Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

MK5 Proteome Network Type I Analysis

Type 1 network in which we propagated the absolute log regulation ratio abs(log(r/g)). We used the filtered lowest boundary of the confidence interval for the microarray measurement based and used the high confidence interaction map. Because type-I networks tend to favour highly connected proteins we tested a normalisation scheme in which we would run the network once with real values (the measured column) and once with simulated values where each measured point is set to 1 instead of the actual signal (the expected column). Afterwards we divided the measured value by the expected value. This normalisation scheme works to a certain extend but will lead to a variance that is directly related to the connectivity of each protein. In the end we dropped the use of Type-I networks due to the many technical problems they pose.

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VALUE = ""

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Gene Rank expected description measured final Hugo

Results: HTML CSV LaTeX

Showing element 302 to 350 of 350 in total

Hugo

: no value

Rank	expected	description	measured	final
2723	0.1519		0.0313747	0.206548387
2725	0.525053		0.10808	0.205845886
2767	1.60341	HELICASE (FRAGMENT). [SPTREMBL;Acc:Q92771]	0.324046	0.202098029
2768	0.282946	ZINC FINGER PROTEIN 277. [SWISSPROT;Acc:Q9NRM2]	0.0570468	0.20161727
2769	0.241353	SIMILAR TO ZINC FINGER PROTEIN 277. [SPTREMBL;Acc:Q8WWA6]	0.0486609	0.201617133
2773	0.100647	DJ570F3.6 (NOVEL PROTEIN SIMILAR TO LYSOPHOSPHOLIPASE II (LYPLA2)). [SPTREMBL;Acc:Q9UGE0]	0.0202703	0.201399942
2799	0.287777	"ATAXIN 2; OLIVOPONTOCEREBELLAR ATAXIA 2, AUTOSOMAL DOMINANT. [RefSeq;Acc:NM_002973]"	0.0572133	0.198811232
2807	0.514373		0.101691	0.197698946
2827	0.833576	ZINC FINGER IMPRINTED 2. [SWISSPROT;Acc:Q9NZV7]	0.161283	0.193483258
2835	0.223379	"SUCCINATE DEHYDROGENASE [UBIQUINONE] CYTOCHROME B SMALL SUBUNIT, MITOCHONDRIAL PRECURSOR (CYBS) (SUCCINATE-UBIQUINONE REDUCTASE MEMBRANE ANCHOR SUBUNIT) (QPS2) (CII-4) (SUCCINATE DEHYDROGENASE COMPLEX SUBUNIT D) (SUCCINATE-UBIQUINONE OXIDOREDUCTASE CYTOCH"	0.0431276	0.193069178
2852	4.39067	SMALL GLUTAMINE RICH PROTEIN WITH TETRATRICOPEPTIDE REPEATS 2. [RefSeq;Acc:NM_019072]	0.839834	0.191276958
2859	1.30479	1-ACYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE ACYLTRANSFERASE ALPHA (EC 2.3.1.51) (1- AGP ACYLTRANSFERASE 1) (1-AGPAT 1) (LYSOPHOSPHATIDIC ACID ACYLTRANSFERASE-ALPHA) (LPAAT-ALPHA) (1-ACYLGLYCEROL-3-PHOSPHATE O- ACYLTRANSFERASE 1) (G15 PROTEIN). [SWISSPROT;Acc:Q9	0.246538	0.188948413
2862	0.196899	CGI-142; HEPATOMA-DERIVED GROWTH FACTOR 2. [RefSeq;Acc:NM_016073]	0.0372023	0.188941031
2866	0.165297	HEPATOMA-DERIVED GROWTH FACTOR-RELATED PROTEIN 2. [RefSeq;Acc:NM_032631]	0.0312313	0.188940513
2872	0.196598		0.0371369	0.188897649
2878	0.546053	RET FINGER PROTEIN 2 (LEUKEMIA ASSOCIATED PROTEIN 5) (B-CELL CHRONIC LYMPHOCYTIC LEUKEMIA TUMOR SUPPRESSOR LEU5) (PUTATIVE TUMOR SUPPRESSOR RFP2) (TRIPARTITE MOTIF PROTEIN 13). [SWISSPROT;Acc:O60858]	0.101998	0.186791392
2881	0.278146	ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 3 BETA 2 SUBUNIT (BETA-ADAPTIN 3B) (AP-3 COMPLEX BETA-3B SUBUNIT) (BETA-3B-ADAPTIN) (NEURON-SPECIFIC VESICLE COAT PROTEIN BETA-NAP). [SWISSPROT;Acc:Q13367]	0.0513128	0.184481531
2892	0.850269	UBIQUITIN ACTIVATING ENZYME E1-LIKE PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_006395]	0.151451	0.178121277
2902	0.999179	TYROSINE AMINOTRANSFERASE (EC 2.6.1.5) (L-TYROSINE:2-OXOGLUTARATE AMINOTRANSFERASE) (TAT). [SWISSPROT;Acc:P17735]	0.174557	0.174700429
2903	0.997527	60S RIBOSOMAL PROTEIN L22 (EPSTEIN-BARR VIRUS SMALL RNA ASSOCIATED PROTEIN) (EBER ASSOCIATED PROTEIN) (EAP) (HEPARIN BINDING PROTEIN HBP15). [SWISSPROT;Acc:P35268]	0.173712	0.174142655
2920	0.750535	UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-17 KDA 3 (EC 6.3.2.19) (UBIQUITIN- PROTEIN LIGASE) (UBIQUITIN CARRIER PROTEIN) (E2(17)KB 3). [SWISSPROT;Acc:P47986]	0.126707	0.16882224
