integer) /313/ (type=integer) /314/ (type=integer) /315/ (type=integer) /316/ (type=integer) /317/ (type=integer) /318/ (type=integer) /319/ (type=integer) /320/ (type=integer) /321/ (type=integer) /322/ (type=integer) /323/ (type=integer) /324/ (type=integer) /325/ (type=integer) /326/ (type=integer) /327/ (type=integer) /328/ (type=integer) /329/ (type=integer) /330/ (type=integer) /331/ (type=integer) /332/ (type=integer) /333/ (type=integer) /334/ (type=integer) /335/ (type=integer) /336/ (type=integer) /337/ (type=integer) /338/ (type=integer) /339/ (type=integer) /340/ (type=integer) /341/ (type=integer) /342/ (type=integer) /343/ (type=integer) /344/ (type=integer) /345/ (type=integer) /346/ (type=integer) /347/ (type=integer) /348/ (type=integer) /349/ (type=integer) /350/ (type=integer) /351/ (type=integer) /352/ (type=integer) /353/ (type=integer) /354/ (type=integer) /355/ (type=integer) /356/ (type=integer) /357/ (type=integer) /358/ (type=integer) /359/ (type=integer) /360/ (type=integer) /361/ (type=integer) /362/ (type=integer) /363/ (type=integer) /364/ (type=integer) /365/ 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(type=integer) /413/ (type=integer) /414/ (type=integer) /415/ (type=integer) /416/ (type=integer) /417/ (type=integer) /418/ (type=integer) /419/ (type=integer) /420/ (type=integer) /421/ (type=integer) /422/ (type=integer) /423/ (type=integer) /424/ (type=integer) /425/ (type=integer) /426/ (type=integer) /427/ (type=integer) /428/ (type=integer) /429/ (type=integer) /430/ (type=integer) /431/ (type=integer) /432/ (type=integer) /433/ (type=integer) /434/ (type=integer) /435/ (type=integer) /436/ (type=integer) /437/ (type=integer) /438/ (type=integer) /439/ (type=integer) /440/ (type=integer) /441/ (type=integer) /442/ (type=integer) /443/ (type=integer) /444/ (type=integer) /445/ (type=integer) /446/ (type=integer) /447/ (type=integer) /448/ (type=integer) /449/ (type=integer) /450/ (type=integer) /451/ (type=integer) /452/ (type=integer) /453/ (type=integer) /454/ (type=integer) /455/ (type=integer) /456/ (type=integer) /457/ (type=integer) /458/ (type=integer) /459/ 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(type=integer) /507/ (type=integer) /508/ (type=integer) /509/ (type=integer) /510/ (type=integer) /511/ (type=integer) /512/ (type=integer) /513/ (type=integer) /514/ (type=integer) /515/ (type=integer) /516/ (type=integer) /517/ (type=integer) /518/ (type=integer) /519/ (type=integer) /520/ (type=integer) /521/ (type=integer) /522/ (type=integer) /523/ (type=integer) /524/ (type=integer) /525/ (type=integer) /526/ (type=integer) /527/ (type=integer) /528/ (type=integer) /529/ (type=integer) /530/ (type=integer) /531/ (type=integer) /532/ (type=integer) /533/ (type=integer) /534/ (type=integer) /535/ (type=integer) /536/ (type=integer) VALUE = ""

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Network Comparison Type  : Divided
Hugo  : no value
Filtered  : 1

