Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis
These are the micro-array results of a differential gene expression
microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on
them. The up/down- regulation ratio was obtained by
measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical
information as well as the data usage policy.
MK5 Proteome Network Type I Analysis
Type 1 network in which we propagated the absolute log
regulation ratio abs(log(r/g)). We used the filtered
lowest boundary of the confidence interval for the microarray
measurement based and used the high confidence interaction map.
Because type-I networks tend to favour highly connected proteins
we tested a normalisation scheme in which we would run the network
once with real values (the measured column) and once with simulated
values where each measured point is set to 1 instead of the actual
signal (the expected column). Afterwards we divided the measured
value by the expected value. This normalisation scheme works to
a certain extend but will lead to a variance that is directly
related to the connectivity of each protein. In the end we dropped
the use of Type-I networks due to the many technical problems they
pose.
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