Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

MK5 Proteome Network Type I Analysis

Type 1 network in which we propagated the absolute log regulation ratio abs(log(r/g)). We used the filtered lowest boundary of the confidence interval for the microarray measurement based and used the high confidence interaction map. Because type-I networks tend to favour highly connected proteins we tested a normalisation scheme in which we would run the network once with real values (the measured column) and once with simulated values where each measured point is set to 1 instead of the actual signal (the expected column). Afterwards we divided the measured value by the expected value. This normalisation scheme works to a certain extend but will lead to a variance that is directly related to the connectivity of each protein. In the end we dropped the use of Type-I networks due to the many technical problems they pose.

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Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].

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0.241353	0.0486609	2769	0.201617133	SIMILAR TO ZINC FINGER PROTEIN 277. [SPTREMBL;Acc:Q8WWA6]
0.247068	0.0571361	1953	0.231256577	60S RIBOSOMAL PROTEIN L14 (CAG-ISL 7). [SWISSPROT;Acc:P50914]
0.247338	0.0580492	1800	0.234695841
0.250194	0.0651843	852	0.260535025	KINESIN-LIKE PROTEIN KIF13B (KINESIN-LIKE PROTEIN GAKIN). [SWISSPROT;Acc:Q9NQT8]
0.250685	0.0569865	2151	0.227323135	STEROL REGULATORY ELEMENT BINDING PROTEIN-2 (SREBP-2) (STEROL REGULATORY ELEMENT-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 2). [SWISSPROT;Acc:Q12772]
0.25292	0.0671866	688	0.265643682	SIGNAL-INDUCED PROLIFERATION-ASSOCIATED 1-LIKE 1. [RefSeq;Acc:NM_015556]
0.254478	0.0589414	1940	0.231616878	"ISOLEUCYL-TRNA SYNTHETASE, CYTOPLASMIC (EC 6.1.1.5) (ISOLEUCINE--TRNA LIGASE) (ILERS) (IRS). [SWISSPROT;Acc:P41252]"
0.257167	0.0607427	1764	0.236199435
0.263425	0.0697761	713	0.264880326	DJ153G14.2 (POSSIBLE CA BINDING PROTEIN SIMILAR TO NEFA) (FRAGMENT). [SPTREMBL;Acc:Q9UJN8]
0.26352	0.0561617	2582	0.213121205	BLOOD GROUP RH(CE) POLYPEPTIDE (RHESUS C/E ANTIGENS) (RH30A) (RHIXB) (RH POLYPEPTIDE 1) (RHPI). [SWISSPROT;Acc:P18577]
0.264963	0.0564693	2580	0.213121455
0.270506	0.0577101	2574	0.213341294
0.271247	0.0653411	1584	0.240891512	HURPIN (HACAT UV-REPRESSIBLE SERPIN) (PROTEASE INHIBITOR 13) (HEADPIN) (SERPIN B13). [SWISSPROT;Acc:Q9UIV8]
0.274218	0.0604093	2366	0.220296625	PEPSIN A PRECURSOR (EC 3.4.23.1). [SWISSPROT;Acc:P00790]
0.277203	0.0654179	1772	0.235992756	HEAT SHOCK 70 KDA PROTEIN 1 (HSP70.1) (HSP70-1/HSP70-2). [SWISSPROT;Acc:P08107]
0.278146	0.0513128	2881	0.184481531	ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 3 BETA 2 SUBUNIT (BETA-ADAPTIN 3B) (AP-3 COMPLEX BETA-3B SUBUNIT) (BETA-3B-ADAPTIN) (NEURON-SPECIFIC VESICLE COAT PROTEIN BETA-NAP). [SWISSPROT;Acc:Q13367]
0.280704	0.0640341	2127	0.228119656	"GLYCINE DEHYDROGENASE [DECARBOXYLATING], MITOCHONDRIAL PRECURSOR (EC 1.4.4.2) (GLYCINE DECARBOXYLASE) (GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM P- PROTEIN). [SWISSPROT;Acc:P23378]"
0.282946	0.0570468	2768	0.20161727	ZINC FINGER PROTEIN 277. [SWISSPROT;Acc:Q9NRM2]
0.287741	0.0700456	1448	0.243432809	BASIC PROLINE-RICH PEPTIDE P-E (IB-9). [SWISSPROT;Acc:P02811]
