Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

MK5 Proteome Network Type I Analysis

Type 1 network in which we propagated the absolute log regulation ratio abs(log(r/g)). We used the filtered lowest boundary of the confidence interval for the microarray measurement based and used the high confidence interaction map. Because type-I networks tend to favour highly connected proteins we tested a normalisation scheme in which we would run the network once with real values (the measured column) and once with simulated values where each measured point is set to 1 instead of the actual signal (the expected column). Afterwards we divided the measured value by the expected value. This normalisation scheme works to a certain extend but will lead to a variance that is directly related to the connectivity of each protein. In the end we dropped the use of Type-I networks due to the many technical problems they pose.

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Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].

Rank Gene description measured expected final Hugo

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2366	PEPSIN A PRECURSOR (EC 3.4.23.1). [SWISSPROT;Acc:P00790]	0.0604093	0.274218	0.220296625
2372	RIBULOSE-5-PHOSPHATE-3-EPIMERASE; RIBULOSE 5-PHOSPHATE 3-EPIMERASE. [RefSeq;Acc:NM_006916]	0.327497	1.48829	0.220049184
2375	THIAMIN PYROPHOSPHOKINASE 1; MOUSE THIAMIN PYROPHOSPHOKINASE HOMOLOG; THIAMINE PYROPHOSPHOKINASE. [RefSeq;Acc:NM_022445]	0.0258973	0.117689	0.220048603
2394	"BLOOM'S SYNDROME PROTEIN (EC 3.6.1.-) (RECQ PROTEIN-LIKE 3) (DNA HELICASE, RECQ-LIKE, TYPE 2). [SWISSPROT;Acc:P54132]"	0.106596	0.485769	0.219437634
2401	WILLIAMS-BEUREN SYNDROME CRITICAL REGION PROTEIN 20 COPY B. [RefSeq;Acc:NM_145645]	0.0801834	0.366045	0.219053395
2404	REPRESSOR OF ESTROGEN RECEPTOR ACTIVITY; B-CELL ASSOCIATED PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_007273]	0.26817	1.22481	0.218948245
2409		0.112482	0.514239	0.218734868
2413		0.030828500000000002	0.141189	0.218349163
2423	TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR A PROTEIN 1 (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR S-II PROTEIN 1) (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR TFIIS.O). [SWISSPROT;Acc:P23193]	0.0637011	0.29203	0.218132041
2435	MICROSOMAL SIGNAL PEPTIDASE 18 KDA SUBUNIT (EC 3.4.-.-) (SPASE 18 KDA SUBUNIT) (SPC18) (ENDOPEPTIDASE SP18). [SWISSPROT;Acc:P21378]	0.157677	0.725721	0.217269447
2441	MYO-INOSITOL 1-PHOSPHATE SYNTHASE A1. [RefSeq;Acc:NM_016368]	0.0388043	0.178742	0.217096709
2443	ARSENICAL PUMP-DRIVING ATPASE (EC 3.6.3.16) (ARSENITE-TRANSLOCATING ATPASE) (ARSENICAL RESISTANCE ATPASE) (ARSENITE-TRANSPORTING ATPASE) (ARSA) (ASNA-I). [SWISSPROT;Acc:O43681]	0.539817	2.48653	0.217096516
2446	LARGE PROLINE-RICH PROTEIN BAT3 (HLA-B-ASSOCIATED TRANSCRIPT 3) (G3). [SWISSPROT;Acc:P46379]	0.109079	0.502445	0.217096399
2489		0.194172	0.898593	0.216084479
2492		0.239571	1.11109	0.215617997
2502	KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 9-4; KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 9.4. [RefSeq;Acc:NM_033191]	1.02862	4.7857	0.214936164
2507	ALPHA-PARVIN (CALPONIN-LIKE INTEGRIN-LINKED KINASE BINDING PROTEIN) (CH-ILKBP). [SWISSPROT;Acc:Q9NVD7]	0.0405241	0.188688	0.214767765
2521	KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 4-12; KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 4.12. [RefSeq;Acc:NM_031854]	0.042399	0.19742	0.214765475
2522		0.0436957	0.203458	0.21476521
2525	KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 4.9 (FRAGMENT). [SPTREMBL;Acc:Q9BYQ8]	0.0383264	0.178458	0.214764258
