Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

MK5 Proteome Network Type I Analysis

Type 1 network in which we propagated the absolute log regulation ratio abs(log(r/g)). We used the filtered lowest boundary of the confidence interval for the microarray measurement based and used the high confidence interaction map. Because type-I networks tend to favour highly connected proteins we tested a normalisation scheme in which we would run the network once with real values (the measured column) and once with simulated values where each measured point is set to 1 instead of the actual signal (the expected column). Afterwards we divided the measured value by the expected value. This normalisation scheme works to a certain extend but will lead to a variance that is directly related to the connectivity of each protein. In the end we dropped the use of Type-I networks due to the many technical problems they pose.

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Rank Gene description measured final expected Hugo

Results: HTML CSV LaTeX

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Hugo

: no value

Rank	description	measured	final	expected
499	SEVEN IN ABSENTIA HOMOLOG 1. [RefSeq;Acc:NM_003031]	0.563143	0.274221006	2.05361
504	ENIGMA PROTEIN; LIM DOMAIN PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_005451]	0.0286746	0.274067631	0.104626
508	HEAT SHOCK FACTOR BINDING PROTEIN 1. [SWISSPROT;Acc:O75506]	0.135095	0.273980243	0.493083
515	ATAXIN 2-BINDING PROTEIN. [SWISSPROT;Acc:Q9NWB1]	0.534301	0.272423252	1.96129
522	"PRE-MRNA CLEAVAGE FACTOR I, 59 KDA SUBUNIT. [RefSeq;Acc:NM_024811]"	0.694134	0.271974767	2.5522
534	SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN E (SNRNP-E) (SM PROTEIN E) (SM-E) (SME). [SWISSPROT;Acc:P08578]	0.0399967	0.271366443	0.14739
542	PROTEIN REGULATOR OF CYTOKINESIS 1; PROTEIN REGULATING CYTOKINESIS 1. [RefSeq;Acc:NM_003981]	0.152328	0.271077616	0.561935
554	SH3 DOMAIN-BINDING GLUTAMIC ACID-RICH-LIKE PROTEIN 2 (FOVEA-ASSOCIATED SH3 DOMAIN BINDING PROTEIN). [SWISSPROT;Acc:Q9UJC5]	0.0368814	0.270999456	0.136094
560	ELAV-LIKE PROTEIN 3 (HU-ANTIGEN C) (HUC) (PARANEOPLASTIC CEREBELLAR DEGENERATION-ASSOCIATED ANTIGEN) (PARANEOPLASTIC LIMBIC ENCEPHALITIS ANTIGEN 21). [SWISSPROT;Acc:Q14576]	0.539175	0.270867348	1.99055
582	"SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 2A, 55 KDA REGULATORY SUBUNIT B, ALPHA ISOFORM (PP2A, SUBUNIT B, B-ALPHA ISOFORM) (PP2A, SUBUNIT B, B55-ALPHA ISOFORM) (PP2A, SUBUNIT B, PR55-ALPHA ISOFORM) (PP2A, SUBUNIT B, R2-ALPHA ISOFORM). [SWISSPROT;Acc:Q0"	0.0948257	0.270031751	0.351165
614	DJ947L8.1.1 (NOVEL CUB AND SUSHI (SCR REPEAT) DOMAIN PROTEIN) (FRAGMENT). [SPTREMBL;Acc:Q9H4V7]	0.090945	0.26884454	0.338281
626		0.0869771	0.268259065	0.324228
633	F-ACTIN CAPPING PROTEIN ALPHA-2 SUBUNIT (CAPZ ALPHA-2). [SWISSPROT;Acc:P47755]	0.121841	0.268258207	0.454193
644		0.0415188	0.268129626	0.154846
647	RAN-BINDING PROTEIN 2-LIKE 1 ISOFORM 2; SPERM MEMBRANE PROTEIN BS-63; RAN-BINDING PROTEIN 2-LIKE 1. [RefSeq;Acc:NM_032260]	0.39546	0.268041237	1.47537
648		0.365822	0.268001465	1.365
654	CYSTEINE-RICH PROTEIN 1 (CYSTEINE-RICH INTESTINAL PROTEIN) (CRIP) (CYSTEINE-RICH HEART PROTEIN) (HCRHP). [SWISSPROT;Acc:P50238]	0.113218	0.267626375	0.423045
658	U2 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN AUXILIARY FACTOR 35 KDA SUBUNIT RELATED-PROTEIN 1. [SWISSPROT;Acc:Q15695]	0.20255	0.267251969	0.757899
659	SECRETED MODULAR CALCIUM-BINDING PROTEIN 1. [RefSeq;Acc:NM_022137]	0.0285187	0.267114063	0.106766
672		0.0436424	0.266704148	0.163636
680	MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 5 (EC 2.7.1.-) (MAPK/ERK KINASE KINASE 5) (MEK KINASE 5) (MEKK 5) (APOPTOSIS SIGNAL- REGULATING KINASE 1) (ASK-1). [SWISSPROT;Acc:Q99683]	0.166963	0.265644266	0.628521
