MK5 Microarray Data

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

Proteome Analysis

Below the proteome analysis is presented. The analysis methods are presented in the paper Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction Networks. If you are interested in the most reliable results choose the

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Gene	description	Rank	Hugo	Value Type	Network Comparison Type	Interaction Map	Filtered	red	green	network_comparison
			Unknown value id /5250/ (type=integer) /0/ (type=integer) /1/ (type=integer) /2/ (type=integer) /3/ (type=integer) /4/ (type=integer) /5/ (type=integer) /6/ (type=integer) /7/ (type=integer) /8/ (type=integer) /9/ (type=integer) /10/ (type=integer) /11/ (type=integer) /12/ (type=integer) /13/ (type=integer) /14/ (type=integer) /15/ (type=integer) /16/ (type=integer) /17/ (type=integer) /18/ (type=integer) /19/ (type=integer) /20/ (type=integer) /21/ (type=integer) /22/ (type=integer) /23/ (type=integer) /24/ (type=integer) /25/ (type=integer) /26/ (type=integer) /27/ (type=integer) /28/ (type=integer) /29/ (type=integer) /30/ (type=integer) /31/ (type=integer) /32/ (type=integer) /33/ (type=integer) /34/ (type=integer) /35/ (type=integer) /36/ (type=integer) /37/ (type=integer) /38/ (type=integer) /39/ (type=integer) /40/ (type=integer) /41/ (type=integer) /42/ (type=integer) /43/ (type=integer) /44/ (type=integer) /45/ (type=integer) /46/ (type=integer) /47/ (type=integer) /48/ (type=integer) /49/ (type=integer) /50/ (type=integer) /51/ (type=integer) /52/ (type=integer) /53/ (type=integer) /54/ (type=integer) /55/ (type=integer) /56/ (type=integer) /57/ (type=integer) /58/ (type=integer) /59/ (type=integer) /60/ (type=integer) /61/ (type=integer) /62/ (type=integer) /63/ (type=integer) /64/ (type=integer) /65/ (type=integer) /66/ (type=integer) /67/ (type=integer) /68/ (type=integer) /69/ (type=integer) /70/ (type=integer) /71/ (type=integer) /72/ (type=integer) /73/ (type=integer) /74/ (type=integer) /75/ (type=integer) /76/ (type=integer) /77/ (type=integer) /78/ (type=integer) /79/ (type=integer) /80/ (type=integer) /81/ (type=integer) /82/ (type=integer) /83/ (type=integer) /84/ (type=integer) /85/ (type=integer) /86/ (type=integer) /87/ (type=integer) /88/ (type=integer) /89/ (type=integer) /90/ (type=integer) /91/ (type=integer) /92/ (type=integer) /93/ (type=integer) /94/ (type=integer) /95/ (type=integer) /96/ (type=integer) /97/ (type=integer) /98/ (type=integer) /99/ (type=integer) /100/ (type=integer) /101/ (type=integer) /102/ (type=integer) /103/ (type=integer) /104/ (type=integer) /105/ (type=integer) /106/ (type=integer) /107/ (type=integer) /108/ (type=integer) /109/ (type=integer) /110/ (type=integer) /111/ (type=integer) /112/ (type=integer) /113/ (type=integer) /114/ (type=integer) /115/ (type=integer) /116/ (type=integer) /117/ (type=integer) /118/ (type=integer) /119/ (type=integer) /120/ (type=integer) /121/ (type=integer) /122/ (type=integer) /123/ (type=integer) /124/ (type=integer) /125/ (type=integer) /126/ (type=integer) /127/ (type=integer) /128/ (type=integer) /129/ (type=integer) /130/ (type=integer) /131/ (type=integer) /132/ (type=integer) /133/ (type=integer) /134/ (type=integer) /135/ (type=integer) /136/ (type=integer) /137/ (type=integer) /138/ (type=integer) /139/ (type=integer) /140/ (type=integer) /141/ (type=integer) /142/ (type=integer) /143/ (type=integer) /144/ (type=integer) /145/ (type=integer) /146/ (type=integer) /147/ (type=integer) /148/ (type=integer) /149/ (type=integer) /150/ (type=integer) /151/ (type=integer) /152/ (type=integer) /153/ (type=integer) /154/ (type=integer) /155/ (type=integer) /156/ (type=integer) /157/ (type=integer) /158/ (type=integer) /159/ (type=integer) /160/ (type=integer) /161/ (type=integer) /162/ (type=integer) /163/ (type=integer) /164/ (type=integer) /165/ (type=integer) /166/ (type=integer) /167/ (type=integer) /168/ (type=integer) /169/ (type=integer) /170/ (type=integer) /171/ (type=integer) /172/ (type=integer) /173/ (type=integer) /174/ (type=integer) /175/ (type=integer) /176/ (type=integer) /177/ (type=integer) /178/ (type=integer) /179/ (type=integer) /180/ (type=integer) /181/ (type=integer) /182/ (type=integer) /183/ (type=integer) /184/ (type=integer) /185/ (type=integer) /186/ (type=integer) /187/ (type=integer) /188/ (type=integer) /189/ (type=integer) /190/ (type=integer) /191/ (type=integer) /192/ (type=integer) /193/ 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(type=integer) /241/ (type=integer) /242/ (type=integer) /243/ (type=integer) /244/ (type=integer) /245/ (type=integer) /246/ (type=integer) /247/ (type=integer) /248/ (type=integer) /249/ (type=integer) /250/ (type=integer) /251/ (type=integer) /252/ (type=integer) /253/ (type=integer) /254/ (type=integer) /255/ (type=integer) /256/ (type=integer) /257/ (type=integer) /258/ (type=integer) /259/ (type=integer) /260/ (type=integer) /261/ (type=integer) /262/ (type=integer) /263/ (type=integer) /264/ (type=integer) /265/ (type=integer) /266/ (type=integer) /267/ (type=integer) /268/ (type=integer) /269/ (type=integer) /270/ (type=integer) /271/ (type=integer) /272/ (type=integer) /273/ (type=integer) /274/ (type=integer) /275/ (type=integer) /276/ (type=integer) /277/ (type=integer) /278/ (type=integer) /279/ (type=integer) /280/ (type=integer) /281/ (type=integer) /282/ (type=integer) /283/ (type=integer) /284/ (type=integer) /285/ (type=integer) /286/ (type=integer) /287/ 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Hugo  : no value
Value Type  : Ranked
Network Comparison Type  : Divided
Interaction Map  : High confidence
Filtered  : 1

