Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

MK5 Proteome Analysis

Table 3: Type II network, divided ranks. This table presents the output of the simulation of a type-II network in which we relied on the high confidence interactions and micro-array results. The output of the micro-array was then ranked and these ranks used as input into the network simulation. After performing two such simulations (one for the MK5 off and one for the MK5 on microarray output), we divided the ranks and sorted the results accordingly. The output of this technique is a collection of proteins that cluster naturally together.

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Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].

Rank Gene Hugo description Value Type Network Comparison Type Interaction Map Filtered red green network_comparison

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61	CRISP2	testis-specific protein tpx-1 precursor (cysteine-rich secretory protein-2) (crisp-2). [swissprot;acc:p16562]	15352	11346.5	1.35302
62	GLRA3	glycine receptor alpha-3 chain precursor. [swissprot;acc:o75311]	9418.7	12695.6	1.34791
63	STT3A	oligosaccharyl transferase stt3 subunit homolog (b5) (integral membrane protein 1) (tmc). [swissprot;acc:p46977]	8519.83	11453	1.34428
64	LYZL1	similar to lysozyme c-1 (1,4-beta-n-acylmuramidase c, ec 3.2.1.17). [refseq;acc:nm_032517]	15264	20387	1.33563
65	EP400	e1a binding protein p400; p400 swi2/snf2-related protein; cagh32 protein; trinucleotide repeat containing 12. [refseq;acc:nm_015409]	7853.67	10406.3	1.32502
66	HS6ST2	heparan sulfate 6-o-sulfotransferase 2. [refseq;acc:nm_147174]	11461	15180	1.32449
67	no value	presenilin enhancer 2; hematopoietic stem/progenitor cells protein mds033. [refseq;acc:nm_172341]	10793.5	14291.5	1.32408
68		purine nucleoside phosphorylase (ec 2.4.2.1) (inosine phosphorylase) (pnp). [swissprot;acc:p00491]	8932.56	11823.3	1.32362
69		collagen alpha 5(iv) chain precursor. [swissprot;acc:p29400]	7704.7	10174.1	1.32051
70		protein regulator of cytokinesis 1; protein regulating cytokinesis 1. [refseq;acc:nm_003981]	13975.7	10593.2	1.31931
71	NUP43	nucleoporin nup43 (p42). [swissprot;acc:q8nfh3]	4338.65	5700.79	1.31395
72	PGAM4	putative phosphoglycerate mutase 3 (ec 5.4.2.1) (ec 5.4.2.4) (ec 3.1.3.13). [swissprot;acc:q8n0y7]	4119	5397	1.31027
73	no value	phosphoglycerate mutase 1 (ec 5.4.2.1) (ec 5.4.2.4) (ec 3.1.3.13) (phosphoglycerate mutase isozyme b) (pgam-b) (bpg-dependent pgam 1). [swissprot;acc:p18669]	4119	5397	1.31027
74		ataxin 2; olivopontocerebellar ataxia 2, autosomal dominant. [refseq;acc:nm_002973]	6742.5	8759.5	1.29915
75		nanos (fragment). [sptrembl;acc:q8wy41]	8782	11350	1.29242
76		spectrin alpha chain, brain (spectrin, non-erythroid alpha chain) (alpha-ii spectrin) (fodrin alpha chain). [swissprot;acc:q13813]	3474	2695	1.28905
77	RCC1	regulator of chromosome condensation (cell cycle regulatory protein). [swissprot;acc:p18754]	8821.32	11366.5	1.28853
78	no value	repressor of estrogen receptor activity; b-cell associated protein. [refseq;acc:nm_007273]	7584.72	9706.12	1.27969
79	NXF5	nuclear rna export factor 5 (tap-like protein 1) (tapl-1). [swissprot;acc:q9h1b4]	9465.55	12106.5	1.27901
80	DTX1	deltex homolog 1; hdx-1. [refseq;acc:nm_004416]	9102.34	11617.9	1.27636
