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MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

MK5 Proteome Analysis

Table 3: Type II network, divided ranks. This table presents the output of the simulation of a type-II network in which we relied on the high confidence interactions and micro-array results. The output of the micro-array was then ranked and these ranks used as input into the network simulation. After performing two such simulations (one for the MK5 off and one for the MK5 on microarray output), we divided the ranks and sorted the results accordingly. The output of this technique is a collection of proteins that cluster naturally together.

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Navigation/Query Panel:
Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].
Rank Gene description Value Type Network Comparison Type Interaction Map Filtered green network_comparison red
Unknown value id /1036/ (type=integer)
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Results: HTML CSV LaTeX Showing element 501 to 550 of 1892 in total
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Rank
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Value Type
2881 collectin sub-family member 12 isoform i; scavenger receptor with c-type lectin; collectin placenta 1; scavenger receptor class a, member 4. [refseq;acc:nm_130386] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2882 xanthine dehydrogenase/oxidase [includes: xanthine dehydrogenase (ec 1.1.1.204) (xd); xanthine oxidase (ec 1.1.3.22) (xo) (xanthine oxidoreductase)]. [swissprot;acc:p47989] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2883 pantothenate kinase 4 (ec 2.7.1.33) (pantothenic acid kinase 4) (hpank4). [swissprot;acc:q9nve7] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2884 peptide deformylase, mitochondrial precursor (ec 3.5.1.88) (pdf) (polypeptide deformylase). [swissprot;acc:q9hbh1] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2885 carnitine o-palmitoyltransferase ii, mitochondrial precursor (ec 2.3.1.21) (cpt ii). [swissprot;acc:p23786] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2886 complement component c8 alpha chain precursor. [swissprot;acc:p07357] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2887 mothers against decapentaplegic homolog interacting protein (madh-interacting protein) (smad anchor for receptor activation) (receptor activation anchor) (hsara) (novel serine protease) (nsp). [swissprot;acc:o95405] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2888 eukaryotic initiation factor 4a-ii (eif-4a-ii) (eif4a-ii). [swissprot;acc:q14240] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2889 udp-glucuronosyltransferase 2b4 precursor, microsomal (ec 2.4.1.17) (udpgt) (hyodeoxycholic acid) (hlug25) (udpgth-1). [swissprot;acc:p06133] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2890 ccr4-not transcription complex, subunit 8 (caf1-like protein) (califp). [swissprot;acc:q9uff9] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2891 putative mitochondrial solute carrier; hypothetical protein npd016; putative mitochondrial solute carrier. [refseq;acc:nm_031212] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2892 cyclin-dependent kinase (cdc2-like) 11; death-preventing kinase. [refseq;acc:nm_015076] Measured
Ranked
Squared
Rooted
2893 atp synthase coupling factor 6, mitochondrial precursor (ec 3.6.3.14) (f6). [swissprot;acc:p18859] Measured
Ranked

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Value Type describes how the microarray measurement was processed. Ranked indicates that we sorted all measurements and use the rank as red and green value. Measured is the normal measurement. Squared and Rooted are the square and square root respecitcely. This might be valueable to compensate for non linear light distributions.
- Network Comparison Type describes whether we divided the red and green types or whether we sutractcted them
- Interaction Map specifies whether we used only the hig hconfidence protein-protein interactions or also included the low confidence interactions.
- Filtered specifies whether we only included the high confidence microarry measurements or not.
- http://analysis.yellowcouch.org/