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1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase alpha (ec 2.3.1.51) (1- agp acyltransferase 1) (1-agpat 1) (lysophosphatidic acid acyltransferase-alpha) (lpaat-alpha) (1-acylglycerol-3-phosphate o- acyltransferase 1) (g15 protein). [swissprot;acc:q99943]	1038	186.741	181.041	1.03148
15 kda selenoprotein precursor. [swissprot;acc:o60613]	1948	214.522	212.432	1.00984
17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase. [sptrembl;acc:q13034]	1051	211.449	217.998	1.03097
26s proteasome non-atpase regulatory subunit 12 (26s proteasome regulatory subunit p55). [swissprot;acc:o00232]	2316	217.241	218.311	1.00493
3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase (fragments). [sptrembl;acc:q9udk8]	2756	0.00001	0.00001	1
3 beta-hydroxysteroid dehydrogenase/delta 5-->4-isomerase type i (3beta-hsd i) (trophoblast antigen fdo161g) [includes: 3-beta-hydroxy- delta(5)-steroid dehydrogenase (ec 1.1.1.145) (3-beta-hydroxy-5-ene steroid dehydrogenase) (progesterone reductase); steroid delta- isomerase (ec 5.3.3.1) (delta-5-3-ketosteroid isomerase)]. [swissprot;acc:p14060]	2802
3-hydroxyisobutyryl-coenzyme a hydrolase. [refseq;acc:nm_014362]	1852	196.008	198.154	1.01095
4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial precursor (ec 2.6.1.19) (gamma-amino-n-butyrate transaminase) (gaba transaminase) (gaba aminotransferase) (gaba-at) (gaba-t). [swissprot;acc:p80404]	1745	219.423	222.215	1.01272
40s ribosomal protein s15 (rig protein). [swissprot;acc:p11174]	304	242.339	266.986	1.1017
40s ribosomal protein s18 (ke-3) (ke3). [swissprot;acc:p25232]	387	242.238	264.11	1.09029
40s ribosomal protein s2 (s4) (llrep3 protein). [swissprot;acc:p15880]	344	241.625	265.136	1.0973
40s ribosomal protein s26. [swissprot;acc:p02383]	454	210.224	226.578	1.07779
40s ribosomal protein s27 (metallopan-stimulin 1) (mps-1). [swissprot;acc:p42677]	1102	229.442	235.974	1.02847
40s ribosomal protein s28. [swissprot;acc:p25112]	1982	200.343	198.427	1.00966
40s ribosomal protein s29. [swissprot;acc:p30054]	277	241.849	267.642	1.10665
40s ribosomal protein s3a. [swissprot;acc:p49241]	867	225.689	234.674	1.03981
40s ribosomal protein s4, x isoform (single copy abundant mrna protein) (scr10). [swissprot;acc:p12750]	288	240.758	266.078	1.10517
40s ribosomal protein sa (p40) (34/67 kda laminin receptor) (colon carcinoma laminin-binding protein) (nem/1chd4) (multidrug resistance- associated protein mgr1-ag). [swissprot;acc:p08865]	789	224.244	234.511	1.04578
60s acidic ribosomal protein p1. [swissprot;acc:p05386]	898	229.171	238.048	1.03874
60s ribosomal protein l10 (qm protein) (tumor suppressor qm) (laminin receptor homolog). [swissprot;acc:p27635]	357	243.12	266.661	1.09683
60s ribosomal protein l10a (csa-19). [swissprot;acc:p53025]	356	243.24	266.796	1.09684
60s ribosomal protein l12 like protein. [sptrembl;acc:o60886]	338	243.583	267.528	1.0983
60s ribosomal protein l12. [swissprot;acc:p30050]	337		267.527
60s ribosomal protein l14 (cag-isl 7). [swissprot;acc:p50914]	306	242.153	266.673	1.10126
60s ribosomal protein l17 (l23). [swissprot;acc:p18621]	281	241.808	267.335	1.10557
60s ribosomal protein l18a. [swissprot;acc:q02543]	860	234.025	224.958	1.04031
60s ribosomal protein l21. [swissprot;acc:p46778]	1054	223.958	217.263	1.03082
