Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis
These are the micro-array results of a differential gene expression
microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on
them. The up/down- regulation ratio was obtained by
measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical
information as well as the data usage policy.
Proteome Analysis
Below the proteome analysis is presented. The analysis
methods are presented in the paper
Propagating Differential Gene Expression in Protein Interaction
Networks. If you are interested in the most reliable results
choose the
value_type as 'ranked' since this provides a very robust analysis method.
intercation map as 'high confidence'
network_comparison type as 'Divided' since this leads to a natural grouping of similar proteins
filtered as 'true' since this will only use the microarray measurements that have a sufficiently large confidence level.
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- http://analysis.yellowcouch.org/