Rank	description	Value Type	Interaction Map	red	green	network_comparison
2	mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase ib (ec 3.2.1.113) (processing alpha-1,2-mannosidase ib) (alpha-1,2-mannosidase ib) (mannosidase alpha class 1a member 2). [swissprot;acc:o60476]	Ranked	High confidence	15	28	1.86667
10	implantation-associated protein. [refseq;acc:nm_032121]	Measured	Low confidence	3278	5058.5	1.54317
		Squared		2543.26	6056.43	2.38136
13	nuclear dna-binding protein; small unique nuclear receptor corepressor; c1d dna-binding protein. [refseq;acc:nm_006333]	Ranked		37.9984	29.1831	1.30207
14	atlastin; guanylate-binding protein 3. [refseq;acc:nm_015915]	Squared		7744.68	4959.41	1.56161
18	nuclear dna-binding protein; small unique nuclear receptor corepressor; c1d dna-binding protein. [refseq;acc:nm_006333]			332411	473408	1.42416
20	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-7 subunit. [swissprot;acc:o60262]	Rooted	High confidence	40.3337	24.2744	1.66157
22	implantation-associated protein. [refseq;acc:nm_032121]		Low confidence	57.2538	71.1231	1.24224
	protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949]	Measured	High confidence	677.5	1865.5	2.75351
		Squared		108.641	823.69	7.58176
23	implantation-associated protein. [refseq;acc:nm_032121]	Ranked	Low confidence	198	163	1.21472
24	atlastin; guanylate-binding protein 3. [refseq;acc:nm_015915]	Measured		5720.25	4577.5	1.24965
25	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-7 subunit. [swissprot;acc:o60262]		High confidence	1833.01	892.67	2.0534
27	ena/vasodilator stimulated phosphoprotein-like protein (ena/vasp-like protein). [swissprot;acc:q9ui08]	Squared	Low confidence	97360.9	72915.2	1.33526
	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-5 like subunit. [swissprot;acc:q9y3k8]	Rooted	High confidence	40.3364	24.2968	1.66015
28	atlastin; guanylate-binding protein 3. [refseq;acc:nm_015915]	Ranked	Low confidence	142	170	1.19718
30	melanoma-associated antigen 3 (mage-3 antigen) (antigen mz2-d). [swissprot;acc:p43357]	Squared		82347.8	61881.5	1.33073
	serine/threonine protein phosphatase 2a, 55 kda regulatory subunit b, alpha isoform (pp2a, subunit b, b-alpha isoform) (pp2a, subunit b, b55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, pr55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, r2-alpha isoform). [swissprot;acc:q00007]	Ranked	High confidence	187.457	243.678	1.29991
32	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-5 like subunit. [swissprot;acc:q9y3k8]	Measured		1834.73	895.893	2.04793
	nuclear dna-binding protein; small unique nuclear receptor corepressor; c1d dna-binding protein. [refseq;acc:nm_006333]		Low confidence	36360.3	43368.8	1.19275
33	hepatocellular carcinoma-associated protein hca1. [refseq;acc:nm_020932]	Squared		82347.8	61881.5	1.33073
	protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949]	Rooted	High confidence	26.0288	43.1914	1.65937
37	jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469]	Measured	Low confidence	6462.09	7593.77	1.17513
39	melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358]	Squared		82347.8	61881.5	1.33073
41	protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949]	Ranked	High confidence	322	253	1.27273
43	jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469]			204.641	160.957	1.2714
44	melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355]	Squared	Low confidence	82347.8	61881.5	1.33073
	protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949]	Rooted		55.7075	63.2842	1.13601
45	gaba-a receptor-associated protein. [sptrembl;acc:q9by60]	Squared	High confidence	129597	73157.5	1.77148
46	jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469]	Rooted	Low confidence	66.5831	75.4064	1.13252
47	ubiquitin activating enzyme e1-like protein. [refseq;acc:nm_006395]	Squared	High confidence	98517.9	56927.2	1.73059
48	protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949]	Ranked	Low confidence	242.742	217.217	1.11751
49	homeobox protein hox-c4 (hox-3e) (cp19). [swissprot;acc:p09017]	Squared		122475	159767	1.30449
52	homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630]
55	60s ribosomal protein l37a. [swissprot;acc:p12751]	Rooted		57.2649	64.3669	1.12402
56	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-7 subunit. [swissprot;acc:o60262]	Ranked	High confidence	266.856	336.233	1.25998
	homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056]	Squared	Low confidence	122475	159767	1.30449
	homeobox protein hox-c4 (hox-3e) (cp19). [swissprot;acc:p09017]	Measured		15464.1	17572.7	1.13635
	melanoma-associated antigen 3 (mage-3 antigen) (antigen mz2-d). [swissprot;acc:p43357]	Squared	High confidence	219048	129762	1.68808
58	jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469]	Ranked	Low confidence	202.802	182.73	1.10985
59	atlastin; guanylate-binding protein 3. [refseq;acc:nm_015915]	Rooted		75.6323	67.6572	1.11788
	hepatocellular carcinoma-associated protein hca1. [refseq;acc:nm_020932]	Squared	High confidence	219048	129762	1.68808
	homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630]	Measured	Low confidence	15464.1	17572.7	1.13635
	mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase ib (ec 3.2.1.113) (processing alpha-1,2-mannosidase ib) (alpha-1,2-mannosidase ib) (mannosidase alpha class 1a member 2). [swissprot;acc:o60476]	Squared		92930	71802.1	1.29425
60	cysteine-rich protein 1 (cysteine-rich intestinal protein) (crip) (cysteine-rich heart protein) (hcrhp). [swissprot;acc:p50238]	Rooted		59.2532	66.0541	1.11478
63	guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-5 like subunit. [swissprot;acc:q9y3k8]	Ranked	High confidence	266.865	336.178	1.25973
	homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056]	Measured	Low confidence	15464.1	17572.7	1.13635
65	melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358]	Squared	High confidence	219048	129762	1.68808
68	60s ribosomal protein l37a. [swissprot;acc:p12751]	Ranked	Low confidence	239.692	217.005	1.10455
70	melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355]	Squared	High confidence	219048	129762	1.68808

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.