0.287777	0.0572133	2799	0.198811232	"ATAXIN 2; OLIVOPONTOCEREBELLAR ATAXIA 2, AUTOSOMAL DOMINANT. [RefSeq;Acc:NM_002973]"
0.28817	0.0739754	936	0.256707499	RHO INTERACTING PROTEIN 3. [RefSeq;Acc:NM_015134]
0.290115	0.061947	2565	0.213525671	TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 4 (MY044 PROTEIN). [SWISSPROT;Acc:O95801]
0.29203	0.0637011	2423	0.218132041	TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR A PROTEIN 1 (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR S-II PROTEIN 1) (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR TFIIS.O). [SWISSPROT;Acc:P23193]
0.293231	0.0312821	3049	0.10668074	GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(I)/G(S)/G(O) GAMMA-5 LIKE SUBUNIT. [SWISSPROT;Acc:Q9Y3K8]
0.302004	0.0733796	1475	0.24297559	RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 (P21-RAC1) (RAS-LIKE PROTEIN TC25). [SWISSPROT;Acc:P15154]
0.309407	0.0760628	1298	0.245834128
0.312352	0.0753661	1557	0.241285793
0.314025	0.079717	1015	0.253855585	INTERSECTIN 2 (SH3 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1B) (SH3P18) (SH3P18-LIKE WASP ASSOCIATED PROTEIN). [SWISSPROT;Acc:Q9NZM3]
0.318777	0.0884193	425	0.277370387	DEAD (ASP-GLU-ALA-ASP) BOX POLYPEPTIDE 47; HQP0256 PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_016355]
0.323509	0.0802494	1213	0.24805925	DYSTROPHIN. [SWISSPROT;Acc:P11532]
0.324228	0.0869771	626	0.268259065
0.33698	0.141847	32	0.420935961	PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE SRC (EC 2.7.1.112) (P60-SRC) (C-SRC). [SWISSPROT;Acc:P12931]
0.338281	0.090945	614	0.26884454	DJ947L8.1.1 (NOVEL CUB AND SUSHI (SCR REPEAT) DOMAIN PROTEIN) (FRAGMENT). [SPTREMBL;Acc:Q9H4V7]
0.351165	0.0948257	582	0.270031751	"SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 2A, 55 KDA REGULATORY SUBUNIT B, ALPHA ISOFORM (PP2A, SUBUNIT B, B-ALPHA ISOFORM) (PP2A, SUBUNIT B, B55-ALPHA ISOFORM) (PP2A, SUBUNIT B, PR55-ALPHA ISOFORM) (PP2A, SUBUNIT B, R2-ALPHA ISOFORM). [SWISSPROT;Acc:Q0"
0.352603	0.0444453	3004	0.126049126	ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE. [RefSeq;Acc:NM_022759]
0.355321	0.086609	1431	0.24374861	ENTHOPROTIN; EPSIN 4; CLATHRIN INTERACTING PROTEIN LOCALIZED IN THE TRANS-GOLGI REGION. [RefSeq;Acc:NM_014666]
0.35711	0.0828779	1913	0.232079471	HISTONE H4. [SWISSPROT;Acc:P02304]
0.363797	0.0861167	1751	0.236716356	VACUOLAR ATP SYNTHASE SUBUNIT G 2 (EC 3.6.3.14) (V-ATPASE G SUBUNIT 2) (VACUOLAR PROTON PUMP G SUBUNIT 2) (V-ATPASE 13 KDA SUBUNIT 2). [SWISSPROT;Acc:O95670]
0.364571	0.0840355	2021	0.230505169	"LON PROTEASE HOMOLOG, MITOCHONDRIAL PRECURSOR (EC 3.4.21.-) (LON PROTEASE-LIKE PROTEIN) (LONP) (LONHS). [SWISSPROT;Acc:P36776]"
0.365399	0.0927584	1019	0.253855101	INTERSECTIN 1 (SH3 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1A) (SH3P17). [SWISSPROT;Acc:Q15811]
0.366045	0.0801834	2401	0.219053395	WILLIAMS-BEUREN SYNDROME CRITICAL REGION PROTEIN 20 COPY B. [RefSeq;Acc:NM_145645]
0.366305	0.0391008	3042	0.106743834	GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(I)/G(S)/G(O) GAMMA-7 SUBUNIT. [SWISSPROT;Acc:O60262]
0.381544	0.0798317	2670	0.209233273	TRANSCRIPTION FACTOR MAFG (V-MAF MUSCULOAPONEUROTIC FIBROSARCOMA ONCOGENE HOMOLOG G) (HMAF). [SWISSPROT;Acc:O15525]

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the bloody hugo identifier as demanded by the BMC Bioinformatics idiots

- http://analysis.yellowcouch.org/