Scientific

MK5 Microarray Data

Affected Genes - Ontology Breakdown - Gene Enrichment - Proteome Analysis

These are the micro-array results of a differential gene expression microarray experiments and the subsequent analysis steps performed on them. The up/down- regulation ratio was obtained by measuring WT cells against MK5 activated cells. See material and methods for technical information as well as the data usage policy.

MK5 Proteome Network Type I Analysis

Type 1 network in which we propagated the absolute log regulation ratio abs(log(r/g)). We used the filtered lowest boundary of the confidence interval for the microarray measurement based and used the high confidence interaction map. Because type-I networks tend to favour highly connected proteins we tested a normalisation scheme in which we would run the network once with real values (the measured column) and once with simulated values where each measured point is set to 1 instead of the actual signal (the expected column). Afterwards we divided the measured value by the expected value. This normalisation scheme works to a certain extend but will lead to a variance that is directly related to the connectivity of each protein. In the end we dropped the use of Type-I networks due to the many technical problems they pose.

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Click on the attribute name to hide/unhide it. The green arrows can be used to shift columns left/right. Exact word match is written as =..., regular expressions can be matched with ~.... To select all values larger or equal than use >.... This would be <... for values smaller or equal than. To select all values within a specific range use [...,...].
Rank Gene description measured expected final Hugo
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Results: HTML CSV LaTeX Showing element 8 to 57 of 350 in total
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61 PUTATIVE ADENOSYLHOMOCYSTEINASE 3 (EC 3.3.1.1) (S-ADENOSYL-L- HOMOCYSTEINE HYDROLASE) (ADOHCYASE). [SWISSPROT;Acc:Q96HN2] 0.312681 0.760495 0.411154577
78 ASPARTATE BETA-HYDROXYLASE ISOFORM B; JUNCTIN ISOFORM 1; JUNCTATE; ASPARTYL/ASPARAGINYL-BETA-HYDROXYLASE; PEPTIDE-ASPARTATE BETA-DIOXYGENASE; HUMBUG. [RefSeq;Acc:NM_032468] 0.06383 0.157168 0.406125929
85 TRANSCRIPTION FACTOR DP-1 (E2F DIMERIZATION PARTNER 1) (DRTF1- POLYPEPTIDE-1) (DRTF1). [SWISSPROT;Acc:Q14186] 0.788778 2.02915 0.388723357
89 0.152828 0.396725 0.385224022
92 0.914796 2.37847 0.38461532
126 UBA/UBX 33.3 KDA PROTEIN. [SWISSPROT;Acc:Q04323] 0.375086 1.05643 0.3550505
127 ERO1-LIKE. [RefSeq;Acc:NM_014584] 0.0588477 0.165745 0.355049624
134 INTERLEUKIN-1 RECEPTOR-ASSOCIATED KINASE 4; INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ASSOCIATED KINASE 4. [RefSeq;Acc:NM_016123] 0.290469 0.826637 0.351386401
159 FORMIN BINDING PROTEIN 3; FAS-LIGAND ASSOCIATED FACTOR 1; HUNTINGTIN-INTERACTING PROTEIN A; NY-REN-6 ANTIGEN. [RefSeq;Acc:NM_017892] 0.429285 1.22508 0.350413851
160 HUNTINGTIN-INTERACTING PROTEIN HYPA/FBP11 (FRAGMENT). [SPTREMBL;Acc:O75404] 0.40616 1.16002 0.350131894
178 FILAMIN A (ALPHA-FILAMIN) (FILAMIN 1) (ENDOTHELIAL ACTIN-BINDING PROTEIN) (ABP-280) (NONMUSCLE FILAMIN). [SWISSPROT;Acc:P21333] 0.0413389 0.122543 0.337341994
180 TRINUCLEOTIDE REPEAT CONTAINING 15. [RefSeq;Acc:NM_015575] 0.0561104 0.16661 0.336776904
213 RD PROTEIN. [SWISSPROT;Acc:P18615] 0.155654 0.485577 0.320554721
230 JUN DIMERIZATION PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_130469] 0.193648 0.614336 0.315215127
247 TRANSCRIPTION FACTOR BTF3 HOMOLOG 3. [SWISSPROT;Acc:Q13892] 0.625831 2.00343 0.312379769