81	SEPHS2	selenide,water dikinase 2 (ec 2.7.9.3) (selenophosphate synthetase 2) (selenium donor protein 2). [swissprot;acc:q99611]	14463	11356	1.2736
82	no value	dj681n20.2 (novel protein similar to ferritin, light polypeptide (ftl)). [sptrembl;acc:q9byw6]	7706.5	6058	1.27212
83	SNRPB	small nuclear ribonucleoprotein associated proteins b and b' (snrnp-b) (sm protein b/b') (sm-b/sm-b') (smb/smb'). [swissprot;acc:p14678]	18359.8	14447.8	1.27077
84	STX1A	syntaxin 1a (neuron-specific antigen hpc-1). [swissprot;acc:q16623]	12460.6	15781	1.26647
85	TBL2	transducin beta-like 2 protein (ws beta-transducin repeats protein) (ws-betatrp) (williams-beuren syndrome chromosome region 13 protein). [swissprot;acc:q9y4p3]	9688.47	12104.2	1.24934
86	no value	high mobility group protein 1 (hmg-1). [swissprot;acc:p09429]	5677.96	4546.87	1.24876
87	HMG1L1	dj579f20.1 (high-mobility group (nonhistone chromosomal) protein 1-like 1). [sptrembl;acc:q9nqj4]	5677.89	4547.43	1.24859
88	HMG1L10	high mobility group protein 1-like 10 (hmg-1l10). [swissprot;acc:q9ugv6]	5677.86	4547.66	1.24852
89	SP100	nuclear autoantigen sp-100 (speckled 100 kda) (nuclear dot-associated sp100 protein) (lysp100b). [swissprot;acc:p23497]	5677.58	4549.85	1.24786
90	HMG4L	high mobility group protein 4-like (hmg-4l). [swissprot;acc:q9uj13]	5677.45	4550.87	1.24755
91	BMP8A	bone morphogenetic protein 8 precursor (bmp-8) (osteogenic protein 2) (op-2). [swissprot;acc:p34820]	13841.2	11127.5	1.24387
92	no value	dok-like protein. [refseq;acc:nm_024872]	17571	21783	1.23971
93	PMS2	pms1 protein homolog 2 (dna mismatch repair protein pms2). [swissprot;acc:p54278]	7739.47	9580.95	1.23793
94	TKTL1	transketolase-like 1 (ec 2.2.1.1) (transketolase 2) (tk 2) (transketolase related protein). [swissprot;acc:p51854]	12946.3	10519.7	1.23067
95	DUS1L	pp3111 protein. [refseq;acc:nm_022156]	6185	7603	1.22926
96	IMMP2L	imp2 inner mitochondrial membrane protease-like; inner mitochondrial membrane peptidase 2 like. [refseq;acc:nm_032549]	8335.82	10228.3	1.22703
97	no value	microsomal signal peptidase 18 kda subunit (ec 3.4.-.-) (spase 18 kda subunit) (spc18) (endopeptidase sp18). [swissprot;acc:p21378]	8335.82	10228.3	1.22703
98	NR2E1	orphan nuclear receptor nr2e1 (nuclear receptor tlx) (tailless homolog) (tll) (htll). [swissprot;acc:q9y466]	7234.6	8858.94	1.22452
99	ITGB1BP3	muscle-specific beta 1 integrin binding protein. [refseq;acc:nm_014446]	12787.8	10454.7	1.22316
100	no value	creatine kinase, ubiquitous mitochondrial precursor (ec 2.7.3.2) (u- mtck) (mia-ck) (acidic-type mitochondrial creatine kinase). [swissprot;acc:p12532]	9183.49	11217.7	1.22151
101		dj947l8.1.1 (novel cub and sushi (scr repeat) domain protein) (fragment). [sptrembl;acc:q9h4v7]	14548.5	11915.2	1.221
102		60s ribosomal protein l18a. [swissprot;acc:q02543]	12738.7	10437.1	1.22052
103	FMO3	dimethylaniline monooxygenase [n-oxide forming] 3 (ec 1.14.13.8) (hepatic flavin-containing monooxygenase 3) (fmo 3) (dimethylaniline oxidase 3) (fmo form 2) (fmo ii). [swissprot;acc:p31513]	7495.26	9130.38	1.21815

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the HGNC identifier if it exists
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.

- http://analysis.yellowcouch.org/