Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

MK5 Proteome Network Type I Analysis

Type 1 network in which we propagated the absolute log regulation ratio abs(log(r/g)). We used the filtered lowest boundary of the confidence interval for the microarray measurement based and used the high confidence interaction map. Because type-I networks tend to favour highly connected proteins we tested a normalisation scheme in which we would run the network once with real values (the measured column) and once with simulated values where each measured point is set to 1 instead of the actual signal (the expected column). Afterwards we divided the measured value by the expected value. This normalisation scheme works to a certain extend but will lead to a variance that is directly related to the connectivity of each protein. In the end we dropped the use of Type-I networks due to the many technical problems they pose.

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Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].

Rank Gene description measured expected final Hugo

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1061	PRE-B-CELL LEUKEMIA TRANSCRIPTION FACTOR-2 (HOMEOBOX PROTEIN PBX2) (G17 PROTEIN). [SWISSPROT;Acc:P40425]	0.294647	1.16629	0.252636137
1075	TAX INTERACTION PROTEIN 1. [RefSeq;Acc:NM_014604]	0.281064	1.11415	0.252267648
1099	PHOSPHOGLYCERATE MUTASE 1 (EC 5.4.2.1) (EC 5.4.2.4) (EC 3.1.3.13) (PHOSPHOGLYCERATE MUTASE ISOZYME B) (PGAM-B) (BPG-DEPENDENT PGAM 1). [SWISSPROT;Acc:P18669]	0.0322794	0.128445	0.251309121
1136	PHOSPHOLIPID SCRAMBLASE 3 (PL SCRAMBLASE 3) (CA(2+)-DEPENDENT PHOSPHOLIPID SCRAMBLASE 3). [SWISSPROT;Acc:Q9NRY6]	0.199227	0.79556	0.250423601
1151	SPROUTY HOMOLOG 4 (SPRY-4). [SWISSPROT;Acc:Q9C004]	0.0568291	0.227574	0.249717015
1161	ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 1 SIGMA 1B SUBUNIT (SIGMA-ADAPTIN 1B) (ADAPTOR PROTEIN COMPLEX AP-1 SIGMA-1B SUBUNIT) (GOLGI ADAPTOR HA1/AP1 ADAPTIN SIGMA-1B SUBUNIT) (CLATHRIN ASSEMBLY PROTEIN COMPLEX 1 SIGMA- 1B SMALL CHAIN) (SIGMA 1B SUBUNIT OF AP-1 CL	0.127791	0.512059	0.249563039
1165	"SH2 DOMAIN BINDING PROTEIN 1; TPR-CONTAINING, SH2-BINDING PHOSPHOPROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_014633]"	0.144652	0.579965	0.249415051
1194	PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE 8 PRECURSOR (EC 3.4.25.1) (PROTEASOME COMPONENT C13) (MACROPAIN SUBUNIT C13) (MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C13). [SWISSPROT;Acc:P28062]	0.676836	2.7231	0.248553487
1196	DIHYDROPYRIMIDINE DEHYDROGENASE [NADP+] PRECURSOR (EC 1.3.1.2) (DPD) (DHPDHASE) (DIHYDROURACIL DEHYDROGENASE) (DIHYDROTHYMINE DEHYDROGENASE). [SWISSPROT;Acc:Q12882]	0.147283	0.5927	0.248495023
1207		0.110079	0.443579	0.248160981
1213	DYSTROPHIN. [SWISSPROT;Acc:P11532]	0.0802494	0.323509	0.24805925
1250	BLOCK 23. [SPTREMBL;Acc:Q8NHW5]	0.11539	0.46643	0.247389748
1251	"SIMILAR TO RIBOSOMAL PROTEIN, LARGE, P0. [SPTREMBL;Acc:Q96FQ9]"	0.100674	0.406955	0.247383617
1253	IMPORTIN 4. [RefSeq;Acc:NM_024658]	0.572386	2.31408	0.247349271
1260	ISCHEMIA/REPERFUSION INDUCIBLE PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_024640]	0.0999509	0.404396	0.247160951
1261		0.12467	0.504447	0.24714192
1264	LAMIN B2. [SWISSPROT;Acc:Q03252]	0.481793	1.95026	0.247040395
1271		0.264834	1.07406	0.246572817
1273	KAPPA B-RAS 1. [RefSeq;Acc:NM_020345]	0.0384625	0.155989	0.246571874
1275	PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE 9 PRECURSOR (EC 3.4.25.1) (PROTEASOME CHAIN 7) (MACROPAIN CHAIN 7) (MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX CHAIN 7) (RING12 PROTEIN) (LOW MOLECULAR MASS PROTEIN 2). [SWISSPROT;Acc:P28065]	0.122196	0.495798	0.246463277