60s ribosomal protein l22 (epstein-barr virus small rna associated protein) (eber associated protein) (eap) (heparin binding protein hbp15). [swissprot;acc:p35268]	2205	199.129	200.413	1.00645
60s ribosomal protein l23 (l17). [swissprot;acc:p23131]	293	240.782	265.717	1.10356
60s ribosomal protein l23a. [swissprot;acc:p29316]	323	241.884	265.945	1.09947
60s ribosomal protein l37a. [swissprot;acc:p12751]	2959	0.00001	0.00001	1
60s ribosomal protein l39. [swissprot;acc:p02404]	859	234.025	224.958	1.04031
60s ribosomal protein l7. [swissprot;acc:p18124]	297	235.727	259.984	1.1029
60s ribosomal protein l9. [swissprot;acc:p32969]	341	240.243	263.798	1.09805
acyl-coa dehydrogenase, short/branched chain specific, mitochondrial precursor (ec 1.3.99.-) (sbcad) (2-methyl branched chain acyl-coa dehydrogenase) (2-mebcad) (2-methylbutyryl-coenzyme a dehydrogenase) (2-methylbutyryl-coa dehydrogenase). [swissprot;acc:p45954]	2019	215.799	213.865	1.00904
adapter-related protein complex 1 sigma 1b subunit (sigma-adaptin 1b) (adaptor protein complex ap-1 sigma-1b subunit) (golgi adaptor ha1/ap1 adaptin sigma-1b subunit) (clathrin assembly protein complex 1 sigma- 1b small chain) (sigma 1b subunit of ap-1 clathrin) (dc22). [swissprot;acc:p56377]	1595	222.134	225.731	1.01619
adapter-related protein complex 3 beta 2 subunit (beta-adaptin 3b) (ap-3 complex beta-3b subunit) (beta-3b-adaptin) (neuron-specific vesicle coat protein beta-nap). [swissprot;acc:q13367]	2046	199.928	198.24	1.00851
adenine phosphoribosyltransferase (ec 2.4.2.7) (aprt). [swissprot;acc:p07741]	1049	211.449	217.998	1.03097
adenylate kinase isoenzyme 4, mitochondrial (ec 2.7.4.3) (atp-amp transphosphorylase). [swissprot;acc:p27144]	348	242.14	265.696	1.09728
adp-ribosylation factor-like protein 7 (adp-ribosylation factor-like protein lak). [swissprot;acc:p56559]	1186	218.402	212.904	1.02582
alcohol dehydrogenase class iii chi chain (ec 1.1.1.1) (glutathione- dependent formaldehyde dehydrogenase) (ec 1.2.1.1) (fdh). [swissprot;acc:p11766]	2428	192.871	193.555	1.00355
alpha-1-acid glycoprotein 2 precursor (agp 2) (orosomucoid 2) (omd 2). [swissprot;acc:p19652]	1189	209.649	204.406	1.02565
alpha-nac protein. [sptrembl;acc:q9h009]	889	212.028	204.053	1.03908
alpha-parvin (calponin-like integrin-linked kinase binding protein) (ch-ilkbp). [swissprot;acc:q9nvd7]	1249	219.354	224.7	1.02437
apobec-1 complementation factor isoform 1; apobec-1 stimulating protein; apo-b rna editing protein. [refseq;acc:nm_014576]	248	237.302	212.41	1.11719
apoptosis inhibitor fksg2. [swissprot;acc:q9hau6]	1111	217.99	212.123	1.02766
arsenical pump-driving atpase (ec 3.6.3.16) (arsenite-translocating atpase) (arsenical resistance atpase) (arsenite-transporting atpase) (arsa) (asna-i). [swissprot;acc:o43681]	2291	200.158	201.213	1.00527
aspartate beta-hydroxylase isoform b; junctin isoform 1; junctate; aspartyl/asparaginyl-beta-hydroxylase; peptide-aspartate beta-dioxygenase; humbug. [refseq;acc:nm_032468]	658	229.072	216.576	1.0577
ataxin 2-binding protein. [swissprot;acc:q9nwb1]	1704	218.514	215.577	1.01362
ataxin 2; olivopontocerebellar ataxia 2, autosomal dominant. [refseq;acc:nm_002973]	1059	228.105	221.293	1.03078

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.