Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

  • value_type as 'ranked' since this provides a very robust analysis method.
  • intercation map as 'high confidence'
  • network_comparison type as 'Divided' since this leads to a natural grouping of similar proteins
  • filtered as 'true' since this will only use the microarray measurements that have a sufficiently large confidence level.
    • Unknown value id /1036/ (type=integer)
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    Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].
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    Results: HTML CSV LaTeX Showing element 1 to 50 of 568 in total
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    2 mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase ib (ec 3.2.1.113) (processing alpha-1,2-mannosidase ib) (alpha-1,2-mannosidase ib) (mannosidase alpha class 1a member 2). [swissprot;acc:o60476] 1 15 28 1.86667
    3 nif3-like protein 1 (amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosomal region candidate gene protein 1) (my018 protein) (mds015). [swissprot;acc:q9gzt8] 0 4475.84 11083.9 2.47638
    4 mitochondrial 28s ribosomal protein s32 (s32mt) (mrp-s32) (ptd007) (hspc204). [swissprot;acc:q9y6g3] 8906 21883 2.45711
    5 ubiquitin-like protein smt3b (sentrin 2) (hsmt3). [swissprot;acc:p55855] 5510.5 11965.7 2.17144
    8 nuclear receptor co-repressor/hdac3 complex subunit tblr1 (tbl1- related protein 1). [swissprot;acc:q9bzk7] 11525 21888 1.89918
    13 heat shock 70 kda protein 1 (hsp70.1) (hsp70-1/hsp70-2). [swissprot;acc:p08107] 5210.5 9264.5 1.77804
    14 dystrophin. [swissprot;acc:p11532] 10232.5 18054.8 1.76446
    15 succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial precursor (cybs) (succinate-ubiquinone reductase membrane anchor subunit) (qps2) (cii-4) (succinate dehydrogenase complex subunit d) (succinate-ubiquinone oxidoreductase cytochrome b small subunit). [swissprot;acc:o14521] 19403 11267 1.72211
    17 fatty acid desaturase 1; linoleoyl-coa desaturase (delta-6-desaturase)-like 1; delta-5 desaturase; delta-5 fatty acid desaturase. [refseq;acc:nm_013402] 11543 6812 1.69451
    18 homeobox protein hox-c4 (hox-3e) (cp19). [swissprot;acc:p09017] 22286 13216 1.68629
    19 homeobox protein hox-c6 (hox-3c) (hho.c8) (cp25). [swissprot;acc:p09630]
    20 homeobox protein hox-a4 (hox-1d) (hox-1.4). [swissprot;acc:q00056]
    24 ba508n22.1 (hspc025) (fragment). [sptrembl;acc:q9hcw5] 13730.5 8257 1.66289
    25 lipopolysaccharide-responsive and beige-like anchor protein (cdc4-like protein) (beige-like protein). [swissprot;acc:p50851]
    27 ptd016 protein. [refseq;acc:nm_016125] 18050 11234 1.60673
    30 beta-carotene dioxygenase 2; putative b,b-carotene-9',10'-dioxygenase. [refseq;acc:nm_031938] 7395 11625 1.57201
    serine/threonine protein phosphatase 2a, 55 kda regulatory subunit b, alpha isoform (pp2a, subunit b, b-alpha isoform) (pp2a, subunit b, b55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, pr55-alpha isoform) (pp2a, subunit b, r2-alpha isoform). [swissprot;acc:q00007] 1 187.457 243.678 1.29991
    32 importin 9. [refseq;acc:nm_018085] 0 13292.2 8691.76 1.52929
    33 nucleosome assembly protein 1-like 4 (nucleosome assembly protein 2) (nap2). [swissprot;acc:q99733]
    35 nuclear dna-binding protein; small unique nuclear receptor corepressor; c1d dna-binding protein. [refseq;acc:nm_006333] 3208.8 4871.6 1.5182
    37 dj570f3.6 (novel protein similar to lysophospholipase ii (lypla2)). [sptrembl;acc:q9uge0] 3859 2582 1.49458
    39 ero1-like. [refseq;acc:nm_014584] 13853 20536 1.48242
    40 filamin a (alpha-filamin) (filamin 1) (endothelial actin-binding protein) (abp-280) (nonmuscle filamin). [swissprot;acc:p21333] 3845 5699 1.48218
