Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

MK5 Proteome Network Type I Analysis

Type 1 network in which we propagated the absolute log regulation ratio abs(log(r/g)). We used the filtered lowest boundary of the confidence interval for the microarray measurement based and used the high confidence interaction map. Because type-I networks tend to favour highly connected proteins we tested a normalisation scheme in which we would run the network once with real values (the measured column) and once with simulated values where each measured point is set to 1 instead of the actual signal (the expected column). Afterwards we divided the measured value by the expected value. This normalisation scheme works to a certain extend but will lead to a variance that is directly related to the connectivity of each protein. In the end we dropped the use of Type-I networks due to the many technical problems they pose.

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Navigation/Query Panel:
Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].
Rank Gene description measured expected final Hugo
Unknown value id /2783/ (type=integer)
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2001 POLY (ADP-RIBOSE) GLYCOHYDROLASE. [RefSeq;Acc:NM_003631] 0.0320499 0.138898 0.230744143
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2009 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE B (EC 2.7.4.6) (NDK B) (NDP KINASE B) (NM23-H2) (C-MYC PURINE-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR PUF). [SWISSPROT;Acc:P22392] 0.533964 2.31472 0.230681897
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2014 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23 (L17). [SWISSPROT;Acc:P23131] 0.64348 2.79016 0.230624767
2016 PUTATIVE EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 1A (EIF-1A) (EIF- 4C). [SWISSPROT;Acc:O75642] 1.27676 5.53686 0.230592791
2021 "LON PROTEASE HOMOLOG, MITOCHONDRIAL PRECURSOR (EC 3.4.21.-) (LON PROTEASE-LIKE PROTEIN) (LONP) (LONHS). [SWISSPROT;Acc:P36776]" 0.0840355 0.364571 0.230505169
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2040 "40S RIBOSOMAL PROTEIN S4, X ISOFORM (SINGLE COPY ABUNDANT MRNA PROTEIN) (SCR10). [SWISSPROT;Acc:P12750]" 0.707942 3.07604 0.230147202
2074 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RECEPTOR ALPHA SUBUNIT (SR-ALPHA) (DOCKING PROTEIN ALPHA) (DP-ALPHA). [SWISSPROT;Acc:P08240] 0.411592 1.79509 0.229287668
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2079 LIM DOMAIN BINDING 1; CARBOXY TERMINAL LIM DOMAIN PROTEIN 2; LIM DOMAIN-BINDING FACTOR-1. [RefSeq;Acc:NM_003893] 0.0979801 0.427723 0.229073723
2084 40S RIBOSOMAL PROTEIN S29. [SWISSPROT;Acc:P30054] 0.477897 2.0867 0.229020463
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2115 "4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE, MITOCHONDRIAL PRECURSOR (EC 2.6.1.19) (GAMMA-AMINO-N-BUTYRATE TRANSAMINASE) (GABA TRANSAMINASE) (GABA AMINOTRANSFERASE) (GABA-AT) (GABA-T). [SWISSPROT;Acc:P80404]" 0.16968 0.743642 0.22817431
2117 HYDROXYINDOLE O-METHYLTRANSFERASE (EC 2.1.1.4) (HIOMT) (ACETYLSEROTONIN O-METHYLTRANSFERASE) (ASMT). [SWISSPROT;Acc:P46597] 0.253802 1.11232 0.228173547
2119 "PEROXISOMAL 3,2-TRANS-ENOYL-COA ISOMERASE (EC 5.3.3.8) (DODECENOYL-COA DELTA-ISOMERASE) (D3,D2-ENOYL-COA ISOMERASE) (DBI-RELATED PROTEIN 1) (DRS-1) (HEPATOCELLULAR CARCINOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 88). [SWISSPROT;Acc:O75521]" 0.745512 3.26763 0.228150678
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2151 STEROL REGULATORY ELEMENT BINDING PROTEIN-2 (SREBP-2) (STEROL REGULATORY ELEMENT-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 2). [SWISSPROT;Acc:Q12772] 0.0569865 0.250685 0.227323135
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2166 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7. [SWISSPROT;Acc:P18124] 0.30758 1.35464 0.227056635
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2208 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A. [SWISSPROT;Acc:P49241] 0.156444 0.694888 0.225135561
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2231 GLUCOSAMINE--FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE [ISOMERIZING] 1 (EC 2.6.1.16) (HEXOSEPHOSPHATE AMINOTRANSFERASE 1) (D-FRUCTOSE-6- PHOSPHATE AMIDOTRANSFERASE 1) (GFAT 1) (GFAT1). [SWISSPROT;Acc:Q06210] 0.61026 2.72155 0.224232515
2233 "CASEIN KINASE I, EPSILON ISOFORM (EC 2.7.1.-) (CKI-EPSILON) (CKIE). [SWISSPROT;Acc:P49674]" 0.273568 1.22019 0.224201149
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2242 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I 16 KDA POLYPEPTIDE (EC 2.7.7.6) (RPA16). [SWISSPROT;Acc:Q9Y2S0] 0.289213 1.29241 0.223778058
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2271 GLYCEROL KINASE (EC 2.7.1.30) (ATP:GLYCEROL 3-PHOSPHOTRANSFERASE) (GLYCEROKINASE) (GK). [SWISSPROT;Acc:P32189] 0.129279 0.58046 0.222718189
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2275 0.294007 1.32025 0.2226904
2302 DNA DIRECTED RNA POLYMERASE II POLYPEPTIDE J-RELATED GENE ISOFORM 3; RPB11B1ALPHA PROTEIN; RPB11B1BETA; DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT 11. [RefSeq;Acc:NM_032959] 0.231616 1.04193 0.222295164
2303 DNA DIRECTED RNA POLYMERASE II POLYPEPTIDE J-RELATED GENE ISOFORM 1; RPB11B1ALPHA PROTEIN; RPB11B1BETA; DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT 11. [RefSeq;Acc:NM_145325] 0.232938 1.0479 0.222290295
2306 0.25396 1.14298 0.222191114
2308 DJ718P11.1.2 (NOVEL CLASS II AMINOTRANSFERASE SIMILAR TO SERINE PALMOTYLTRANSFERASE (ISOFORM 2)) (FRAGMENT). [SPTREMBL;Acc:Q9UGB5] 0.0423362 0.19065 0.222062418
2320 MASPIN PRECURSOR (PROTEASE INHIBITOR 5). [SWISSPROT;Acc:P36952] 0.0193287 0.0871461 0.2217965
2324 CYTOPLASMIC ANTIPROTEINASE 2 (CAP2) (CAP-2) (PROTEASE INHIBITOR 8) (SERPIN B8). [SWISSPROT;Acc:P50452] 0.0199772 0.0900703 0.221795642
2325 40S RIBOSOMAL PROTEIN SA (P40) (34/67 KDA LAMININ RECEPTOR) (COLON CARCINOMA LAMININ-BINDING PROTEIN) (NEM/1CHD4) (MULTIDRUG RESISTANCE- ASSOCIATED PROTEIN MGR1-AG). [SWISSPROT;Acc:P08865] 0.410038 1.84872 0.221795621

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the bloody hugo identifier as demanded by the BMC Bioinformatics idiots
- http://analysis.yellowcouch.org/