2921	1.80704	PNAS-18. [SPTREMBL;Acc:Q9BZU3]	0.304269	0.168379781
2923	2.16723	CYCLIN-DEPENDENT KINASES REGULATORY SUBUNIT 1 (CKS-1) (SID1334) (PNAS-16 / PNAS-143). [SWISSPROT;Acc:P33551]	0.363846	0.167885273
2960	0.510598	RAL GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION STIMULATOR-LIKE 2 (RALGDS-LIKE FACTOR) (RAS-ASSOCIATED PROTEIN RAB2L). [SWISSPROT;Acc:O15211]	0.0746316	0.146165085
2962	1.48707	TRANSFORMING PROTEIN N-RAS. [SWISSPROT;Acc:P01111]	0.217355	0.146163261
2976	0.223469	HOMEOBOX PROTEIN HOX-C4 (HOX-3E) (CP19). [SWISSPROT;Acc:P09017]	0.0311872	0.139559402
2978	0.221164	HOMEOBOX PROTEIN HOX-C6 (HOX-3C) (HHO.C8) (CP25). [SWISSPROT;Acc:P09630]	0.0308655	0.139559332
2983	0.222701	HOMEOBOX PROTEIN HOX-A4 (HOX-1D) (HOX-1.4). [SWISSPROT;Acc:Q00056]	0.0310799	0.13955887
3001	0.392576	GABA-A RECEPTOR-ASSOCIATED PROTEIN. [SPTREMBL;Acc:Q9BY60]	0.0506272	0.128961526
3004	0.352603	ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE. [RefSeq;Acc:NM_022759]	0.0444453	0.126049126
3024	0.209553	SYNBINDIN (TRS23 HOMOLOG) (HEMATOPOIETIC STEM/PROGENITOR CELL PROTEIN 172) (HSPC172) (PTD009) (CGI-104). [SWISSPROT;Acc:Q9Y296]	0.0250043	0.119322081
3034	1.27404	TFIIH BASAL TRANSCRIPTION FACTOR COMPLEX P44 SUBUNIT (BASIC TRANSCRIPTION FACTOR 2 44 KDA SUBUNIT) (BTF2-P44) (GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIH POLYPEPTIDE 2). [SWISSPROT;Acc:Q13888]	0.146213	0.114763273
3042	0.366305	GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(I)/G(S)/G(O) GAMMA-7 SUBUNIT. [SWISSPROT;Acc:O60262]	0.0391008	0.106743834
3049	0.293231	GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(I)/G(S)/G(O) GAMMA-5 LIKE SUBUNIT. [SWISSPROT;Acc:Q9Y3K8]	0.0312821	0.10668074
3069	0.517345		0.0533885	0.103197093
3090	0.498014	METHYLTRANSFERASE LIKE 2. [RefSeq;Acc:NM_018396]	0.048624	0.097635809
3109	1.26306	"MANNOSYL-OLIGOSACCHARIDE 1,2-ALPHA-MANNOSIDASE IB (EC 3.2.1.113) (PROCESSING ALPHA-1,2-MANNOSIDASE IB) (ALPHA-1,2-MANNOSIDASE IB) (MANNOSIDASE ALPHA CLASS 1A MEMBER 2). [SWISSPROT;Acc:O60476]"	0.116081	0.091904581
3123	0.874459	NUCLEAR DNA-BINDING PROTEIN; SMALL UNIQUE NUCLEAR RECEPTOR COREPRESSOR; C1D DNA-BINDING PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_006333]	0.0678638	0.077606612
3131	2.39209	"MYOSIN VA (MYOSIN 5A) (DILUTE MYOSIN HEAVY CHAIN, NON-MUSCLE) (MYOSIN HEAVY CHAIN 12) (MYOXIN). [SWISSPROT;Acc:Q9Y4I1]"	0.163856	0.068499095
3138	1.02411	HEPATOCELLULAR CARCINOMA-ASSOCIATED PROTEIN HCA1. [RefSeq;Acc:NM_020932]	0.0669581	0.065381746
3147	0.99133	MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 1 (MAGE-1 ANTIGEN) (ANTIGEN MZ2-E). [SWISSPROT;Acc:P43355]	0.0648148	0.065381659
3148	0.988493	MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 3 (MAGE-3 ANTIGEN) (ANTIGEN MZ2-D). [SWISSPROT;Acc:P43357]	0.0646293	0.065381647
3149	0.996058	MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 4 (MAGE-4 ANTIGEN) (MAGE-X2) (MAGE-41). [SWISSPROT;Acc:P43358]	0.0651239	0.065381634
3163	1.26168	"MYOSIN HEAVY CHAIN, CARDIAC MUSCLE BETA ISOFORM (MYHC-BETA). [SWISSPROT;Acc:P12883]"	0.0816437	0.064710307
3166	1.26263	"MYOSIN HEAVY CHAIN, CARDIAC MUSCLE ALPHA ISOFORM (MYHC-ALPHA). [SWISSPROT;Acc:P13533]"	0.081705	0.064710168
3169	0.619812	RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE-LIKE 1. [RefSeq;Acc:NM_031464]	0.038917	0.062788394
3187	0.772261	"PROTEIN PHOSPHATASE 1, REGULATORY (INHIBITOR) SUBUNIT 14C; SEROLOGICALLY DEFINED BREAST CANCER ANTIGEN NY-BR-81; PKC-POTENTIATED PP1 INHIBITORY PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_030949]"	0.028817	0.037315105
3204	0.81025	ATLASTIN; GUANYLATE-BINDING PROTEIN 3. [RefSeq;Acc:NM_015915]	0.000178236	0.000219977
3206	0.7865		0.000173011	0.000219976

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the bloody hugo identifier as demanded by the BMC Bioinformatics idiots

- http://analysis.yellowcouch.org/