    41 60s ribosomal protein l21. [swissprot;acc:p46778] 9994.33 6758.83 1.47871
    protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c; serologically defined breast cancer antigen ny-br-81; pkc-potentiated pp1 inhibitory protein. [refseq;acc:nm_030949] 1 322 253 1.27273
    43 jun dimerization protein. [refseq;acc:nm_130469] 204.641 160.957 1.2714
    45 hurpin (hacat uv-repressible serpin) (protease inhibitor 13) (headpin) (serpin b13). [swissprot;acc:q9uiv8] 0 14592 21113.7 1.44694
    46 60s ribosomal protein l37a. [swissprot;acc:p12751] 12941.7 18499.2 1.42943
    49 brain protein 16. [refseq;acc:nm_016458] 6890.54 4854.99 1.41927
    53 ubiquitin-conjugating enzyme e2-18 kda ubch7 (ec 6.3.2.19) (ubiquitin- protein ligase) (ubiquitin carrier protein) (ubcm4) (e2-f1) (l-ubc). [swissprot;acc:p51966] 3284 4554.5 1.38688
    56 guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-7 subunit. [swissprot;acc:o60262] 1 266.856 336.233 1.25998
    synbindin (trs23 homolog) (hematopoietic stem/progenitor cell protein 172) (hspc172) (ptd009) (cgi-104). [swissprot;acc:q9y296] 0 22440 16388 1.36929
    63 guanine nucleotide-binding protein g(i)/g(s)/g(o) gamma-5 like subunit. [swissprot;acc:q9y3k8] 1 266.865 336.178 1.25973
    67 presenilin enhancer 2; hematopoietic stem/progenitor cells protein mds033. [refseq;acc:nm_172341] 0 10793.5 14291.5 1.32408
    68 purine nucleoside phosphorylase (ec 2.4.2.1) (inosine phosphorylase) (pnp). [swissprot;acc:p00491] 8932.56 11823.3 1.32362
    69 collagen alpha 5(iv) chain precursor. [swissprot;acc:p29400] 7704.7 10174.1 1.32051
    70 protein regulator of cytokinesis 1; protein regulating cytokinesis 1. [refseq;acc:nm_003981] 13975.7 10593.2 1.31931
    73 phosphoglycerate mutase 1 (ec 5.4.2.1) (ec 5.4.2.4) (ec 3.1.3.13) (phosphoglycerate mutase isozyme b) (pgam-b) (bpg-dependent pgam 1). [swissprot;acc:p18669] 4119 5397 1.31027
    74 ataxin 2; olivopontocerebellar ataxia 2, autosomal dominant. [refseq;acc:nm_002973] 6742.5 8759.5 1.29915
    75 nanos (fragment). [sptrembl;acc:q8wy41] 8782 11350 1.29242
    76 spectrin alpha chain, brain (spectrin, non-erythroid alpha chain) (alpha-ii spectrin) (fodrin alpha chain). [swissprot;acc:q13813] 3474 2695 1.28905
    78 repressor of estrogen receptor activity; b-cell associated protein. [refseq;acc:nm_007273] 7584.72 9706.12 1.27969
    82 dj681n20.2 (novel protein similar to ferritin, light polypeptide (ftl)). [sptrembl;acc:q9byw6] 7706.5 6058 1.27212
    85 melanoma-associated antigen 3 (mage-3 antigen) (antigen mz2-d). [swissprot;acc:p43357] 1 88.2482 110.265 1.24949
    86 high mobility group protein 1 (hmg-1). [swissprot;acc:p09429] 0 5677.96 4546.87 1.24876
    88 hepatocellular carcinoma-associated protein hca1. [refseq;acc:nm_020932] 1 88.2482 110.265 1.24949
    92 dok-like protein. [refseq;acc:nm_024872] 0 17571 21783 1.23971
    94 melanoma-associated antigen 4 (mage-4 antigen) (mage-x2) (mage-41). [swissprot;acc:p43358] 1 88.2482 110.265 1.24949
    97 microsomal signal peptidase 18 kda subunit (ec 3.4.-.-) (spase 18 kda subunit) (spc18) (endopeptidase sp18). [swissprot;acc:p21378] 0 8335.82 10228.3 1.22703
    99 melanoma-associated antigen 1 (mage-1 antigen) (antigen mz2-e). [swissprot;acc:p43355] 1 88.2482 110.265 1.24949

    Legend:
    - Rank is the rank after comparing the two networks
    - Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
    - Hugo is the HGNC identifier if it exists
    - Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
    - Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
    - Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
    - Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.
    - http://analysis.yellowcouch.org/