249 NASCENT-POLYPEPTIDE-ASSOCIATED COMPLEX ALPHA POLYPEPTIDE. [RefSeq;Acc:NM_005594] 0.804734 2.57998 0.311914821
250 ALPHA-NAC PROTEIN. [SPTREMBL;Acc:Q9H009] 0.755644 2.42272 0.311899023
251 0.743299 2.38318 0.311893772
261 APOBEC-1 COMPLEMENTATION FACTOR ISOFORM 1; APOBEC-1 STIMULATING PROTEIN; APO-B RNA EDITING PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_014576] 0.0555455 0.180015 0.308560398
262 0.0556846 0.180466 0.308560061
263 RNA-BINDING PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_019027] 0.0560669 0.181705 0.308560029
267 0.152054 0.494121 0.307726245
269 SPLICING FACTOR 3B SUBUNIT 3 (SPLICEOSOME ASSOCIATED PROTEIN 130) (SAP 130) (SF3B130) (PRE-MRNA SPLICING FACTOR SF3B 130 KDA SUBUNIT). [SWISSPROT;Acc:Q15393] 1.08194 3.53138 0.306378809
287 "FATTY ACID-BINDING PROTEIN, EPIDERMAL (E-FABP) (PSORIASIS-ASSOCIATED FATTY ACID-BINDING PROTEIN HOMOLOG) (PA-FABP). [SWISSPROT;Acc:Q01469]" 0.0334849 0.110947 0.301809873
294 "BETA-CAROTENE DIOXYGENASE 2; PUTATIVE B,B-CAROTENE-9',10'-DIOXYGENASE. [RefSeq;Acc:NM_031938]" 0.0429558 0.142328 0.301808499
303 HPAII TINY FRAGMENTS LOCUS 9C. [RefSeq;Acc:NM_022727] 0.20849 0.697153 0.299059174
304 UBIQUITIN. [SWISSPROT;Acc:P02248] 0.241123 0.807018 0.298782679
306 ALPHA-1-ACID GLYCOPROTEIN 2 PRECURSOR (AGP 2) (OROSOMUCOID 2) (OMD 2). [SWISSPROT;Acc:P19652] 0.232016 0.784548 0.295732065
308 MITOCHONDRIAL 28S RIBOSOMAL PROTEIN S32 (S32MT) (MRP-S32) (PTD007) (HSPC204). [SWISSPROT;Acc:Q9Y6G3] 0.0503334 0.170278 0.295595438
313 BA395L14.12 (NOVEL PROTEIN SIMILAR TO SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN POLYPEPTIDE A' (SNRPA1)). [SPTREMBL;Acc:Q9NU36] 0.482398 1.63545 0.294963466
333 GA BINDING PROTEIN BETA-2 CHAIN (GABP-BETA-2 SUBUNIT) (TRANSCRIPTION FACTOR E4TF1-47) (GAPBP-2) (NUCLEAR RESPIRATORY FACTOR-2 SUBUNIT GAMMA). [SWISSPROT;Acc:Q06545] 0.0373117 0.130845 0.28515954
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392 40S RIBOSOMAL PROTEIN S26. [SWISSPROT;Acc:P02383] 0.135061 0.484774 0.278606113
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425 DEAD (ASP-GLU-ALA-ASP) BOX POLYPEPTIDE 47; HQP0256 PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_016355] 0.0884193 0.318777 0.277370387
438 TRANSFORMER-2 PROTEIN HOMOLOG (TRA-2 ALPHA). [SWISSPROT;Acc:Q13595] 0.345566 1.24774 0.276953532
452 "PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE, NON-RECEPTOR TYPE 1 (EC 3.1.3.48) (PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE 1B) (PTP-1B). [SWISSPROT;Acc:P18031]" 0.215243 0.779889 0.27599184
460 COLLAGEN ALPHA 5(IV) CHAIN PRECURSOR. [SWISSPROT;Acc:P29400] 0.0637349 0.231274 0.27558177699999997
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499 SEVEN IN ABSENTIA HOMOLOG 1. [RefSeq;Acc:NM_003031] 0.563143 2.05361 0.274221006
504 ENIGMA PROTEIN; LIM DOMAIN PROTEIN. [RefSeq;Acc:NM_005451] 0.0286746 0.104626 0.274067631
508 HEAT SHOCK FACTOR BINDING PROTEIN 1. [SWISSPROT;Acc:O75506] 0.135095 0.493083 0.273980243
515 ATAXIN 2-BINDING PROTEIN. [SWISSPROT;Acc:Q9NWB1] 0.534301 1.96129 0.272423252
522 "PRE-MRNA CLEAVAGE FACTOR I, 59 KDA SUBUNIT. [RefSeq;Acc:NM_024811]" 0.694134 2.5522 0.271974767
534 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN E (SNRNP-E) (SM PROTEIN E) (SM-E) (SME). [SWISSPROT;Acc:P08578] 0.0399967 0.14739 0.271366443
542 PROTEIN REGULATOR OF CYTOKINESIS 1; PROTEIN REGULATING CYTOKINESIS 1. [RefSeq;Acc:NM_003981] 0.152328 0.561935 0.271077616

Legend:
- Rank is the rank after comparing the two networks
- Gene is the ensembl human gene identifier measured by 1 or more probes on the microarray
- Hugo is the bloody hugo identifier as demanded by the BMC Bioinformatics idiots
- http://analysis.yellowcouch.org/