1287	GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN-LIKE 1 (GTP-BINDING PROTEIN HSR1). [SWISSPROT;Acc:P36915]	0.129655	0.527051	0.246000861
1298		0.0760628	0.309407	0.245834128
1316	TGF BETA-INDUCIBLE NUCLEAR PROTEIN 1; HAIRY CELL LEUKEMIA PROTEIN 1. [RefSeq;Acc:NM_014886]	0.448528	1.82552	0.24569876
1322	60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P1. [SWISSPROT;Acc:P05386]	0.310893	1.26602	0.245567211
1328	NIF3-LIKE PROTEIN 1 (AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS 2 CHROMOSOMAL REGION CANDIDATE GENE PROTEIN 1) (MY018 PROTEIN) (MDS015). [SWISSPROT;Acc:Q9GZT8]	0.166892	0.679841	0.245486812
1362		0.596229	2.43411	0.244947435
1365	HISTONE H2B.D (H2B/D). [SWISSPROT;Acc:Q99877]	0.0957148	0.390892	0.24486252
1367	HISTONE H2B.E (H2B/E). [SWISSPROT;Acc:Q99879]	0.0942586	0.384945	0.244862513
1368	HISTONE H3.1 (H3/A) (H3/C) (H3/D) (H3/F) (H3/H) (H3/I) (H3/J) (H3/K) (H3/L). [SWISSPROT;Acc:P16106]	0.157068	0.641454	0.244862453
1370	HISTONE H2B.S (H2B/S). [SWISSPROT;Acc:P57053]	0.0946163	0.386406	0.244862399
1371	HISTONE H2B. [RefSeq;Acc:NM_175055]	0.0943097	0.385154	0.244862315
1386	BA271B5.1 (SIMILAR TO RIBOSOMAL PROTEIN S7). [SPTREMBL;Acc:Q9H1S9]	0.037776	0.154523	0.244468461
1390		0.410655	1.68007	0.244427316
1423	NUCLEAR RECEPTOR CO-REPRESSOR/HDAC3 COMPLEX SUBUNIT TBLR1 (TBL1- RELATED PROTEIN 1). [SWISSPROT;Acc:Q9BZK7]	0.031639	0.129724	0.24389473
1431	ENTHOPROTIN; EPSIN 4; CLATHRIN INTERACTING PROTEIN LOCALIZED IN THE TRANS-GOLGI REGION. [RefSeq;Acc:NM_014666]	0.086609	0.355321	0.24374861
1433	RNA HELICASE-RELATED PROTEIN; RNA HELICASE-LIKE PROTEIN; SF3B125 DEAD-BOX PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_007372]	0.038631	0.158546	0.243657992
1448	BASIC PROLINE-RICH PEPTIDE P-E (IB-9). [SWISSPROT;Acc:P02811]	0.0700456	0.287741	0.243432809
1472	TRANSCRIPTION FACTOR-LIKE PROTEIN MORF4 (MORTALITY FACTOR 4) (CELLULAR SENESCENCE-RELATED PROTEIN 1) (SEN1). [SWISSPROT;Acc:Q9Y690]	0.217383	0.894645	0.242982412
1473	SURVIVAL MOTOR NEURON PROTEIN (COMPONENT OF GEMS 1) (GEMIN1). [SWISSPROT;Acc:Q16637]	0.270547	1.11347	0.242976461
1475	RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 (P21-RAC1) (RAS-LIKE PROTEIN TC25). [SWISSPROT;Acc:P15154]	0.0733796	0.302004	0.24297559
1481		0.0308447	0.126946	0.242974966
1487	U6 SNRNA-ASSOCIATED SM-LIKE PROTEIN LSM2 (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEAR PROTEIN D HOMOLOG) (G7B) (SNRNP CORE SM-LIKE PROTEIN SM-X5). [SWISSPROT;Acc:Q9Y333]	0.390142	1.60666	0.242827979
1495	IMPORTIN 7; RAN-BINDING PROTEIN 7. [RefSeq;Acc:NM_006391]	0.036822	0.15167	0.242777082
1504	GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN BETA SUBUNIT-LIKE PROTEIN 12.3 (P205) (RECEPTOR OF ACTIVATED PROTEIN KINASE C 1) (RACK1) (RECEPTOR FOR ACTIVATED C KINASE). [SWISSPROT;Acc:P25388]	0.112103	0.461933	0.24268238
1539	HISTONE H3.3 (H3.A) (H3.B) (H3.3Q). [SWISSPROT;Acc:P06351]	0.21933	0.906671	0.241906932
1540	DJ1099D15.1 (PUTATIVE DNAJ PROTEIN). [SPTREMBL;Acc:Q9H4J9]	0.0214576	0.0887019	0.241906881
1550	ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 7 (ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN LAK). [SWISSPROT;Acc:P56559]	0.0364961	0.150941	0.241790501
1556		0.184977	0.766628	0.241286517
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1567	NEFA-INTERACTING NUCLEAR PROTEIN NIP30. [RefSeq;Acc:NM_024946]	0.0394801	0.163824	0.240990941

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the bloody hugo identifier as demanded by the BMC Bioinformatics idiots

- http://analysis.yellowcouch.org/