688	SIGNAL-INDUCED PROLIFERATION-ASSOCIATED 1-LIKE 1. [RefSeq;Acc:NM_015556]	0.0671866	0.265643682	0.25292
698	15 KDA SELENOPROTEIN PRECURSOR. [SWISSPROT;Acc:O60613]	0.0424293	0.265486775	0.159817
703	WISKOTT-ALDRICH SYNDROME PROTEIN FAMILY MEMBER 2 (WASP-FAMILY PROTEIN MEMBER 2) (VERPROLIN HOMOLOGY DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2). [SWISSPROT;Acc:Q9Y6W5]	0.1433	0.26514745	0.540454
712	HISTONE DEACETYLASE 2 (HD2). [SWISSPROT;Acc:Q92769]	0.52666	0.264886206	1.98825
713	DJ153G14.2 (POSSIBLE CA BINDING PROTEIN SIMILAR TO NEFA) (FRAGMENT). [SPTREMBL;Acc:Q9UJN8]	0.0697761	0.264880326	0.263425
721	DJ470L14.3 (NOVEL PROTEIN SIMILAR TO THE ARP2/3 PROTEIN COMPLEX SUBUNIT P21-ARC (ARC21)). [SPTREMBL;Acc:Q9H5B6]	0.381101	0.264677367	1.43987
745	BA508N22.1 (HSPC025) (FRAGMENT). [SPTREMBL;Acc:Q9HCW5]	0.0296502	0.26449777	0.1121
752	LIPOPOLYSACCHARIDE-RESPONSIVE AND BEIGE-LIKE ANCHOR PROTEIN (CDC4-LIKE PROTEIN) (BEIGE-LIKE PROTEIN). [SWISSPROT;Acc:P50851]	0.0321572	0.264496336	0.121579
768	DPY-30-LIKE PROTEIN. [SWISSPROT;Acc:Q9C005]	0.3486	0.263639526	1.32226
772	CASEIN KINASE II BETA CHAIN (CK II) (PHOSVITIN) (G5A). [SWISSPROT;Acc:P13862]	0.492676	0.263275852	1.87133
773	"SIRTUIN 7; SIR2-RELATED PROTEIN TYPE 7; SIRTUIN TYPE 7; SIRTUIN (SILENT MATING TYPE INFORMATION REGULATION 2, S.CEREVISIAE, HOMOLOG) 7; SILENT MATING TYPE INFORMATION REGULATION 2, S.CEREVISIAE, HOMOLOG 7; SIRTUIN SILENT MATING TYPE INFORMATION REGULATION"	0.0367538	0.263275598	0.139602
777	HUNTINGTIN-ASSOCIATED PROTEIN-INTERACTING PROTEIN (DUO PROTEIN). [SWISSPROT;Acc:O60229]	0.0568574	0.263226266	0.216002
784		0.0378601	0.26256363	0.144194
787	CBF1 INTERACTING COREPRESSOR. [RefSeq;Acc:NM_004882]	0.363013	0.262184649	1.38457
810		0.117829	0.261549868	0.450503
811	BRAIN PROTEIN 16. [RefSeq;Acc:NM_016458]	0.0310375	0.261549028	0.118668
813	DEAD-BOX PROTEIN ABSTRAKT HOMOLOG. [SWISSPROT;Acc:Q9UJV9]	0.0406169	0.261359922	0.155406
820	"MYOSIN LIGHT CHAIN 1, EMBRYONIC MUSCLE/ATRIAL ISOFORM (PRO1957). [SWISSPROT;Acc:P12829]"	0.0259096	0.261326421	0.0991465
827	PUTATIVE ANKYRIN-REPEAT CONTAINING PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_025185]	0.0298281	0.261276421	0.114163
829	PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE (EC 2.4.2.1) (INOSINE PHOSPHORYLASE) (PNP). [SWISSPROT;Acc:P00491]	0.253043	0.261099755	0.969143
847		0.0410035	0.260622644	0.157329
852	KINESIN-LIKE PROTEIN KIF13B (KINESIN-LIKE PROTEIN GAKIN). [SWISSPROT;Acc:Q9NQT8]	0.0651843	0.260535025	0.250194
878	PUTATIVE PRE-MRNA SPLICING FACTOR RNA HELICASE (ATP-DEPENDENT RNA HELICASE #3) (DEAH-BOX PROTEIN 16). [SWISSPROT;Acc:O60231]	0.039713	0.260106104	0.15268
909	NEUROTRIMIN PRECURSOR (HNT). [SWISSPROT;Acc:Q9P121]	0.159907	0.258219799	0.619267
924	FATTY ACID DESATURASE 1; LINOLEOYL-COA DESATURASE (DELTA-6-DESATURASE)-LIKE 1; DELTA-5 DESATURASE; DELTA-5 FATTY ACID DESATURASE. [RefSeq;Acc:NM_013402]	0.0378274	0.257679837	0.1468
936	RHO INTERACTING PROTEIN 3. [RefSeq;Acc:NM_015134]	0.0739754	0.256707499	0.28817
960	"ACYL-COA DEHYDROGENASE, SHORT/BRANCHED CHAIN SPECIFIC, MITOCHONDRIAL PRECURSOR (EC 1.3.99.-) (SBCAD) (2-METHYL BRANCHED CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE) (2-MEBCAD) (2-METHYLBUTYRYL-COENZYME A DEHYDROGENASE) (2-METHYLBUTYRYL-COA DEHYDROGENASE). [SWISSP"	0.0614814	0.256126611	0.240043
980		0.32192	0.255279331	1.26105
985	CYTOKINE-LIKE NUCLEAR FACTOR N-PAC. [RefSeq;Acc:NM_032569]	0.11603	0.255168577	0.454719

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the bloody hugo identifier as demanded by the BMC Bioinformatics idiots

- http://analysis.yellowcouch.org/