2526	KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 4-14; KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 4.14. [RefSeq;Acc:NM_033059]	0.0382656	0.178175	0.214764136
2528	KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 4-2; KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 4.2. [RefSeq;Acc:NM_033062]	0.0314375	0.146383	0.21476196
2529	KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 4-10; KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 4.10. [RefSeq;Acc:NM_033060]	0.0280741	0.130722	0.214761861
2530	"KERATIN, ULTRA HIGH-SULFUR MATRIX PROTEIN A (UHS KERATIN A) (UHS KERA). [SWISSPROT;Acc:P26371]"	0.0250957	0.116854	0.214761155
2531	KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 1-3; KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 1.3. [RefSeq;Acc:NM_030966]	0.0258656	0.120439	0.214760999
2532	KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 1.5. [RefSeq;Acc:NM_031957]	0.0249741	0.116288	0.214760766
2533	KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 2-4; KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 2.4. [RefSeq;Acc:NM_033184]	0.0240826	0.112137	0.214760516
2534	KERATIN ASSOCIATED PROTEIN 4.3 (FRAGMENT). [SPTREMBL;Acc:Q9BYR4]	0.0260682	0.121383	0.214759892
2541		0.0217565	0.101375	0.214614057
2552	"DNA TOPOISOMERASE II, ALPHA ISOZYME (EC 5.99.1.3). [SWISSPROT;Acc:P11388]"	0.286606	1.33628	0.214480498
2553		0.0511995	0.238723	0.214472422
2555	METABOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR 3 PRECURSOR (MGLUR3). [SWISSPROT;Acc:Q14832]	0.0333153	0.155451	0.214313835
2565	TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 4 (MY044 PROTEIN). [SWISSPROT;Acc:O95801]	0.061947	0.290115	0.213525671
2566	3-HYDROXYISOBUTYRYL-COENZYME A HYDROLASE. [RefSeq;Acc:NM_014362]	0.512064	2.39827	0.213513908
2574		0.0577101	0.270506	0.213341294
2580	BLOOD GROUP RH(CE) POLYPEPTIDE (RHESUS C/E ANTIGENS) (RH30A) (RHIXB) (RH POLYPEPTIDE 1) (RHPI). [SWISSPROT;Acc:P18577]	0.0564693	0.264963	0.213121455
2582		0.0561617	0.26352	0.213121205
2590	DC11 PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_020186]	0.0255653	0.120086	0.212891594
2592	HEPATITIS C VIRUS CORE-BINDING PROTEIN 6; CERVICAL CANCER ONCOGENE 3. [RefSeq;Acc:NM_023934]	0.0255653	0.120086	0.212891594
2619	ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS III CHI CHAIN (EC 1.1.1.1) (GLUTATHIONE- DEPENDENT FORMALDEHYDE DEHYDROGENASE) (EC 1.2.1.1) (FDH). [SWISSPROT;Acc:P11766]	0.478004	2.27081	0.210499337
2666	NEURAL CELL ADHESION MOLECULE L1 PRECURSOR (N-CAM L1) (CD171 ANTIGEN). [SWISSPROT;Acc:P32004]	0.02527	0.120774	0.209233775
2670	TRANSCRIPTION FACTOR MAFG (V-MAF MUSCULOAPONEUROTIC FIBROSARCOMA ONCOGENE HOMOLOG G) (HMAF). [SWISSPROT;Acc:O15525]	0.0798317	0.381544	0.209233273
2672	TRANSCRIPTION FACTOR MAFK (ERYTHROID TRANSCRIPTION FACTOR NF-E2 P18 SUBUNIT). [SWISSPROT;Acc:O60675]	0.0897053	0.428734	0.209232998
2677	GALACTOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE (EC 2.7.7.12) (GAL-1-P URIDYLYLTRANSFERASE) (UDP-GLUCOSE--HEXOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE). [SWISSPROT;Acc:P07902]	0.0454701	0.217847	0.208724931
2698	ESTROGEN-RELATED RECEPTOR GAMMA (ESTROGEN RECEPTOR RELATED PROTEIN 3) (ERR GAMMA-2). [SWISSPROT;Acc:O75454]	0.151787	0.730409	0.207810966
2707		0.542979	2.61855	0.207358653
2716		0.411399	1.98421	0.207336421

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the bloody hugo identifier as demanded by the BMC Bioinformatics idiots

- http://analysis.yellowcouch.org/